对照、主动脉瘤与主动脉夹层细胞表达数据

该数据集来自 NCBI GEO,包含对照、主动脉瘤与主动脉夹层细胞的表达谱数据,采用芯片平台 GPL24539,物种为人类(9606),共 1 个文件(GSE219204_series_matrix.txt.gz)

geo
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基因组分类Expression profiling by arrayGPL245399606
GSE219204: Expression data from control, aortic aneurysm, and aortic dissection cells

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

对照、主动脉瘤与主动脉夹层细胞表达数据

GSE219204 是一个来自 NCBI GEO 的基因表达谱数据集,主题为对照、主动脉瘤与主动脉夹层细胞的表达数据。该数据集聚焦心血管系统疾病中的主动脉瘤方向,采用表达谱芯片技术,平台编号为 GPL24539,物种为人类(9606)。源站说明指出,动脉瘤与夹层细胞表现出特定的基因表达改变,这种改变能够实现疾病特异性的区分。数据集共包含 1 个文件,即 GSE219204_series_matrix.txt.gz,以 GZIP 压缩格式提供,便于研究者下载后直接读取表达矩阵并进行后续分析。

【数据集背景】

主动脉瘤与主动脉夹层同属主动脉疾病,但在病理机制与临床表现上存在差异。该数据集正是围绕这一背景构建,旨在通过比较对照细胞、主动脉瘤细胞与主动脉夹层细胞的基因表达谱,刻画不同疾病状态下细胞转录层面的变化特征。源站描述强调,动脉瘤性与夹层性细胞显示出特定的基因表达改变,这些改变足以支持疾病特异性区分,说明该数据集的核心价值在于为主动脉疾病的分子分型与差异表达研究提供基础数据。

【数据内容】

数据集包含来自对照、主动脉瘤和主动脉夹层细胞的表达数据,采用表达谱芯片进行检测,平台为 GPL24539,物种为人类(9606)。数据以系列矩阵文件形式组织,文件名为 GSE219204_series_matrix.txt.gz,全部数据集中于这 1 个文件中。该文件通常包含样本层面的表达值矩阵及相应的样本注释信息,可用于比较不同组别之间的基因表达差异。主题标签涵盖表达谱分析、芯片平台与人类物种信息,与数据内容相互对应。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI GEO(ncbi.nlm.nih.gov),作者为 Christian Doppler,发布时间为 Dec 01 202。数据通过芯片表达谱技术获取,平台编号 GPL24539,物种为人类。源站标题与数据集英文名一致,均为“Expression data from control, aortic aneurysm, and aortic dissection cells”,表明样本涵盖对照、主动脉瘤与主动脉夹层三类细胞来源。除上述信息外,样本采集地点、伦理审批与具体实验条件等细节源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于主动脉瘤与主动脉夹层相关的差异表达分析、疾病特异性基因表达模式比较,以及对照与两种疾病组之间的转录谱对比研究。由于数据同时包含对照、主动脉瘤和主动脉夹层细胞,可用于探索区分两类主动脉疾病的分子标志物候选基因,也可作为心血管系统疾病表达谱研究的验证或整合分析资源。芯片平台信息明确,适合在芯片表达数据分析流程中使用。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE219204_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认样本分组、表达值格式与注释信息无误后,再批量接入完整数据进行分析。由于全部数据集中于单个系列矩阵文件,读取后需根据样本注释区分对照、主动脉瘤与主动脉夹层三组,再进行组间比较或下游分析。

【质量与限制】

该数据集仅包含 1 个文件,数据组织较为集中,便于获取与管理。平台与物种信息明确,主题标签完整。但源站未提供样本量、具体芯片实验条件、数据预处理方法及质控指标等细节,使用者在分析前应自行核对数据完整性与分组注释。此外,该数据集仅覆盖芯片表达谱层面,不包含其他组学或临床信息,相关结论的外推需谨慎。

【引用与许可】

数据集作者为 Christian Doppler,来源为 NCBI GEO。使用时应遵循源站的引用要求与数据使用政策。除作者、来源与发布时间外,许可条款与具体引用格式源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE219204

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

动脉瘤和夹层细胞显示出基因表达的特异性改变,这使得能够对疾病进行特异性区分。我们使用微阵列技术分析了对照组、胸主动脉瘤和主动脉夹层细胞的基因表达。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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