Prostate158 (prostate158) — AI-Ready Wikipedia

柏林夏里特医学院(Charité Berlin)单中心专家标注前列腺 3T bpMRI 数据集——158 例(102 确诊前列腺癌 + 56 对照),T2w + 高 b 值 DWI/ADC,解剖分区分割(central gland + peripheral zone)与 PI-RADS ≥4 病灶检测双任务标注,ITK-Snap 双 Reader 流水线,U-ResNet 基线分区分割 Dice 0.877、病灶分割 Dice 0.453

来源 Siemens VIDA 与 Skyra 3.0T 采集的前列腺 bpMRI(T2w:0.47×0.47 mm 面内 / 3 mm 层厚 / FOV 180×180 mm;DWI:b=0,100,500,1000 s/mm²,ADC 图由 b100–b1000 计算),NIfTI 轴向序列,统一重采样与中心裁剪;标注为 T2w 三类解剖分区掩膜(背景 / central gland / peripheral zone)+ PI-RADS ≥4 病灶逐层勾画(三序列参照)发布时间: 2026-09-27最后更新: 2026-09-27 阅读 20
Prostate158 (prostate158) — AI-Ready Wikipedia

信息速览

数据集名称Prostate158 (prostate158) — AI-Ready Wikipedia
数据类型人工标注,影像数据,原始数据
规模158 例(train 139 + test 19,患者级不重叠;其中 102 确诊前列腺癌 + 56 对照,年龄 69±9 岁,35–84 岁)
接入方式Siemens VIDA 与 Skyra 3.0T 采集的前列腺 bpMRI(T2w:0.47×0.47 mm 面内 / 3 mm 层厚 / FOV 180×180 mm;DWI:b=0,100,500,1000 s/mm²,ADC 图由 b100–b1000 计算),NIfTI 轴向序列,统一重采样与中心裁剪;标注为 T2w 三类解剖分区掩膜(背景 / central gland / peripheral zone)+ PI-RADS ≥4 病灶逐层勾画(三序列参照)
AI 就绪度

INFOBOX — Prostate158 一屏速览

维度 内容
本质 单中心专家标注前列腺 3T bpMRI(双参数 MRI)数据集 + 检测算法双重身份,158 例,Zenodo 公开发布
机构 柏林夏里特医学院(Charité Universitätsmedizin Berlin)放射科;合作者含 TU München、Radboud UMC、Göttingen;通讯侧 Keno K. Bressem
论文 主论文 Comput Biol Med 2022;148:105817(PMID 35841780);数据论文 Data Brief 2022;45:108739(PMC9679750,CC BY,标注细则唯一完整公开来源)
数据 158 例 = train 139 + test 19(患者级不重叠);102 确诊前列腺癌 + 56 对照;年龄 69±9 岁(35–84);采集 2016-02 至 2020-01
序列 T2w(0.47×0.47 mm / 3 mm / FOV 180×180 mm,TE 116 / TR 4040)+ DWI(b=0,100,500,1000 s/mm²)+ ADC 图(b100–b1000 计算);Siemens VIDA + Skyra 3.0T;NIfTI 轴向
任务 1 解剖分区分割:T2w 上三类(0 背景 / 1 central gland = CZ+TZ 合并 / 2 peripheral zone)
任务 2 病灶分割:PI-RADS ≥4 前列腺癌病灶逐层勾画,T2w+ADC+DWI 三序列堆叠输入
标注 ITK-Snap 3.8.0;分区由 6 年经验 Reader1 全量初标、8 年经验 Reader2 复核;病灶由两名 Reader 双盲独立勾画、共识为金标准
队列细节 PSA 中位 7.5(IQR 6.3);PI-RADS 4 分 55 例 / 5 分 47 例;ISUP 分级组 1:11 / 2:37 / 3:24 / 4:21 / 5:9
基线 U-ResNet(自研,非 nnU-Net):TZ Dice 0.877/0.875、PZ 0.754/0.730、Cancer 仅 0.453/0.398(模型 vs Reader1/Reader2,test 19 例)
外验 解剖分割任务:MSD Prostate Dice 0.82/0.64、PROSTATEx 0.86/0.72
获取 Zenodo 三记录:train 6481141(2.8 GB,md5 a0d5361b…)/ test 6592345(202.9 MB,md5 403b3736…)/ 权重 6397057(anatomy.pt + tumor.pt 各 152.8 MB,CC BY 4.0)
许可 三口径:代码 MIT(github.com/kbressem/prostate158);权重与论文 CC BY 4.0;数据记录现行条款以 Zenodo 页面为准(早期注册申请制)
生态 Grand Challenge 站点(prostate158.grand-challenge.org,隐藏测试集算法评估);MONAI model zoo(HF monai-test/prostate_mri_anatomy)
伦理 IRB EA4/062/20(知情同意豁免,符合赫尔辛基宣言)
采集时线 2016-02 开采 → 2020-01 关窗 → 2022-04-24 train 上 Zenodo → 2022-05-30 test 上线 → 2022-09 CBM 正刊
抓取时点 2026-09-27(GitHub 37 stars / 8 forks;权重 v1.1 = 记录 7040585)
库内互链 promise12(540)、prostatex(554)、pi-cai(555)、panda(560)、panda-plus(640)、sicapv2(328)、peso(642)、leopard(636)、medical-decathlon(77)、fastmri(23)、ctpelvic1k(465)

