人升主动脉组织qPCR检测内参基因选择数据集
该数据集来自 plos.figshare.com，配套 2014 年发表于 PLoS ONE 的研究，围绕人升主动脉组织中定量实时 PCR（qPCR）内参基因的选择
基本信息
资源简介
人升主动脉组织qPCR检测内参基因选择数据集
Selection of Reference Genes for Quantitative Real Time PCR (qPCR) Assays in Tissue from Human Ascending Aorta
该数据集来自 plos.figshare.com，配套 2014 年发表于 PLoS ONE 的研究，围绕人升主动脉组织中定量实时 PCR（qPCR）内参基因的选择。源站描述显示，研究评估了 52 例具有不同临床与人口学特征、正常与扩张主动脉及不同主动脉瓣形态患者升主动脉组织中六个候选内参基因的 qPCR 表达。数据文件包括 Figure_S1.ppt、Figure_S2.ppt 和 Table_S1.doc，可用于主动脉瓣疾病相关基因表达研究的归一化参考（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《Selection of Reference Genes for Quantitative Real Time PCR (qPCR) Assays in Tissue from Human Ascending Aorta》发表于 PLoS ONE（2014），DOI：10.1371/journal.pone.0097449。源站首次发布：2014-05-19。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：升主动脉扩张（AAD）是一种常见的主动脉病，常与二叶式主动脉瓣（BAV）相关，后者是最常见的人类先天性心脏畸形。导致 BAV 相关 AAD 的分子机制仍知之甚少。通过定量实时 PCR（qPCR）寻找病变组织中差异表达的基因是填补这一空白的重要工具。然而，致力于鉴定主动脉组织中 mRNA 表达归一化所需内参基因的研究很少。在本报告中，我们评估了 52 例具有多种临床和人口学特征、正常与扩张主动脉以及不同主动脉瓣形态患者升主动脉组织中六个候选内参基因的 qPCR 表达（正常主动脉且正常瓣膜 n = 30；扩张主动脉且正常瓣膜 n = 10；正常
【数据结构与技术规格】
文件数 3 个，合计 488.96 KB。数据集 DOI：10.1371/journal.pone.0097449。
【主题与分类】
源站学科分类：Biological Sciences。主题标签：anatomy、Cardiovascular anatomy、developmental biology、morphogenesis、Birth defects、Congenital heart defects、genetics、gene expression、Gene identification and analysis、Human genetics。本站分类：心血管系统疾病/主动脉瓣疾病。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Biological Sciences。
【获取与许可】
源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/_Selection_of_Reference_Genes_for_Quantitative_Real_Time_PCR_qPCR_Assays_in_Tissue_from_Human_Ascending_Aorta_/1031424
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Rueda-Martínez, Carmen; Lamas, Oscar; José Mataró, María; Robledo-Carmona, Juan; Sánchez-Espín, Gemma; Jiménez-Navarro, Manuel; et al. (2016). Selection of Reference Genes for Quantitative Real Time PCR (qPCR) Assays in Tissue from Human Ascending Aorta. PLOS ONE. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-06-04，引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
数据集获取（Figshare）
- 源站标题：Selection of Reference Genes for Quantitative Real Time PCR (qPCR) Assays in Tissue from Human Ascending Aorta
- DOI：10.1371/journal.pone.0097449
- 发布日期：2014-05-19
- 文件数：3 个
- 文件总体积：488.96 KB
- 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/_Selection_of_Reference_Genes_for_Quantitative_Real_Time_PCR_qPCR_Assays_in_Tissue_from_Human_Ascending_Aorta_/1031424
命令行下载
curl -L -o "Figure_S1.ppt" "https://ndownloader.figshare.com/files/1503723"
curl -L -o "Figure_S2.ppt" "https://ndownloader.figshare.com/files/1503724"
curl -L -o "Table_S1.doc" "https://ndownloader.figshare.com/files/1503725"
文件清单
Figure_S1.ppt（151.04 KB）Figure_S2.ppt（188.42 KB）Table_S1.doc（149.50 KB）
文件总体积 488.96 KB（源站 API 实测）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据说明
升主动脉扩张（AAD）是一种常见的主动脉病变，常与二叶式主动脉瓣（BAV）相关，后者是人类最常见的先天性心脏畸形。导致BAV相关AAD的分子机制目前仍知之甚少。通过定量实时PCR（qPCR）寻找病变组织中差异表达的基因，是填补这一空白的重要工具。然而，专门用于鉴定主动脉组织中mRNA表达归一化所需内参基因的研究十分匮乏。在本报告中，我们评估了六个候选内参基因在52例升主动脉组织中的qPCR表达情况，这些患者具有不同的临床和人口学特征，包括正常与扩张的主动脉以及不同形态的主动脉瓣（正常主动脉且正常瓣膜 n=30；扩张主动脉且正常瓣膜 n=10；正常主动脉且BAV n=4；扩张主动脉且BAV n=8）。候选内参基因的表达稳定性通过三种统计算法GeNorm、NormFinder和Bestkeeper进行判定。
表达分析显示，所采用的三种算法中最稳定的基因是CDKN1β、POLR2A和CASC3，且与主动脉结构和瓣膜形态无关。总之，我们建议使用这三个基因作为人升主动脉mRNA表达分析的参考基因。然而，我们建议在对新样本队列进行qPCR实验时寻找特定的参考基因。
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0097449（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/_Selection_of_Reference_Genes_for_Quantitative_Real_Time_PCR_qPCR_Assays_in_Tissue_from_Human_Ascending_Aorta_/1031424）。
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