TCGA乳腺癌数据集

TCGA乳腺癌数据集提供乳腺癌基因组、转录组、甲基化、临床和病理样本数据,数据模态为多模态,可用于癌症相关病例识别、诊断建模、分割检测、风险评估或临床研究复现。

National Cancer InstituteNational Cancer Institute
GDC Data Portal
2025-01-01 更新
浏览 24
多模态分类[''Breast'']
TCGA-BRCA

基本信息

模态
多模态
大小
624999.074551338 GB
数据量
1098
任务类型
分类
许可
NIH Genomic Data Sharing Policy
创建/更新时间
2025-01-01

资源简介

TCGA乳腺癌数据集

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Breast Invasive Carcinoma》。

【数据内容】

源站原始描述:disease_type: Cystic, Mucinous and Serous Neoplasms, Adenomas and Adenocarcinomas, Fibroepithelial Neoplasms, Basal Cell Neoplasms, Ductal and Lobular Neoplasms, Epithelial Neoplasms, NOS, Squamous Cell Neoplasms, Complex Epithelial Neoplasms, Adnexal and Skin Appendage Neoplasms;primary_site: Breast;data categories: Simple Nucleotide Variation, Sequencing Reads, Biospecimen, Clinical, Copy Number Variation, Transcriptome Profiling, DNA Methylation, Proteome Profiling, Somatic Structural Variati…

【主题与分类】

主题标签:[''Cystic, Mucinous and Serous Neoplasms'', ''Adenomas and Adenocarcinomas'', ''Fibroepithelial Neoplasms'', ''Basal Cell Neoplasms'', ''Ductal and Lobular Neoplasms'', ''Epithelial Neoplasms, NOS'', ''Squamous Cell Neoplasms'', ''Complex Epithelial Neoplasms'', ''Adnexal and Skin Appendage Neoplasms'']、[''Breast'']。

【适用方向】

多模态数据适合跨模态对齐、融合建模与联合表征学习方向的研究。

【获取与许可】

源站页面:https://portal.gdc.cancer.gov/projects/TCGA-BRCA

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使用方式

数据集获取

源站:https://portal.gdc.cancer.gov/projects/TCGA-BRCA

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

TCGA-BRCA 数据集包含乳腺癌基因组、转录组、甲基化、临床和病理样本数据,可围绕癌症(Cancer)开展病例筛选、特征提取、诊断分类、分割检测或预后分析。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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