Prostate158 是一个"把读片报告变成像素真值"的前列腺 MRI 数据集工程:柏林夏里特医学院(Charité Universitätsmedizin Berlin)在 2016 年 2 月至 2020 年 1 月间以西门子 VIDA 与 Skyra 两台 3.0T 设备采集了 158 例前列腺双参数 MRI(bpMRI, biparametric MRI——只有 T2w 加 DWI/ADC 两个序列族,不含动态增强 DCE),由有 6 年与 8 年腹部影像经验的 Reader 用 ITK-Snap 逐层勾画,构成两个任务、一种标注体系:任务一是在 T2w 上分割前列腺解剖分区——中央腺(central gland,即中央区 CZ + 移行带 TZ 的合并口径)与外周带(peripheral zone, PZ);任务二是把影像报告中 PI-RADS 评分 ≥4 的前列腺癌病灶逐层勾画出来,勾画时参照 T2w、ADC 与 DWI 三序列堆叠。数据以患者为单位切成 train 139 + test 19 两份不重叠子集,全部转成统一重采样、中心裁剪的 NIfTI 轴向序列。

它的价值不在规模而在"专家级双任务标注 + 可复现算法 + 全链路开源"这个组合:102 例确诊前列腺癌(入组定义 Gleason ≥6 且肿瘤体积 ≥0.1 ml)加 56 例对照,PSA 中位 7.5 ng/ml,PI-RADS 4 分 55 例、5 分 47 例,ISUP 分级组 1 到 5 全覆盖;官方用自研 U-ResNet 给出全套基线指标——分区分割 Dice 与 Reader 间一致水平相当(TZ 0.877、PZ 0.754),而病灶分割 Dice 只有 0.453/0.398,这组"分化明显"的数字本身就是对该任务难度的诚实标定;预训练权重(anatomy.pt 与 tumor.pt)以 CC BY 4.0 挂在 Zenodo,代码以 MIT 挂在 GitHub,评测管线一条命令可跑。

时间线本身就是一份"数据集工程排期表":2016-02 开始采集,四年后(2020-01)关窗;半年内完成标注与论文后,2022-04-24 先放 train 记录、2022-05-30 补 test 记录、2022-09 主论文上 CBM 正刊——先数据后论文的发布次序让"数据先行"落到实处,而不是"论文发了、数据待定"。

导语读法三则:

  1. 只想下数据:直奔 §5 获取与许可——Zenodo 三记录的 DOI、体积、md5 与三口径许可条款全部列明,商用前务必确认数据记录的现行条款。
  2. 关心分割算法:直奔 §4 基线结果——U-ResNet 全指标表、Cancer 类低 Dice 的正确解读姿势,以及 MSD/PROSTATEx 外验数字。
  3. 关心标注工艺:直奔 §3 标注流水线——ITK-Snap 双 Reader 的"分区复核制 + 病灶双盲制"双轨设计,可与库内 panda-plus、sicapv2 条目的标注流水线对照阅读。

全条目导航:

章节 内容 适合读者
§0 问题背景 + 生态位 + 背景小课堂(分带解剖/PI-RADS/DWI 原理) 全部
§1 二十问二十答 + 快速上手五步 + 关键数字卡 全部
§2 队列/序列/文件组织/元数据/几何/双任务设计 算法与工程
§3 ITK-Snap 双轨标注流水线 + QC 检查单 + 经济学 标注工程
§4 U-ResNet 全指标 + 外验 + 复现清单 + 报告规范 算法
§5 Zenodo 三记录 + 许可三口径 + DAIMS + BibTeX 全部/合规
§6 代码/模型/评测三出口 + 时间线 + 引用场景 + 检索词 全部
§7 四条可迁移的方法学启示 数据建设者
§8 与 PROMISE12/PROSTATEx/PI-CAI/SICAPv2 的谱系 综述写作
§9 库内互链(rid 实查)+ 三条主题链 + 阅读路径 库内检索
§10 九坑清单 + 快速索引 全部
§11 总结 + 30 秒决策卡 + 错误决策对照 决策者
FAQ/附录/尾注 39 问、36 条事实、36 术语、来源与 DAIMS 全表、核验说明 深度核查

§0 导读:这个数据集解决什么问题

前列腺 MRI 的一切深度学习下游任务都卡在同一道工序上:像素级专家标注。前列腺癌 MRI 阅片的核心动作是"在 T2w 上找解剖分区、在 DWI/ADC 上找可疑病灶、按 PI-RADS v2.1 给出评分"——这套读片流程高度依赖放射科医师的经验,而把这套经验转成逐层掩膜,一例动辄一两个小时起步。与此同时,临床产生的 bpMRI 检查数以万计:早在多参数 MRI(mpMRI)以 DCE 换灵敏度之前,欧洲放射学界已经论证"T2w + DWI"两个序列族就足以支撑 PI-RADS 评分,bpMRI 因此成为筛查与转化研究的性价比之选——这也意味着,一份只有 bpMRI 序列、却带专家级双任务标注的公开数据集,恰好卡在"临床保有量最大"与"标注最难获得"的交叉点上。

Prostate158 把这个问题落到了一个具体切面上。Charité 团队从院内队列拿出 158 例(102 确诊 PCa + 56 对照),给出两套标注:解剖分区(central gland + peripheral zone,三类含背景)与病灶(PI-RADS ≥4,双盲双 Reader 共识金标准)。对比同期公开数据就能看出它的定位:PROMISE12 只有 T2w 分区分割、没有病灶、没有 DWI;PROSTATEx 只有病灶 ROI 用于分类、没有全腺分割;PI-CAI 规模巨大但标注以"病例级 Gleason 分级"为主、像素级病灶真值来自可见病灶子集;而 Prostate158 用一个中等规模队列同时交付"分区分割 + 病灶检测"两种任务类型,且每个任务都配了官方基线与预训练权重——它不是最大的,但是"开箱即用程度"最高的那一档。

