DDA与DIA-PASEF方法用于人瓣膜间质细胞与成骨细胞成骨分化蛋白质组学比较分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD036566

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

鸟枪法蛋白质组学是关键“组学”方法之一，其方法学正在迅速发展。配备离子淌度的TimsToF系列质谱仪（Bruker）是鸟枪法蛋白质组学的新兴技术平台之一，可在其上执行数据依赖型（DDA）和数据非依赖型（DIA）蛋白质组学方法。然而，关于TimsToF上DDA与DIA蛋白质组学有效性的比较研究仅发表了少数几篇，且主要是在测试样本上进行的。另一方面，人瓣膜间质细胞（VICs）成骨分化的特殊性是钙化性主动脉瓣疾病（CAVD）治疗的一个富有成果的治疗靶点。尽管如此，尚无数据表明VICs的病理性成骨分化是否与正常骨化相似。结合这一技术任务与生物学任务，我们通过在TimsToF Pro上采用DIA-和DDA-PASEF蛋白质组学，对人VICs和成骨细胞的成骨分化进行了比较蛋白质组学分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。