钙化性主动脉瓣疾病中失调的piRNAs

研究对4例人钙化主动脉瓣和4例正常对照进行piRNA测序,以刻画CAVD与非CAVD患者主动脉瓣的piRNA谱差异。数据包含1个文件(GSE214630_series_matrix.txt.gz),属于非编码RNA高通量测序表达谱数据,可用于识别CAVD相关失调piRNA及后续生物标志物或机制探索(

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基因组分类GPL185739606
GSE214630: piRNAs dysregulated in calcific aortic valve disease

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

钙化性主动脉瓣疾病中失调的piRNAs

GSE214630 是一个聚焦钙化性主动脉瓣疾病(calcific aortic valve disease,CAVD)的非编码 RNA 表达谱数据集,其核心内容是主动脉瓣组织中 piRNA 的失调情况。该数据集通过高通量测序对 4 例人钙化主动脉瓣和 4 例正常对照进行 piRNA 谱刻画,旨在比较 CAVD 与非 CAVD 患者瓣组织之间 piRNA 表达的差异。数据集由 Dong、Han 提交,来源为 ncbi.nlm.nih.gov,归类于心血管系统疾病 / 主动脉瓣疾病方向,主题涉及非编码 RNA 高通量测序表达谱。数据以 1 个 GZIP 压缩的系列矩阵文件形式提供,适合用于识别 CAVD 相关失调 piRNA,并为后续生物标志物筛选或机制研究提供表达谱层面的线索。

【数据集背景】

钙化性主动脉瓣疾病是心血管系统疾病中累及主动脉瓣的一类病变。为系统了解该疾病在非编码 RNA 层面的分子特征,研究者将关注点放在 piRNA 这一非编码 RNA 类别上,希望通过比较患病与正常瓣组织的 piRNA 表达谱,揭示与 CAVD 相关的失调 piRNA。该数据集即围绕这一目的构建,属于非编码 RNA 高通量测序表达谱数据,主题标签明确指向 Non-coding RNA profiling by high throughput sequencing,物种信息标注为 9606(人),平台标注为 GPL18573。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE214630_series_matrix.txt.gz,采用 GZIP 压缩格式。该文件为系列矩阵形式,承载样本层面的 piRNA 表达谱信息。数据集整体规模对应 4 例人钙化主动脉瓣样本与 4 例正常对照样本的测序结果,属于小样本比较设计。数据主题为非编码 RNA 表达谱,因而其内容重点在于 piRNA 在各样本中的检出与表达水平,而非基因组变异或临床表型字段。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“piRNAs dysregulated in calcific aortic valve disease”。根据源站描述,研究者对 4 例人钙化主动脉瓣和 4 例正常对照进行了 piRNA 测序,以刻画 CAVD 与非 CAVD 患者主动脉瓣的 piRNA 谱。数据集作者为 Dong、Han,发布时间标注为 Oct 02 202。样本物种为人(9606),测序平台标注为 GPL18573。除上述信息外,样本采集地点、临床特征、测序试剂与具体流程等细节源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于以下方向:识别钙化性主动脉瓣疾病中失调的 piRNA;比较 CAVD 与正常对照瓣组织之间的 piRNA 表达差异;作为非编码 RNA 高通量测序表达谱数据,用于候选 piRNA 的筛选与验证假设的提出;为后续生物标志物探索或机制研究提供表达谱层面的基础线索。由于数据规模为 4 对 4 的小样本设计,其适用场景更偏向探索性分析与假设生成,而非直接用于大样本推断或临床决策。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE214630_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本或部分字段上核对矩阵的字段结构与编码方式,确认样本分组、探针或转录本标识与表达值编码无误后,再批量接入分析流程。分析时可围绕 CAVD 与正常对照的分组进行差异表达比较,并结合非编码 RNA 表达谱的通用分析思路进行注释与筛选。具体分析流程与参数设置源站未提供。

【质量与限制】

该数据集样本量为 4 例钙化主动脉瓣与 4 例正常对照,属于小样本设计,统计效力有限,差异分析结果需谨慎解读。数据仅包含 1 个系列矩阵文件,未提供原始测序数据或其他配套文件,因而无法从文件层面复核测序质量或重新进行比对定量。样本的临床背景、瓣组织取材与处理细节、测序深度与质控指标等信息源站未提供。此外,发布时间标注为“Oct 02 202”,年份信息不完整,引用时需以源站记录为准。

【引用与许可】

数据集作者为 Dong、Han,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“piRNAs dysregulated in calcific aortic valve disease”。使用或引用时应注明该数据集编号 GSE214630 及其来源。关于数据许可条款、使用限制与正式引用格式,源站未提供,需另行查阅源站页面确认。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE214630

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了表征CAVD和非CAVD患者主动脉瓣的piRNA图谱,我们使用4个人钙化主动脉瓣(CAVs)和4个正常对照进行了piRNA测序。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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