急性冠脉综合征患者血栓来源白细胞的差异基因表达

炎症机制和免疫细胞参与急性冠脉综合征(ACS),并可能导致急性斑块破裂。然而,可能参与其中的不同基因的局部表达在很大程度上仍不清楚

biostudies
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基因组回归急性冠脉综合征血栓白细胞差异基因表达AffymetrixST段抬高型心肌梗死
Differential gene expression in thrombus-derived white blood cells of patients with acute coronary syndrome

基本信息

模态
基因组
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-10-09

资源简介

急性冠脉综合征患者血栓来源白细胞的差异基因表达

该数据集聚焦于急性冠脉综合征患者血栓来源白细胞的基因表达差异,英文名称为“Differential gene expression in thrombus-derived white blood cells of patients with acute coronary syndrome”。数据集来源于ebi.ac.uk,在本站归类于循环系统疾病 / 其他。其核心内容围绕炎症机制和免疫细胞在急性冠脉综合征(ACS)中的作用展开,尤其关注这些机制可能导致急性斑块破裂的背景下,不同潜在相关基因在局部表达情况仍不明确的问题。源站描述指出,研究者通过Affymetrix分析,对取自ST段抬高型心肌梗死患者闭塞性冠状动脉血栓或外周血的白细胞进行了基因表达检测,以探索血栓局部白细胞与外周血白细胞之间可能存在的表达差异。该数据集为理解ACS局部炎症与免疫反应提供了转录层面的观察材料。

【数据集背景】

急性冠脉综合征(ACS)是一类与炎症机制和免疫细胞密切相关的临床综合征,可能进一步导致急性斑块破裂。尽管炎症和免疫细胞参与ACS的观点已被提出,但不同潜在相关基因在局部的表达情况在很大程度上仍不清楚。正是在这一背景下,该数据集通过检测血栓来源白细胞和外周血白细胞中的基因表达,试图补充对ACS局部免疫炎症分子特征的认识。源站描述强调,研究聚焦于ST段抬高型心肌梗死患者,采集其闭塞性冠状动脉血栓或外周血中的白细胞,并开展Affymetrix分析,以比较不同来源白细胞的基因表达情况。

【数据内容】

该数据集的内容为基因表达数据,具体涉及在急性冠脉综合征患者血栓来源白细胞以及外周血白细胞中检测到的基因表达信息。源站描述提到,研究者对取自闭塞性冠状动脉血栓或外周血的白细胞进行了Affymetrix分析。血栓来自ACS患者冠状动脉闭塞部位,白细胞通过Ficoll离心分离获得;外周血白细胞(PBL)也以类似方式处理,并从两类细胞中提取mRNA。因此,数据集所包含的信息应围绕这些细胞样本的基因表达检测结果展开,用于反映血栓局部白细胞与外周血白细胞之间可能存在的表达差异。除上述内容外,关于样本数量、基因数量、具体检测平台型号、数据文件格式等细节,源站未提供。

【采集与来源】

数据采集与来源方面,源站描述说明,ACS患者的血栓从冠状动脉闭塞部位获取。白细胞通过Ficoll离心法分离。外周血白细胞(PBL)也采用类似方式处理。随后从血栓来源白细胞和外周血白细胞中提取mRNA,并开展Affymetrix分析。数据来源站为ebi.ac.uk。关于采集时间、采集地点、患者纳入与排除标准、伦理审批信息、样本储存条件等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与急性冠脉综合征相关的炎症机制、免疫细胞作用以及基因表达差异研究。由于数据涉及血栓来源白细胞和外周血白细胞,并围绕ST段抬高型心肌梗死患者展开,因此可用于探索冠状动脉闭塞局部白细胞的转录特征,以及其与外周血白细胞之间的潜在差异。也可用于关注急性斑块破裂相关分子机制的探索性分析。但具体适用场景应结合源站描述和数据本身所覆盖的范围进行判断。关于是否适用于其他心血管疾病、其他人群或其他类型样本,源站未提供。

【使用方法】

源站描述提到,研究采用Affymetrix分析检测基因表达,并涉及Ficoll离心分离白细胞、提取mRNA等步骤。因此,使用该数据集时,可围绕血栓来源白细胞与外周血白细胞的基因表达结果进行比较分析。关于数据下载方式、预处理流程、标准化方法、分析软件、统计方法、参考基因组版本等,源站未提供。使用者应依据源站提供的原始说明和文件结构进行操作。

【质量与限制】

该数据集基于ACS患者血栓和外周血白细胞样本,采用Affymetrix分析获取基因表达信息。其潜在限制在于,源站描述未提供样本量、重复数、临床变量、技术批次、数据完整性或验证实验等信息,因此无法从现有描述判断数据的统计效力或外推能力。此外,关于不同基因局部表达的具体结论,源站描述仅指出“ largely unknown”,并未给出具体结果。关于数据质量指标、缺失值情况、噪声水平等,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源站为ebi.ac.uk。关于引用方式、许可协议、使用限制、商业用途规定、署名要求等,源站未提供。

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源站:https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/S-DIXA-D-1051

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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

S-DIXA-D-1051 心脏病数据集 E-GEOD-19339 急性冠脉综合征患者血栓衍生白细胞的差异基因表达 炎症机制和免疫细胞参与急性冠脉综合征(ACS),并可能导致急性斑块破裂。然而

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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