钙化性主动脉瓣疾病中失调的piRNAs
研究对4例人钙化主动脉瓣和4例正常对照进行piRNA测序,以刻画CAVD与非CAVD患者主动脉瓣的piRNA谱差异。数据包含1个文件(GSE214630_series_matrix.txt.gz),属于非编码RNA高通量测序表达谱数据,可用于识别CAVD相关失调piRNA及后续生物标志物或机制探索(

基本信息
资源简介
钙化性主动脉瓣疾病中失调的piRNAs
GSE214630 是一个聚焦钙化性主动脉瓣疾病(calcific aortic valve disease,CAVD)的非编码 RNA 表达谱数据集,其核心内容是主动脉瓣组织中 piRNA 的失调情况。该数据集通过高通量测序对 4 例人钙化主动脉瓣和 4 例正常对照进行 piRNA 谱刻画,旨在比较 CAVD 与非 CAVD 患者瓣组织之间 piRNA 表达的差异。数据集由 Dong、Han 提交,来源为 ncbi.nlm.nih.gov,归类于心血管系统疾病 / 主动脉瓣疾病方向,主题涉及非编码 RNA 高通量测序表达谱。数据以 1 个 GZIP 压缩的系列矩阵文件形式提供,适合用于识别 CAVD 相关失调 piRNA,并为后续生物标志物筛选或机制研究提供表达谱层面的线索。
【数据集背景】
钙化性主动脉瓣疾病是心血管系统疾病中累及主动脉瓣的一类病变。为系统了解该疾病在非编码 RNA 层面的分子特征,研究者将关注点放在 piRNA 这一非编码 RNA 类别上,希望通过比较患病与正常瓣组织的 piRNA 表达谱,揭示与 CAVD 相关的失调 piRNA。该数据集即围绕这一目的构建,属于非编码 RNA 高通量测序表达谱数据,主题标签明确指向 Non-coding RNA profiling by high throughput sequencing,物种信息标注为 9606(人),平台标注为 GPL18573。
【数据内容】
数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE214630_series_matrix.txt.gz,采用 GZIP 压缩格式。该文件为系列矩阵形式,承载样本层面的 piRNA 表达谱信息。数据集整体规模对应 4 例人钙化主动脉瓣样本与 4 例正常对照样本的测序结果,属于小样本比较设计。数据主题为非编码 RNA 表达谱,因而其内容重点在于 piRNA 在各样本中的检出与表达水平,而非基因组变异或临床表型字段。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“piRNAs dysregulated in calcific aortic valve disease”。根据源站描述,研究者对 4 例人钙化主动脉瓣和 4 例正常对照进行了 piRNA 测序,以刻画 CAVD 与非 CAVD 患者主动脉瓣的 piRNA 谱。数据集作者为 Dong、Han,发布时间标注为 Oct 02 202。样本物种为人(9606),测序平台标注为 GPL18573。除上述信息外,样本采集地点、临床特征、测序试剂与具体流程等细节源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于以下方向:识别钙化性主动脉瓣疾病中失调的 piRNA;比较 CAVD 与正常对照瓣组织之间的 piRNA 表达差异;作为非编码 RNA 高通量测序表达谱数据,用于候选 piRNA 的筛选与验证假设的提出;为后续生物标志物探索或机制研究提供表达谱层面的基础线索。由于数据规模为 4 对 4 的小样本设计,其适用场景更偏向探索性分析与假设生成,而非直接用于大样本推断或临床决策。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE214630_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本或部分字段上核对矩阵的字段结构与编码方式,确认样本分组、探针或转录本标识与表达值编码无误后,再批量接入分析流程。分析时可围绕 CAVD 与正常对照的分组进行差异表达比较,并结合非编码 RNA 表达谱的通用分析思路进行注释与筛选。具体分析流程与参数设置源站未提供。
【质量与限制】
该数据集样本量为 4 例钙化主动脉瓣与 4 例正常对照,属于小样本设计,统计效力有限,差异分析结果需谨慎解读。数据仅包含 1 个系列矩阵文件,未提供原始测序数据或其他配套文件,因而无法从文件层面复核测序质量或重新进行比对定量。样本的临床背景、瓣组织取材与处理细节、测序深度与质控指标等信息源站未提供。此外,发布时间标注为“Oct 02 202”,年份信息不完整,引用时需以源站记录为准。
【引用与许可】
数据集作者为 Dong、Han,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“piRNAs dysregulated in calcific aortic valve disease”。使用或引用时应注明该数据集编号 GSE214630 及其来源。关于数据许可条款、使用限制与正式引用格式,源站未提供,需另行查阅源站页面确认。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE214630
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
为了表征CAVD和非CAVD患者主动脉瓣的piRNA图谱,我们使用4个人钙化主动脉瓣(CAVs)和4个正常对照进行了piRNA测序。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失?
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