面向小分子-离子通道相互作用的高分辨率建模

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A72f9c7ce4c2f45cbc911490cdbf71077e81c05c267962063442f6ac16ab5bebe

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数据说明

离子通道是癫痫、疼痛、瘙痒、自身免疫和心律失常等一系列病理过程的关键药物靶点。为了开发有效且安全的治疗药物，有必要设计对特定离子通道亚型具有高亲和力和选择性的小分子。在针对离子通道的小分子开发中，结构导向药物设计的应用日益增多。我们评估了两种Rosetta配体对接方法——RosettaLigand和GALigandDock——在已知配体-阳离子通道复合物结构上的表现。配体被对接至电压门控钠通道、电压门控钙通道和瞬时受体电位香草酸通道家族。对于每个测试案例，RosettaLigand和GALigandDock方法均能频繁采样到与实验配体坐标相比均方根偏差在1-2 Å以内的配体结合构象。然而，RosettaLigand和GALigandDock的评分函数无……配体生成 配体以结构数据文件格式从PubChem中提取。

使用Avogadro软件（Hanwell等，2012），对每个配体结构进行了键校正、在pH 7.4下的质子化处理，并使用Merck分子力场（Halgren，1996a；b；c；Halgren和Nachbar，1999；Halgren，1999a；b）进行了能量最小化。所得模型保存为Tripos Mol2（.mol2）文件。石房蛤毒素和河豚毒素的质子化状态及键级与实验报道的工作相匹配（Hinman和DuBois，2003；Thomas-Tran和Du Bois，2016）。对维拉帕米与兔CaV1.1对接的两种实验解析结构均进行了测试（Zhao等，2019）。接下来，使用Amber Tools的Antechamber协议，对每个配体的部分原子电荷、原子类型和键类型分配进行了AM1-BCC校正（Case等，2021；Salomon-Ferrer、Case和Walker，2012；附录S1）。AM1-BCC校正常用于基于Rosetta的配体对接协议中（Sm

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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