更深一层的价值在"算法随数据一起交付"的工程范式。很多数据集论文停在"我们公开了数据",Prostate158 则交付了一条完整链路:数据(Zenodo 三记录,含 md5)→ 代码(GitHub,MIT)→ 权重(Zenodo,CC BY 4.0)→ 在线评测(Grand Challenge 隐藏测试集)→ 数据说明(Data Brief,把标注协议逐条写清)。官方在主论文里同时报告了"模型 vs Reader1/Reader2"三组指标,等于把 Reader 间差异当作基线的参照系——分区分割 Dice 0.877/0.875 说明模型已贴近两位专家的共识水平,病灶分割 Dice 0.453/0.398 则诚实地标出了"这个任务还没被解决"。这种"数据 + 基线 + 难度标定"的三件套,让它成为前列腺 MRI 分割/检测论文里被反复引用的专家标注基准。

从生态位看,它还补上了一块长期空缺:AI 权重直接进入临床影像工作流的第一站往往是"自动摆位与轮廓"(auto-contouring),而分区分割正是 auto-contouring 的核心子任务——一个带 CC BY 4.0 权重的专家级分区分割数据集,等于同时服务了两类用户:做科研的(基准与对照)和做产品的(预训练起点与合规参照)。病灶任务则把"影像报告结论"拉回像素层,让"检测出来一个病灶"与"报告里 PI-RADS ≥4"之间有了可对账的桥梁——这条对账桥正是监管级 AI 影像产品最稀缺的证据链材料。

最后交代本条目的写作立场:候选 brief 里的三处表述(MD Anderson 出品、arXiv 2023 预印本、6 前列腺分区标注)经五源核验全部证伪,本条目按核验后的事实重写,证伪过程在坑 1/坑 2 与附录 C 双口径存照;唯一未一次核死的项(数据记录的 license 徽章)以"存照 + 以页面为准"方式显式披露而不是静默处理——我们相信一份百科条目的可信度,恰恰取决于它如何对待自己没把握的部分。

§0 读法三则:

  1. 这个条目是"数据集 + 数据论文 + 算法仓库"三合一:本体是 158 例 bpMRI 的双任务标注,数据论文(Data Brief 2022;45:108739)是标注细则的唯一完整公开来源,GitHub 仓库是可复现实验的入口——三者的引用方式各不相同(附录 A)。
  2. 全文统计数字均出自 CBM 2022;148:105817、Data Brief 2022;45:108739 与 GitHub/Zenodo 抓取页面;已知口径问题(brief 误传的"6 分区"、"MD Anderson"归属、train 记录 license 徽章)分别在坑 1、坑 2 与坑 5 存照。
  3. 检索时注意:数据集名 Prostate158 的"158"是患者数,不是切片数也不是病灶数;别和 PI-CAI 子集数字、PROSTATEx 病例数混用——三者规模与任务完全不同(坑 8)。

§0.5 背景小课堂:三分钟读懂前列腺 MRI 的读片语言(资深影像研究者可跳过)

前列腺的分带解剖。前列腺不是均质器官,而是由几个腺体区带拼成的:外周带(PZ,peripheral zone)包在外层,约七成前列腺癌发源于此;移行带(TZ,transition zone)在内层包绕尿道,是良性前列腺增生的主场、也贡献约两到三成癌;中央区(CZ,central zone)位于基底部位射精管周围;再加上前方的纤维肌肉基质(AFMS)。T2w 上 PZ 信号高、TZ 信号混杂——这正是"central gland = CZ + TZ 合并"读片惯例的由来:两者在常规影像上常难清晰分界且临床处理决策一致,读片报告与影像产品都按合并口径工作。理解了这一点,就能理解 Prostate158 的三类掩膜(背景 / central gland / PZ)为什么是"临床口径的正确简化"而非"偷工减料"(坑 1、坑 6)。

bpMRI 与 PI-RADS。PI-RADS(Prostate Imaging-Reporting and Data System)v2.1 是前列腺 MRI 读片的通用评分框架:对每个可疑灶按 T2w、DWI(含 ADC)两主线给分,PZ 灶以 DWI 为主导、TZ 灯泡样灶以 T2w 为主导,综合成 1–5 分——4 分及以上为临床显著癌的可疑档。bpMRI(T2w + DWI/ADC,不含 DCE)正是 PI-RADS 评分的载体序列族:DCE 只在 PZ 灶 DWI 评分 3 分的边缘情形里充当"加分/减分"仲裁,因此纯 bpMRI 已能支撑绝大多数评分场景。这也是为什么临床bpMRI 检查保有量巨大、而一份 bpMRI 专家标注数据集刚好切中要害。

DWI/ADC 的信号逻辑。弥散加权成像(DWI)对水分子运动敏感:癌细胞密集排列、细胞外间隙缩小,水分子扩散受限——在 DWI 上呈高信号、在 ADC 图(表观弥散系数图)上呈低信号,"DWI 亮 + ADC 暗"的组合是病灶读片的核心线索。b 值是 DWI 的扩散敏感度旋钮:b=1000 的高 b 值抑制 T2 透过效应(shine-through),把"真扩散受限"与"假亮"分开。这套信号逻辑直接解释了两件事:为什么本数据集病灶勾画必须三序列同屏(T2w 管形态、DWI/ADC 管功能);为什么病灶边界天然模糊(扩散受限是渐变量,不是开关量)——§4 里 Cancer Dice 0.453 的任务难度,根子在这。

