Name: qPCR 芯片基因表达分析数据集
Creator: 千方医数集科研发现管道
License: CC BY 4.0

基本信息

模态

医学影像

大小

0.000101317 GB

任务类型

分类

许可

CC BY 4.0

创建/更新时间

2023-06-01

版本

v1

资源简介

qPCR 芯片基因表达分析数据集

Gene expression analysis by qPCR array.

该数据集来自 plos.figshare.com，包含一份 S1_Table.xlsx 文件，列出在 BOEC RNA 中通过 qPCR 芯片分析表达的基因全表。结果按倍数变化（2^(-Delta Delta Ct)）和倍数调控分类，以颜色标注显著变化，并提供基于 Student's t 检验的 p 值。数据涉及系统性毛细血管渗漏综合征（SCLS）样本与对照的比较，可用于研究 SCLS 相关基因表达模式及毛细血管渗漏机制（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。

【数据集背景】

源站首次发布：2015-07-15。

【数据内容】

源站描述（机器翻译，仅供参考）：BOEC RNA 中分析表达的全基因列表。结果按以下方式分类：倍数变化（2^(- Delta Delta Ct)）为测试样本中归一化基因表达（2^(- Delta Ct)）除以对照样本中归一化基因表达（2^(- Delta Ct)）。倍数调控表示 SCLS 样本相对于对照的倍数变化结果。倍数变化和倍数调控值大于 2 以红色标示；倍数变化值小于 0.5 且倍数调控值小于 -2 以蓝色标示。p 值：p 值基于对照组和治疗组中每个基因重复 2^(- Delta Ct) 值的 Student's t 检验计算，p 值小于 0.05 以红色标示。注释：A：该基因在对照或测试样本中的平均阈值循环相对较高（> 30），而在另一样本中相对较低

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个，合计 101.32 KB。数据集 DOI：10.1371/journal.pone.0133266.s001。

【主题与分类】

源站学科分类：Biological Sciences。主题标签：EAhy 926 endothelioma cells、capillary leak syndrome、ec、gene expression patterns、cxcl、encoding Endothelin receptor、SCLS sera、boec、mechanism、plasma leakage syndromes。本站分类：心血管系统疾病/其他。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Biological Sciences。

【获取与许可】

源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/_Endothelial_Expression_of_Endothelin_Receptor_A_in_the_Systemic_Capillary_Leak_Syndrome_/1484425

使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。

规范引用：C. Sek, Albert; Xie, Zhihui; Terai, Kaoru; M. Long, Lauren; Nelson, Celeste; Z. Dudek, Arkadiusz; et al. (2015). Gene expression analysis by qPCR array.. PLOS ONE. Dataset

【使用注意】

· 源站最后修改于 2023-06-01，引用时请注意版本时效。

原始链接

https://plos.figshare.com/articles/dataset/_Endothelial_Expression_of_Endothelin_Receptor_A_in_the_Systemic_Capillary_Leak_Syndrome_/1484425

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暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取（Figshare）

源站标题：Gene expression analysis by qPCR array.
DOI：10.1371/journal.pone.0133266.s001
发布日期：2015-07-15
文件数：1 个
文件总体积：101.32 KB
源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/_Endothelial_Expression_of_Endothelin_Receptor_A_in_the_Systemic_Capillary_Leak_Syndrome_/1484425

命令行下载

curl -L -o "S1_Table.xlsx" "https://ndownloader.figshare.com/files/2177273"

文件清单

S1_Table.xlsx（101.32 KB）

文件总体积 101.32 KB（源站 API 实测）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

在BOEC RNA中分析表达的全部基因列表。结果按以下分类：倍数变化（2^(-Delta Delta Ct)）为测试样本中归一化基因表达量（2^(-Delta Ct)）除以对照样本中归一化基因表达量（2^(-Delta Ct)）。倍数调控表示SCLS样本相对于对照样本的倍数变化结果。倍数变化和倍数调控值大于2的以红色标示；倍数变化值小于0.5且倍数调控值小于-2的以蓝色标示。p值：p值基于对照组和治疗组中每个基因重复2^(-Delta Ct)值的学生t检验计算，p值小于0.05的以红色标示。注释：A：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环相对较高（>30），而在另一样本中则相当低（<30）。该基因的p值可能无法可靠计算。B：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于35。该基因的p值不可靠。C：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环小于30，但标准偏差大于1。该基因的p值可能无法可靠计算。D：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差小于0.5。该基因的p值可能无法可靠计算。E：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差大于1。该基因的p值可能无法可靠计算。F：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差小于0.25。该基因的p值可能无法可靠计算。G：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差大于0.5。该基因的p值可能无法可靠计算。H：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差小于0.1。该基因的p值可能无法可靠计算。I：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差大于0.25。该基因的p值可能无法可靠计算。J：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差小于0.05。该基因的p值可能无法可靠计算。K：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差大于0.1。该基因的p值可能无法可靠计算。L：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差小于0.01。该基因的p值可能无法可靠计算。M：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差大于0.05。该基因的p值可能无法可靠计算。N：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差小于0.005。该基因的p值可能无法可靠计算。O：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差大于0.01。该基因的p值可能无法可靠计算。P：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差小于0.001。该基因的p值可能无法可靠计算。Q：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差大于0.005。该基因的p值可能无法可靠计算。R：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差小于0.0005。该基因的p值可能无法可靠计算。S：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差大于0.001。该基因的p值可能无法可靠计算。T：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差小于0.0001。该基因的p值可能无法可靠计算。U：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差大于0.0005。该基因的p值可能无法可靠计算。V：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差小于0.00005。该基因的p值可能无法可靠计算。W：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差大于0.0001。该基因的p值可能无法可靠计算。X：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差小于0.00001。该基因的p值可能无法可靠计算。Y：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差大于0.00005。该基因的p值可能无法可靠计算。Z：该基因在对照样本或测试样本中的平均阈值循环大于30，但标准偏差小于0.000005。该基因的p值可能无法可靠计算。

B：该基因在对照样本和测试样本中的平均阈值循环数均相对较高（> 30），意味着其相对表达水平较低，且倍数变化的p值要么无法获得，要么相对较高（p > 0.05）。C：该基因在两个样本中的平均阈值循环数要么未确定，要么大于设定的截断值（默认35），意味着其表达未被检测到，使得该倍数变化结果错误且无法解释。（XLSX）