动脉粥样硬化早期诊断与风险分层的巨噬细胞特异性生物标志物鉴定与验证
该数据集来自NCBI GEO，采用10x Genomics scRNA-seq单细胞测序技术，对动脉粥样硬化相关样本进行细胞类型鉴定与巨噬细胞标志物表达分析
基本信息
资源简介
动脉粥样硬化早期诊断与风险分层的巨噬细胞特异性生物标志物鉴定与验证
Identification and Validation of Macrophage-Specific Biomarkers for Early Diagnosis and Risk Stratification in Atherosclerosis
该数据集来自NCBI GEO，采用10x Genomics scRNA-seq单细胞测序技术，对动脉粥样硬化相关样本进行细胞类型鉴定与巨噬细胞标志物表达分析。数据包含原始测序数据经比对、UMI定量、DoubletFinder与Seurat质控聚类及细胞类型注释后生成的细胞类型特异性基因集，可用于巨噬细胞特异性生物标志物的鉴定、早期诊断与风险分层研究（来源 NCBI）。
【数据集背景】
源站首次发布：Mar 07 202。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：我们采用10x Genomics scRNAseq单细胞测序方法，准确分类本研究中鉴定的每种细胞类型，并在单细胞水平检查所鉴定巨噬细胞标志物的表达模式。获取原始scRNA-seq数据后，将测序reads比对到参考基因组，并使用唯一分子标识符量化单个细胞中的基因表达。使用DoubletFinder和Seurat包进行初始数据处理，包括质量控制、归一化和聚类。根据已建立标志基因的表达谱对每个细胞簇进行注释，从而鉴定出各种细胞簇，然后将其分类为特定细胞类型。基于这些簇的显著差异表达，生成了细胞类型特异性基因集。
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签：GPL25947、10116。本站分类：心血管系统疾病/动脉粥样硬化。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE291345
【使用注意】
· 源站最后修改于 Sep 01 202，引用时请注意版本时效。
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- OpenDataLab:
数据说明
我们采用了基于10x Genomics scRNAseq的单细胞测序方法，以准确分类本研究中鉴定出的每种细胞类型，并在单细胞水平上检查所鉴定巨噬细胞标志物的表达模式。获取原始scRNA-seq数据后，将测序reads比对到参考基因组，并使用唯一分子标识符量化单个细胞中的基因表达。使用DoubletFinder和Seurat软件包进行初步数据处理，包括质量控制、归一化和聚类。根据已确立的标志基因的表达谱对每个细胞簇进行注释，从而鉴定出各种细胞簇，随后将其分类为特定细胞类型。基于这些细胞簇相对于其他细胞类型的显著差异表达和特异性，生成了针对这些细胞簇的细胞类型特异性基因集。
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