患者旅程与本数据集的位置。临床上一个典型前列腺癌检出的路径是:PSA 升高或直肠指检异常 → 泌尿外科转诊 mpMRI/bpMRI → 影像科按 PI-RADS 评分 → 4 分及以上(或临床判断需要时)穿刺活检 → 病理 Gleason/ISUP 分级。Prostate158 的队列正好来自这条路径的中间两站:影像侧有 PI-RADS 评分(4 分 55 例 / 5 分 47 例),病理侧有 ISUP 分级组(GGG1–5 全覆盖)——它把"影像所见"与"病理结论"两端的半成品真值都带在身上,但正如坑 4 所述,两端的对应关系是病例级而非像素级,用的时候别把链条焊死。

读片质量的现实干扰。真实世界的 bpMRI 不是教科书影像:直肠充盈会让腺体后缘变形、患者运动会让 DWI 出现鬼影、术后改变会扰乱解剖标志——这些干扰在 4 年采集窗口的 158 例里同样存在,也是病灶勾画要走"双盲 + 共识"的现实原因。使用数据时遇到"看起来勾得不准"的个别层,先排除上述干扰因素再下结论;训练管线里加入质控筛选(排除运动伪影严重的序列)是常见做法。

§1 数据集速览:二十问二十答

1.1 基础十问:数据是什么、从哪来

Q1:Prostate158 是什么?
柏林夏里特医学院发布的前列腺 3T bpMRI 专家标注数据集:158 例(102 确诊前列腺癌 + 56 对照),每例含 T2w、DWI(b=0,100,500,1000 s/mm²)与 ADC 图,标注两个任务——解剖分区分割(central gland + peripheral zone)与 PI-RADS ≥4 病灶分割。配套 U-ResNet 基线、预训练权重与 Grand Challenge 在线评测,数据 2022 年在 Zenodo 公开。

Q2:数据有多少、从哪来?
158 例患者(train 139 + test 19,患者级不重叠),全部来自 Charité 单中心,2016-02 至 2020-01 用 Siemens VIDA 与 Skyra 两台 3.0T 采集;队列年龄 69±9 岁(35–84),PSA 中位 7.5 ng/ml(IQR 6.3)。102 例 PCa 的入组定义为 Gleason ≥6 且肿瘤体积 ≥0.1 ml;56 例对照无 PCa 诊断。

Q3:序列规格是什么?
T2w:面内 0.47×0.47 mm、层厚 3 mm、FOV 180×180 mm、TE 116 ms / TR 4040 ms;DWI:b 值 0、100、500、1000 s/mm²(含高 b 值 1000);ADC 图由 b100–b1000 计算得出。全部转 NIfTI 轴向序列,统一重采样 + 中心裁剪后发布。

Q4:两套标注怎么定义?
任务一(anatomy):T2w 上三类掩膜——0 背景、1 central gland(CZ+TZ 合并口径)、2 peripheral zone。任务二(tumor):PI-RADS ≥4 病灶逐层勾画,标注时叠加 T2w+ADC+DWI 三序列作参照;这是"把影像报告的阳性评分落回像素"的口径,不是组织病理学逐像素对齐。

Q5:谁来标注、可靠吗?
标注工具 ITK-Snap 3.8.0。分区任务:Reader1(6 年腹部影像经验)全量初标,Reader2(8 年经验)复核解剖正确性;病灶任务:两名 Reader 双盲独立勾画,金标准为二者共识口径。双轨设计——分区用"初标+复核"提效,病灶用"双盲+共识"控偏——与 Data Brief 里逐条写明的协议互为支撑。

Q6:官方基线结果如何?
自研 U-ResNet 在 test 19 例上:TZ Dice 0.877/0.875、PZ Dice 0.754/0.730、Cancer Dice 0.453/0.398(依次为模型 vs Reader1 / 模型 vs Reader2);HD 与 SD 全套指标见 §4。病灶类 Dice 低是任务难度的真值(病灶小、信号对比弱、多灶分布),分区分割则已接近 Reader 间一致水平。

Q7:模型在外部数据上表现如何?
官方对解剖分割任务做了两路外验:MSD Prostate 上 Dice 0.82/0.64,PROSTATEx 上 0.86/0.72(模型 vs Reader1 / 模型 vs Reader2)。注意外验只覆盖分区任务;病灶任务的外部泛化(跨中心、跨厂商)在该数据集论文内没有等价数字,使用权重做跨域检测时需自行验证。

Q8:我现在能拿到什么?
Zenodo 三记录:train(6481141,prostate158_train.zip 2.8 GB)、test(6592345,202.9 MB)、预训练权重(6397057,anatomy.pt + tumor.pt 各 152.8 MB,CC BY 4.0;v1.1 为记录 7040585);GitHub 仓库 MIT 许可,含训练与评测脚本;Grand Challenge 站点提供隐藏测试集的算法上传评估。许可为三口径(坑 5),商用前逐项确认。

Q9:为什么病灶分割 Dice 这么低、数据集还有价值?
因为病灶分割本来就是前列腺 MRI 里最难的像素级任务:PI-RADS ≥4 病灶平均体积小、DWI 信号对比弱、多灶分布且边界模糊。0.453 的基线 Dice 是在给后来者标定"起点在哪",而不是宣称"问题已解决";分区分割任务的高 Dice 与专家级标注一起,让它同时是分区基准与病灶基准的复合体。

Q10:为什么它对 AI-Ready 重要?
它示范了"数据—代码—权重—在线评测—数据说明书"五件套的完整交付:拿到数据就能一行命令复现基线,拿到权重就能直接推理,拿到 Data Brief 就能核对每一条标注协议,拿到 Grand Challenge 就能在不看 test 答案的前提下持续评测。对前列腺影像 AI 团队,它是继 PROMISE12/PROSTATEx 之后"工程完成度"的升级样本。

