先天性膈疝微血管内皮细胞异质性单细胞转录组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE196313

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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数据说明

先天性膈疝（CDH）是一种新生儿畸形，包括肺发育不良和肺动脉高压。我们假设在CDH肺发育过程中可能存在微血管内皮细胞（EC）异质性的差异，并导致肺发育不全和重塑。将定时交配的大鼠灌胃硝基芬以诱导CDH。在E21.5时，从健康对照（2HC）、硝基芬暴露（NC）和硝基芬暴露伴CDH（CDH）胎儿中采集左肺。使用单细胞RNA测序进行转录组分析，无偏聚类揭示了3个不同的微血管EC簇。一般微血管EC簇（mvEC）的转录组特征提示CDH中炎症增加。NC和CDH之间的mvEC差异基因表达（DGE）显示Ca4、Apln和Ednrb下调，这些基因定义了对肺发育、气体交换和肺泡损伤修复重要的微血管EC亚群（mvCa4+）。mvCa4+ ECs在2HC（22.6%）、NC（13.1%）和CDH（5.3%）之间显著减少，表明肺压缩的影响。

基因本体论和Ingenuity通路分析表明，mvCa4+内皮细胞处于血管生成准备状态，但存在提示细胞分裂受损的差异基因表达。这些数据提示，由微血管内皮细胞驱动的炎症及mvCa4+内皮细胞的缺失可能参与先天性膈疝的发病机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。