PRJNA1465111：全氟辛烷磺酸可能是内皮功能障碍的风险因素——基于计算机模拟与体外研究
项目围绕全氟辛烷磺酸（PFOS）作为内皮功能障碍可能风险因素，结合计算机模拟与体外研究展开。数据可用于探索 PFOS 暴露与内皮功能障碍相关的基因表达变化，为心血管疾病尤其是动脉粥样硬化的风险预测与机制研究提供转录组层面的支持（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
PRJNA1465111：全氟辛烷磺酸可能是内皮功能障碍的风险因素——基于计算机模拟与体外研究
PRJNA1465111 是一个围绕全氟辛烷磺酸（PFOS）与内皮功能障碍关系展开研究的生物项目数据集，英文全称为“Perfluorooctane sulfonic acid: a possible risk factor of endothelial dysfunction based on in silico and in vitro studies”。该数据集归属于心血管系统疾病 / 动脉粥样硬化分类，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，来源于 NCBI 的 BioProject 数据库。项目结合计算机模拟（in silico）与体外（in vitro）研究，旨在探索 PFOS 暴露是否可能作为内皮功能障碍的风险因素，并通过转录组层面的基因表达数据为心血管疾病尤其是动脉粥样硬化的风险预测与机制研究提供支持。整体而言，该数据集为研究者提供了一个可访问的入口，用以获取与 PFOS 暴露相关的基因表达信息，并在此基础上开展内皮功能障碍及动脉粥样硬化相关机制的分析。
【数据集背景】
全氟辛烷磺酸（PFOS）是一种受到关注的环境污染物，其与心血管系统健康的关系是相关研究的重要方向之一。内皮功能障碍被认为是动脉粥样硬化等心血管疾病发生发展过程中的关键环节。该数据集所对应的项目正是围绕“PFOS 是否可能是内皮功能障碍的一个风险因素”这一科学问题展开，采用计算机模拟与体外研究相结合的策略，从转录组或基因表达层面获取数据，以支持对 PFOS 暴露与内皮功能障碍之间潜在关联的探索。该数据集在分类上归属于心血管系统疾病 / 动脉粥样硬化，说明其应用背景与心血管疾病机制研究密切相关。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容属于转录组或基因表达类型。项目围绕 PFOS 作为内皮功能障碍可能风险因素，结合计算机模拟与体外研究展开。数据可用于探索 PFOS 暴露与内皮功能障碍相关的基因表达变化，为心血管疾病尤其是动脉粥样硬化的风险预测与机制研究提供转录组层面的支持。除上述信息外，关于样本数量、具体基因列表、表达矩阵、测序平台或分析结果等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，源站标题为“Homo sapiens (ID 1465111) - BioProject - NCBI”，物种信息为 Homo sapiens。BioProject 是围绕单一研究计划或由单一组织或联盟发起的生物数据的集合，BioProject 记录为用户提供一个单一入口，以便找到该项目所产生的多种数据类型对应的链接。该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于具体的采集方法、实验设计、样本处理流程、时间地点或机构信息，源站未提供。
【适用场景】
基于该数据集的主题与描述，其适用场景包括：探索 PFOS 暴露与内皮功能障碍相关的基因表达变化；为心血管疾病尤其是动脉粥样硬化的风险预测与机制研究提供转录组层面的支持；结合计算机模拟与体外研究的思路，用于内皮功能障碍相关风险因素的机制探讨。该数据集归属于心血管系统疾病 / 动脉粥样硬化分类，因此适合在该领域内用于基因表达层面的分析与假设生成。关于其他具体应用场景，源站未提供。
【使用方法】
该数据集以 BioProject 记录的形式提供，用户可通过 BioProject 记录这一单一入口，查找该项目所产生的多种数据类型对应的链接。由于主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，使用者可据此定位转录组或基因表达相关的数据资源。关于具体的数据下载方式、分析流程、软件工具或操作步骤，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，属于围绕单一研究计划组织的生物数据集合。其主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，项目结合计算机模拟与体外研究展开。关于数据质量指标、样本量、批次效应、验证程度、覆盖范围或其他技术性限制，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，源站标题为“Homo sapiens (ID 1465111) - BioProject - NCBI”，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于具体的引用格式、许可条款或使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1465111
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
全氟辛烷磺酸（PFOS）是一种氟化化学品，广泛应用于多种工业及家用产品中。PFOS已在人类血清中被检出，并与多种人类不良健康效应相关。流行病学证据表明，PFOS暴露与内皮功能障碍有关，而内皮功能障碍是动脉粥样硬化的关键促成因素。然而，PFOS诱导的内皮功能障碍相关动脉粥样硬化的潜在机制尚未被研究。在本研究中，人微血管内皮细胞（HMEC-1）暴露于PFOS（15 μM）72小时，以模拟长期暴露。我们进一步采用整合RNA测序（RNA-seq）和转录组分析来鉴定差异表达基因（DEGs），以进行生物学改变分析：基因本体论（GO）、通路富集分析（KEGG）、蛋白质-蛋白质相互作用网络及模块聚类分析。此外，使用Metascape数据库进行疾病关联、组织特异性及转录因子分析。枢纽基因通过GEO数据集中的动脉粥样硬化患者数据集进行验证。随后使用免疫印迹和ELISA验证患者中枢纽基因的改变。
我们的结果揭示，PFOS通过HRI-eIF2a-ATF4通路改变氨基酸生物合成、脂质代谢并诱导内质网应激反应，导致内皮功能障碍。有趣的是，我们发现PFOS通过NF-kB和JAK2-STAT3通路增加内皮细胞中COX-2、ICAM-1和IL-6的表达，从而诱导炎症。此外，在患者和暴露于PFOS的内皮中均观察到C/EBPB和ATF4上调，这可能作为早期生物标志物，并可能在PFOS诱导的内皮功能障碍中发挥作用。这些发现为PFOS诱导的与动脉粥样硬化相关的内皮功能障碍的潜在分子机制提供了新的见解。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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