1.2 进阶十问:怎么用、边界在哪

Q11:分区掩膜和病灶掩膜能合并成一张四类图吗?
技术上可以(病灶像素叠在 central gland 或 PZ 之内,空间上不冲突),但官方刻意保持两文件分离——因为两者的标注工艺与可信度不同(分区"初标+复核",病灶"双盲+共识")。合并使用时建议保留来源标记,便于在消融实验里分别处理两种真值。

Q12:前列腺以外的结构(膀胱、直肠、骨骼)标了吗?
没有。标注只覆盖前列腺相关结构(分区与病灶),数据经过中心裁剪聚焦前列腺兴趣区;做多器官盆腔分割请转库内 ctpelvic1k(465)(CT 模态)等条目。

Q13:元数据里有什么?
病例级:年龄、PSA(中位 7.5,IQR 6.3)、PI-RADS 评分(4/5 分)、ISUP 分级组(GGG1–5);序列级:每个 NIfTI 配套 JSON 记录采集参数(设备、层厚、FOV、TE/TR、体素间距)。逐例机型归属(VIDA vs Skyra)以数据内 JSON 为准。

Q14:能直接拿去做 PI-RADS 自动评分吗?
不能直接做。本数据集没有公开逐病灶的 T2/DWI/ADC 三轴位分项评分明细,病灶标签是"≥4 合并口径";可行路径是两段式——先用病灶掩膜训检测/分割,再接评分模块(自备分项标注)。请勿宣称"用 Prostate158 端到端复现 PI-RADS 评分"。

Q15:b=500 这一档有什么用?
中间 b 值是"原料":可做 IVIM 类多 b 拟合、可合成伪高 b 图像、可测试检测模型对 b 值组合的敏感性。只按 PI-RADS 最小口径用的话 b1000 一档就够,多 b 值是给方法研究留的余量。

Q16:病灶有逐灶 Gleason 对应吗?
没有。ISUP 分级组(GGG1–5)是病例级元数据,不是逐灶像素级标签;一个病例多个病灶时,病灶间的分级归属不做像素级区分。

Q17:数据匿名化到什么程度?
经 IRB EA4/062/20 批准、知情同意豁免采集;发布的 NIfTI 不含直接标识符,临床元数据以研究口径发布。再利用仍建议按各自机构的伦理要求评估(影像 + 元数据的再识别风险非零)。

Q18:适合做自监督/半监督预训练吗?
适合。139 例训练数据每例带 6 个以上序列文件(T2w + 四 b 值 DWI + ADC),即使不碰标签也有充足的自监督原料;标签则留给监督微调与评测——"无标签预训练 + 有标签微调"是这套数据的自然打开方式。

Q19:正确的引用格式是什么?
两条论文一起引:主论文(Comput Biol Med 2022;148:105817)+ 数据论文(Data Brief 2022;45:108739);用权重再加 Zenodo 6397057,用在线评测再加 Grand Challenge 站点。完整清单见附录 A。

Q20:一句话说清它和 PI-CAI 的分工?
PI-CAI(pi-cai(555))用数千例多中心数据回答"检测算法在大规模真实分布上有多好",Prostate158 用 158 例专家共识回答"病灶与分区的像素真值长什么样"——一个管规模、一个管深度,做检测系统时两个都要。

1.3 快速上手五步

从零到第一张分割结果的最短路径:

  1. 装环境:pip install monai(或直接 clone github.com/kbressem/prostate158 装 MIT 代码);
  2. 下数据:先下 test 记录 6592345(仅 202.9 MB)+ 权重 6397057,跑通推理再决定要不要 2.8 GB 的 train;
  3. 验 md5:两枚校验值见 §5.1 表,先验后解压;
  4. 推一张:用 anatomy.pt 对 test 里任一 T2w 推理,叠上 anatomy 真值掩膜目检;
  5. 对指标:跑仓库评测脚本,对照 §4.2 双口径表核 Dice——对上了再开始自己的实验。

五个动作都不需要碰 DICOM 转换或坐标对齐——这正是"统一重采样 + 中心裁剪 + NIfTI + JSON 元数据"这套预处理在工程上的意义。

1.4 常见误传与事实对照

网络上与二手摘要里流传的错位表述,逐条对照(详细论证见对应坑号):

流传说法 事实 详见
“MD Anderson 发布的数据集” 柏林夏里特医学院(Charité Berlin)发布 坑 2
“arXiv 2023 预印本” CBM 2022 正刊 + Data Brief 2022 坑 2
“6 个前列腺分区逐一标注” 2 区域 3 类别(central gland 合并 CZ+TZ) 坑 1
“病灶和分区分级标注齐全” 病例级 GGG,无逐灶分级 Q16
“包含全盆腔多器官标注” 仅前列腺分区与病灶 Q12
“含 DCE 动态增强序列” bpMRI 口径,无 DCE Q6
“ADC 是独立采集的第四序列” ADC 由 b100–b1000 计算 坑 7
“开源所以可以随便商用” 三口径分层,数据许可以页面为准 坑 5
“病灶 Dice 0.45 说明数据集质量差” 任务难度的真值标定 坑 3
“test 19 例上比出 0.01 就是显著提升” 小样本不支撑,走隐藏评测 坑 8
“基线是 nnU-Net” 自研 U-ResNet 坑 9
“标注是外包众包完成” 2 名资深 Reader 双轨标注 Q15

1.5 十个最容易被引错的关键数字

按"引用出错率"排序的关键数字卡,引用前对照:

