人主动脉瓣空间转录组揭示钙化部位附近细胞性别差异

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE306288

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

主动脉瓣狭窄（AVS）进展中的性别差异已在临床上得到证实，但驱动主动脉瓣组织中性别依赖性钙化的潜在细胞机制仍知之甚少。在此，我们利用单细胞和空间转录组学技术，研究了驱动男性和女性主动脉瓣组织中钙化位点附近瓣膜间质细胞（VIC）和巨噬细胞基因表达性别依赖性空间组织的机制。根据钙化程度将主动脉瓣组织分为健康和疾病队列进行组织学分析，结果显示，与女性相比，患病男性主动脉瓣的瓣膜钙化面积增加，而患病女性主动脉瓣的瓣膜增厚增加。对异质性瓣膜间质细胞（VIC）群体的单细胞测序分析揭示了激活蛋白1（AP-1）转录因子复合物的男性依赖性基因表达。

对钙化部位附近VIC群体的空间转录组学和RNA-FISH分析显示，软骨寡聚基质蛋白（COMP）的基因表达定位具有雄性依赖性，而雌性VIC中COMP表达呈弥漫性。细胞间通讯分析用于确定雌性特异性巨噬细胞-VIC相互作用。巨噬细胞分泌的磷酸蛋白1（又称骨桥蛋白）与VIC表达的细胞表面受体CD44相互作用，驱动雌性主动脉瓣的促纤维化表型。总之，我们的结果揭示了主动脉瓣组织钙化部位附近VIC和巨噬细胞异质性及功能的性别差异。我们的结果强调了基于性别的转录组学分析对于理解导致主动脉瓣纤维化钙化性别差异的细胞表型的重要性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。