PRJNA140377:基于个体患者全血mRNA谱的心肌梗死与不稳定型心绞痛特征研究
冠状动脉疾病(CAD)仍是全球主要死因。急性冠脉综合征(ACS)是由冠状动脉粥样硬化斑块破裂引起的一系列疾病,范围从 unstable angina(UA,有心肌缺血临床症状但无心肌坏死)到 myocardial infarction(MI,有心肌缺血临床症状并伴心肌坏死)

基本信息
资源简介
PRJNA140377:基于个体患者全血mRNA谱的心肌梗死与不稳定型心绞痛特征研究
PRJNA140377 数据集围绕急性冠脉综合征(ACS)的外周血 mRNA 表达特征展开,全称为“Characterisation of Myocardial Infarction and Unstable Angina with mRNA Profiles from Whole Blood of individual patients”。该数据集以个体患者全血样本为对象,利用微阵列技术检测急性冠脉综合征发生后第 7 天与第 30 天的 mRNA 表达水平,并将心肌梗死(MI)患者与不稳定型心绞痛(UA)患者进行对比。研究关注的是急性临床事件所引发的 mRNA 表达差异,而非潜在动脉粥样硬化及其治疗背景带来的差别。数据集收录于循环系统疾病 / 其他分类,来源站为 ebi.ac.uk,可用于考察心肌梗死与不稳定型心绞痛在基因表达层面的区分特征。
【数据集背景】
冠状动脉疾病(CAD)仍是全球范围内的主要死因。急性冠脉综合征是冠状动脉粥样硬化斑块破裂所引起的一系列疾病,其临床谱系从 unstable angina(UA,表现为心肌缺血的临床症状但无心肌坏死)一直延伸到 myocardial infarction(MI,表现为心肌缺血的临床症状并伴有心肌坏死)。在这一疾病谱中,识别与急性事件相关的分子层面变化,对于理解心肌梗死发生后的通路改变具有重要意义。该数据集正是基于这一背景,采用微阵列技术识别心肌梗死后通路的变化,并通过全血 mRNA 表达谱来刻画不同急性冠脉综合征类型之间的差异。
【数据内容】
数据集的核心内容是来自个体患者全血的 mRNA 表达谱。研究在急性冠脉综合征发生后第 7 天和第 30 天两个时间点检测人全血中的 mRNA 表达水平。样本分组方面,共招募 26 例急性冠脉综合征患者,其中 8 例为不稳定型心绞痛(UA),18 例为心肌梗死(MI)。比较设计为心肌梗死患者与不稳定型心绞痛患者之间的对照,而非与健康对照比较,因此所关注的差异反映的是急性临床事件本身带来的 mRNA 表达变化,而不是 underlying atherosclerosis 及其治疗所造成的背景差异。源站描述在“Supplementary files”处截断,补充文件的具体内容源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 ebi.ac.uk。样本采集自个体患者的全血,检测对象为人全血中的 mRNA。研究招募的是表现为急性冠脉综合征的患者,包括 8 例不稳定型心绞痛和 18 例心肌梗死患者,并在急性冠脉综合征发生后第 7 天和第 30 天进行表达谱检测。检测采用微阵列技术。关于具体的样本处理流程、测序或杂交平台型号、数据产出规模等细节,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究急性冠脉综合征背景下全血 mRNA 表达变化的场景,尤其是比较心肌梗死与不稳定型心绞痛患者在急性事件后不同时间点的表达差异。由于比较对象是 MI 与 UA 患者而非健康人群,该数据适合用于聚焦急性临床事件相关表达特征的分析,例如识别与心肌梗死发生后通路改变相关的 mRNA 表达模式。其全血来源也使其适用于以外周血为样本的转化研究场景。关于该数据集在其他疾病或人群中的适用性,源站未提供。
【使用方法】
使用该数据集时,可围绕第 7 天与第 30 天两个时间点,对 MI 组与 UA 组的全血 mRNA 表达谱进行比较分析,以考察两组之间以及不同时间点之间的表达差异。分析设计应遵循其原始比较逻辑,即以 MI 患者对比 UA 患者,而非对比健康对照,从而将分析重点放在急性临床事件相关的表达变化上。关于数据文件的具体格式、预处理步骤、归一化方法及分析工具等,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集的样本量为 26 例急性冠脉综合征患者,其中 UA 组 8 例、MI 组 18 例,两组样本量并不均衡。研究设计以 MI 与 UA 患者相互比较,未纳入健康对照,因此结果反映的是两类急性冠脉综合征之间的差异,而非患者与健康状态之间的差异。检测时间点限定为急性冠脉综合征发生后第 7 天和第 30 天。关于数据质量评估、缺失值情况、批次效应及验证结果等信息,源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk,英文名称为“PRJNA140377: Characterisation of Myocardial Infarction and Unstable Angina with mRNA Profiles from Whole Blood of individual patients”。关于具体的引用文献、作者列表、许可条款及使用限制,源站未提供。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站:https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA140377
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
冠状动脉疾病(CAD)仍然是全球范围内的主要死因。急性冠脉综合征(ACS)是由冠状动脉粥样硬化斑块破裂引起的一系列疾病谱,范围从不稳定型心绞痛(UA,即无心肌坏死的心脏缺血临床症状)到心肌梗死(MI,即伴有心肌坏死的心脏缺血临床症状)。我们使用微阵列技术来识别心肌梗死后通路的变化。本研究检测了急性冠脉综合征后7天和30天时人全血中的mRNA表达水平。将心肌梗死患者与不稳定型心绞痛患者进行比较(而非与健康对照者比较),从而聚焦于因急性临床事件所致的mRNA表达差异,而非基础动脉粥样硬化及其治疗的影响。总体设计:我们招募了26例急性冠脉综合征(ACS)患者,其中8例为不稳定型心绞痛(UA),18例为心肌梗死(MI)。补充文件:这些文件包含各单个患者表达水平的合并值(每组)、倍数变化及相关的显著性水平。
基因表达水平采用puma(Propagating Uncertainty in Microarray Analysis,bioconductor.org)中实现的概率模型进行估计,该模型可为每个转录本的探针水平误差提供方差和可信区间的估计值。采用贝叶斯分层模型合并组内基因表达值后计算FC,并将探针水平误差纳入方差估计。通过计算正对数比概率(PPLR)来检测差异表达基因的显著性水平。该概率越高,表明对该正FC估计的置信度越高;反之,概率越低,表明对该FC为负值的估计置信度越高。该模型在puma中的pumaComb和pumaDE模块中实现。file1 = mRNA_MI_combday30_exprs file2 = mRNA_MI_combDay7_exprs
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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