  1. 158——患者总数(139 train + 19 test),不是切片/序列/病灶数;
  2. 102 + 56——确诊 PCa 与对照的病例数,不是标注掩膜的数量;
  3. 0.1 ml——病灶入组体积下限(配 Gleason ≥6),低于此的癌灶不入标注(坑 4);
  4. 0.877 / 0.754 / 0.453——TZ / PZ / Cancer 的 Dice(对 Reader1),三数必须带类别名引用,摘掉类别名就是事故;
  5. 0.453 vs 0.398——双口径差值即 Reader 间差异,单独引用其一都会失真;
  6. 0/1/2——分区掩膜的三个类别值(背景 / central gland / PZ),不存在类别 3(坑 1);
  7. b=0,100,500,1000——四个 b 值;ADC 由 b100–b1000 计算(坑 7);
  8. 2.8 GB / 202.9 MB——train 与 test 包体积,配两枚 md5 使用;
  9. 69±9——队列年龄(35–84),引用时勿写成"中位年龄";
  10. 2022-09——主论文刊期(CBM 148:105817),非 arXiv 2023(坑 2)。

§2 数据构成与规格

2.1 队列构成:158 例怎么切

Prostate158 的患者级切分原则是"train 139 + test 19,患者级不重叠",全部来自 Charité 单中心 2016-02 至 2020-01 的连续采集。队列画像如下:

维度 数值 备注
总例数 158 train 139 + test 19,患者级不重叠
确诊 PCa 102 入组定义:Gleason ≥6(GGG1 起步)且肿瘤体积 ≥0.1 ml
对照 56 无前列腺癌诊断
年龄 69±9 岁(35–84) —
PSA 中位 7.5 ng/ml(IQR 6.3) 临床常规区间偏高,符合活检前队列
PI-RADS 评分 4 分 55 例 / 5 分 47 例 只统计病灶标注侧的阳性评分分布
ISUP 分级组 GGG1:11 / GGG2:37 / GGG3:24 / GGG4:21 / GGG5:9 五级全覆盖,中低危占主体
设备 Siemens VIDA + Skyra 双机型均为 3.0T,同厂商
采集窗口 2016-02 至 2020-01 约 4 年连续采集

两个容易读偏的口径值得单独强调:

  1. 102 + 56 = 158 是"病例身份"口径,不是"标注量"口径。102 例 PCa 中,只有体积 ≥0.1 ml 的病灶才进入病灶标注;56 例对照的 anatomy 掩膜照常存在(分割任务照样可用),但 tumor 层为空——空 tumor 层的含义是"没有达入组标准的病灶",不等于"没有癌"(坑 4)。
  2. **GGG 分布中低危为主(GGG1+GGG2 = 48/102)**符合 PSA 筛查时代的活检队列特征,做高危人群算法时要注意分布外推。

2.2 序列规格:bpMRI 三件套

每例患者的原始检查按 bpMRI 口径组织——T2w 与 DWI/ADC 两个序列族,不含 DCE(动态对比增强):

序列 参数 用途
T2w(t2) 面内 0.47×0.47 mm;层厚 3 mm;FOV 180×180 mm;TE 116 ms;TR 4040 ms 解剖分区分割的主输入;病灶勾画的形态参照
DWI(dwi) b = 0, 100, 500, 1000 s/mm²(四 b 值) 病灶勾画的信号参照;高 b 值 1000 在列
ADC(adc) 由 b100–b1000 计算得出 病灶勾画的定量参照;不是独立采集序列(坑 7)

四 b 值设计值得注意:b=100 保留灌注信息,b=500 是过渡,b=1000 是 PI-RADS v2.1 推荐的高 b 值档位。相比只放两个 b 值的极简口径,这套设计让使用者可以自己尝试 IVIM 类拟合或不同 b 值组合的检测策略,但也意味着文件体积与加载成本的上升。

三个序列在读片与建模中的角色分工可以这样记:T2w 是"地图"(解剖分区、腺体轮廓、包膜线的唯一信息源),DWI 是"警报"(高 b 值上病灶亮起来),ADC 是"裁判"(量化扩散系数,排除 T2 透过效应的假警报)。分区任务只用地图就够;病灶任务必须三图合诊——这与 PI-RADS 的读片顺序(先看 DWI/ADC 找可疑、再回 T2w 定位与形态描述)完全同构,也是 tumor 头采用三通道堆叠输入的原理层原因。

2.3 文件组织与预处理

数据以 NIfTI 格式发布,全部转轴向(axial)方向,经过统一重采样与中心裁剪:

  • 目录结构:以患者 ID 为一级目录,序列文件分列——t2(T2w 原序列)、dwi(高 b 值 DWI)、adc(ADC 图)、anatomy(分区掩膜)、tumor(病灶掩膜);每个 .nii.gz 配套同名 JSON 元数据头(设备、参数、体素间距等)。
  • 预处理:统一重采样到一致体素网格 + 中心裁剪到前列腺兴趣区——这保证任何使用者拿到的空间几何一致,是"开箱即训"的前提。
  • 切分:train/test 以患者为单位切分,无任何切片级泄漏;官方基线与 Grand Challenge 在线评测均以 test 19 例为准。

一个病例在数据包里的形态(示意,文件名以实际包为准):

patient_XXXX/
├── t2.nii.gz            # T2w 轴向序列(分区任务输入)
├── dwi.nii.gz           # 高 b 值 DWI(b1000)
├── adc.nii.gz           # ADC 图(b100–b1000 计算)
├── anatomy.nii.gz       # 分区掩膜(0/1/2)
├── tumor.nii.gz         # 病灶掩膜(0/1)
├── t2.json              # 序列级元数据(设备/参数/体素间距)
├── dwi.json
└── adc.json

