主动脉夹层患者与健康对照的表达数据

该数据集来自 NCBI GEO,标题为主动脉夹层患者与健康对照的表达数据,包含 1 个文件 GSE190635_series_matrix.txt.gz,基于 GPL570 平台对人类(9606)样本进行表达谱芯片检测

geo
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基因组分类Expression profiling by arrayGPL5709606
GSE190635: Expression data from aortic dissection patients and the healthy controls

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

主动脉夹层患者与健康对照的表达数据

GSE190635 是一个来自 NCBI GEO 的基因表达数据集,标题为“Expression data from aortic dissection patients and the healthy controls”,即主动脉夹层患者与健康对照的表达数据。该数据集归类于心血管系统疾病下的主动脉夹层方向,采用表达谱芯片技术,基于 GPL570 平台对人类(9606)样本进行检测。数据集共包含 1 个文件,即 GSE190635_series_matrix.txt.gz,以 GZIP 压缩格式提供。该数据由 Xiaojian Wang 提交,发布时间为 Dec 10 202,主题标签涵盖 Expression profiling by array、GPL570 与 9606。整体而言,该数据集为研究主动脉夹层的转录组特征提供了患者与健康对照的表达谱材料。

【数据集背景】

急性主动脉夹层的发生机制目前尚未被充分理解。源站描述指出,转录组学策略已被证明是寻找特定疾病潜在机制以及可靠生物标志物的有效途径。该数据集正是在这一研究背景下产生,旨在通过表达谱芯片检测,比较主动脉夹层患者与健康对照之间的基因表达差异,从而为探索该疾病的分子机制和候选生物标志物提供数据基础。数据集标题明确其研究对象为主动脉夹层患者与健康对照,属于心血管系统疾病中主动脉夹层方向的基础研究数据。

【数据内容】

该数据集的内容为表达谱芯片数据,主题标签表明其属于 Expression profiling by array 类型,检测平台为 GPL570,物种为人类(9606)。数据集仅包含 1 个文件,文件名为 GSE190635_series_matrix.txt.gz,采用 GZIP 压缩格式。该文件为系列矩阵文件,通常用于汇总该系列中各样本的表达信息。数据集同时提供了源站标题“Expression data from aortic dissection patients and the healthy controls”,与数据集英文名一致,明确了样本分组为主动脉夹层患者与健康对照。除上述文件与平台、物种信息外,源站未提供更细化的样本数量、分组规模或检测基因数量等具体内容。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI GEO,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。数据由作者 Xiaojian Wang 提交,发布时间为 Dec 10 202。数据集标题与源站标题一致,均为“Expression data from aortic dissection patients and the healthy controls”。源站描述说明了研究动机,即急性主动脉夹层机制尚不明确,转录组学策略有助于发现潜在机制与可靠生物标志物。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息以及具体的临床特征等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于主动脉夹层相关的转录组学研究,例如比较患者与健康对照之间的基因表达差异、探索疾病潜在分子机制、筛选候选生物标志物等。由于其基于 GPL570 平台且物种为人类,可用于与其他人类表达谱芯片数据的对照分析或方法学验证。此外,该数据也可作为心血管系统疾病表达谱分析的教学或流程测试材料。需要说明的是,具体的研究设计细节与样本构成源站未提供,使用时应以实际数据文件内容为准。

【使用方法】

使用该数据集时,首先需下载数据文件 GSE190635_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包,读取前需先解压,再按系列矩阵文件的格式进行解析。建议先在小样本上核对字段与编码,确认数据读取无误后再批量接入后续分析流程。由于数据集仅包含 1 个文件,数据接入相对简单,但仍应注意压缩格式的处理以及矩阵文件中样本信息与表达值的对应关系。关于具体的分析流程与参数设置,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集仅包含 1 个系列矩阵文件,未提供原始芯片数据或其他辅助文件,源站也未提供样本数量、分组规模、临床信息及质量控制指标等细节。因此,在缺乏完整元数据的情况下,使用该数据时需自行评估数据完整性与适用性。此外,数据集发布时间为 Dec 10 202,具体年份信息不完整。关于数据的质量控制、批次信息与标准化处理方式,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Xiaojian Wang,来源站为 NCBI GEO。使用该数据集时,应遵循 NCBI GEO 的相关使用条款,并在发表成果时引用该数据集及其作者。关于具体的许可协议与引用格式,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE190635

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

急性主动脉夹层的机制尚不明确。转录组学策略已被证明是寻找特定疾病潜在机制及可靠生物标志物的有效途径。我们对4例男性急性主动脉夹层患者和4例男性健康对照者的主动脉组织进行了全基因组表达谱分析。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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