要点:掩膜与序列同名相邻、一一对应;JSON 头保留还原几何所需的全部参数——"掩膜即序列的影子"是这套组织方式的原则。

2.4 双任务标注的像素语义

任务 文件 类别值 语义
解剖分区 anatomy 0 / 1 / 2 0 背景;1 central gland(CZ+TZ 合并);2 peripheral zone
病灶 tumor 0 / 1 0 非病灶;1 PI-RADS ≥4 病灶(逐层勾画)

再次强调(这句话在本文会重复三次,因为这是被误传最多的口径):这个数据集只有 2 个解剖区域、3 个类别,不存在"6 前列腺分区逐一分割"(坑 1)。前列腺的经典分带解剖是外周带(PZ)、移行带(TZ)、中央区(CZ)加上前纤维肌肉基质(AFMS)等区块,而本数据集按"central gland = CZ + TZ 合并"的临床读片惯例做了归并——AFMS 不单独分割。需要 PZ/TZ 逐带真值的团队请用库内 sicapv2(328)(Robotic-RADICAL 队列,逐带标注)。

2.5 与同代前列腺 MRI 数据集的规格对比

把"序列规格"这一维度单独拉出来看(任务与生态维度见 §8):

数据集 场强/序列 T2w 分辨率口径 b 值配置 格式与预处理
Prostate158 3.0T(VIDA + Skyra) 0.47×0.47 mm / 3 mm 0/100/500/1000 + ADC NIfTI,重采样 + 中心裁剪
PROMISE12(promise12(540)) 多中心混合(1.5T/3T) 各中心不一 无 DWI NIfTI/MHA,几何不一
MSD Prostate(medical-decathlon(77)) 多中心 多中心不一 T2w + ADC(无多 b 值) NIfTI
PROSTATEx(prostatex(554)) 3.0T 单中心 — b1000/b2000(DICOM) DICOM 原始口径
SICAPv2(sicapv2(328)) 3T 多中心不一处理 无 DWI NIfTI(病理重切片对齐)

对比要点:Prostate158 是其中唯一一个"单中心统一采集 + 多 b 值 DWI + 双任务标注 + 统一预处理"四项全占的——统一性换规模(158 例),这在方法研究中常是划算的买卖:协变量少,消融实验干净。

2.6 元数据字段清单

随数据发布的元数据分两级:

级别 字段 说明
病例级 patient_id 患者匿名编号,目录名与文件名主键
病例级 age 年龄(队列均值 69±9,范围 35–84)
病例级 PSA 前列腺特异抗原(队列中位 7.5,IQR 6.3)
病例级 PI-RADS 4 分 55 例 / 5 分 47 例(阳性侧口径)
病例级 grade group ISUP GGG1–5(11/37/24/21/9)
序列级 设备与参数 机型、场强、层厚、FOV、TE/TR、体素间距
序列级 b 值 DWI 各卷的 b 值标注(0/100/500/1000)

使用提醒:逐例机型归属(VIDA vs Skyra)以包内 JSON 为准;分析机型效应时这是现成的分层变量。

2.7 体素几何:各向异性与深度学习的隐变量

T2w 的"0.47 mm 面内 × 3 mm 层厚"是典型的 MRI 各向异性几何——面内接近显微级,层向粗 6 倍。这个几何不是小细节,它直接决定建模选择:

  1. 2D vs 3D 网络:3 mm 层厚下 3D 卷积的层向感受野信息稀薄,2D(逐层)或 2.5D(相邻层堆叠)常是更稳的起点;官方 U-ResNet 的逐层评测口径也与此匹配。
  2. 重采样的方向选择:把各向异性重采样到各向同性(如 1 mm³)利于 3D 方法,但会插值稀释面内细节——0.47 mm 的包膜线细节正是分区分割的命根子;重采样方向要当作实验变量,而不是默认动作。
  3. 层厚与病灶体积:病灶以"逐层勾画"记录,层向精度受 3 mm 层厚限制——病灶体积估算的层向误差天然在毫米级,引用任何"体积"类派生指标时要带这层不确定性。
  4. 与原始 DICOM 的关系:发布数据已统一重采样 + 中心裁剪,JSON 元数据保留体素间距等原始参数——需要还原几何时以 JSON 为准,别用 NIfTI 头反向猜测。

2.8 双任务的监督信号设计:为什么是两个头而不是一张四类图

把分区(3 类)与病灶(2 类)合并成一张四类别掩膜在像素上可行(病灶必然落在腺体内),但官方选择双头分离,理由有三:

  1. 真值可信度不同:分区真值是"初标+复核"产物,病灶真值是"双盲+共识"产物——两种工艺的可信度等级不同,合并后差异被抹平,下游无法分别加权;
  2. 输入模态不同:分区任务只需 T2w 单通道,病灶任务需要 T2w+ADC+DWI 三通道堆叠——合并任务意味着所有样本都要载三序列,浪费且引入无关变量;
  3. 评测口径不同:两个任务在 Grand Challenge 与文献里的评测惯例不同,双头分离让两个任务各自走各自的标准评测线。

这个设计对做"多任务网络"的团队是个现成对照:先问真值等级,再问输入模态,最后才问网络结构——顺序反了会把标注工程问题误诊为模型问题。

§3 标注流水线:ITK-Snap 双轨制

3.1 工具与人员

标注全部在 ITK-Snap 3.8.0 中完成。人员配置刻意精简:

  • Reader1:6 年腹部影像经验(初标主力);
  • Reader2:8 年腹部影像经验(复核与病灶双盲)。

没有更大的标注团队,也没有外包——这是"专家级标注"路线的典型选择:用两位资深 Reader 的协作质量换掉规模化标注的产能。配套代价是产能有限(158 例,而非数万例),收益是每一条掩膜都可追溯到具体的医师经验水平。

3.2 分区任务:初标 + 复核

解剖分区标注采用"流水线提效"设计:

  1. Reader1 全量初标:在 T2w 上逐层勾画 central gland 与 peripheral zone;
  2. Reader2 解剖复核:逐例检查掩膜的解剖正确性(分区边界是否贴合前列腺包膜、central gland 与 PZ 的交界是否符合影像学惯例),发现问题即修正。

这条轨线的重心是"效率 + 一致":分区边界在 T2w 上信号对比清晰(包膜、外科包膜层面可辨),初标加复核足以稳定到专家间一致水平——§4 的基线 Dice(TZ 0.877)与外验数字(MSD 0.82)正是这条质量线的量化证明。

3.3 病灶任务:双盲 + 共识

病灶标注采用"质量优先"设计:

  1. 两名 Reader 双盲独立勾画:互不可见对方的掩膜,在 T2w+ADC+DWI 三序列堆叠视图下逐层勾画 PI-RADS ≥4 病灶;
  2. 共识口径为金标准:两者一致的像素直接进入金标准,分歧像素经协商归入共识。

这条轨线的重心是"控偏":病灶边界在影像上天然模糊(DWI 信号灶与解剖结构不对齐、前列腺炎与癌的信号重叠),单人勾画会把个人读片习惯固化进真值。双盲独立 + 共识的设计让金标准成为"两位专家都认可的最小集",代价是Reader 间差异会被显式记录——§4 里"Cancer Dice 0.453/0.398"两个数字的差值(模型对 Reader1 略好于对 Reader2)正是这种个体差异的留痕。

3.4 与库内标注工艺的横向对照

数据集 标注对象 工艺 人员
Prostate158 MRI 分区 + 病灶 ITK-Snap 双轨:初标复核 + 双盲共识 2 Reader(6 年/8 年)
PANDA(panda(560)) 活检切片 Gleason 病理医师多轮标注 ISUP 一致性校准
panda-plus(640) WSI 分割 三层流水线 + 仲裁 多医师 + 仲裁者
SICAPv2(sicapv2(328)) 逐带 + Gleason 分级 两位 uropathologist 共识 2 人

可以看到 Prostate158 属于"小团队、专家级、协议透明"路线:它的标注协议在 Data Brief 里逐条写明(工具版本、经验年限、双盲规则、共识规则),可复现程度是同类 MRI 数据集中较高的一档。

3.5 质量控制检查单(从协议提炼)

把 Data Brief 与论文中的标注规则整理成可执行的 QC 检查单——照此复刻工艺或验收外包标注都能用:

# 检查项 适用任务 依据
1 掩膜仅含前列腺相关结构,无越界勾画 双任务 协议范围界定
2 central gland 与 PZ 的交界贴合外科包膜层面惯例 分区 解剖正确性复核项
3 逐层连续性:相邻层掩膜突变需回查(前列腺是连续体,无理由的跳变多为误操作) 双任务 ITK-Snap 逐层勾画惯例
4 病灶勾画必须三序列同屏参照(T2w+ADC+DWI),禁止单序列下笔 病灶 双盲协议要求
5 双盲纪律:病灶阶段两 Reader 互不可见对方掩膜 病灶 双盲设计
6 分歧像素逐条协商留痕,共识即金标准 病灶 共识口径
7 只勾 PI-RADS ≥4 病灶;<4 可疑信号不入标注 病灶 入组定义
8 工具版本固定 ITK-Snap 3.8.0,升级需重训眼手一致性 双任务 版本冻结
9 病例级元数据(PI-RADS/GGG)与掩膜一致性抽检:5 分病例必须有病灶掩膜,缺查 双任务 队列口径
10 掩膜导出后与源序列逐例核对几何(层号、尺寸),防错位归档 双任务 几何一致性

3.6 一例标注的走查(叙述)

以一例典型阳性病例走一遍完整流程,感受"双轨制"的实际节奏:

  1. 数据就位:病例进 ITK-Snap,加载 T2w 为主视图,DWI/ADC 以旁轴视图与堆叠视图待命;JSON 元数据确认层厚 3 mm 与体素间距。
  2. 分区轨:Reader1 从前列腺基底到尖部逐层走刀——central gland 先勾(边界靠外科包膜与移行带信号差),PZ 再勾(包膜线清晰处快走、前列腺尖部与基底部的模糊带慢走);全例完成导出 anatomy 掩膜。
  3. 分区复核:Reader2 逐例过一遍解剖正确性:基底面是否把中央区归入 central gland、尖部 PZ 是否误吞括约肌、有无把前列腺周围静脉丛当成 PZ;发现即改。
  4. 病灶轨:两名 Reader 各自在互盲状态下翻阅三序列,定位影像报告中 PI-RADS ≥4 的病灶(PZ 灶看 DWI 高信号 + ADC 低信号与 T2 形态,TZ 灯泡样灶看 T2w),逐层勾画 tumor 掩膜。
  5. 共识:两名 Reader 的掩膜逐像素对比——重合部分直接进入金标准;分歧层(常见于病灶边缘的 DWI 渐变带)协商裁决。
  6. 归档:anatomy.nii.gz 与 tumor.nii.gz 连同序列文件进包,JSON 元数据补齐,md5 随 Zenodo 记录冻结。

一例的总工时以小时计——158 例的规模正是"专家级"路线的物理上限,也是这个数据集不吹"数万例"的原因。

3.7 标注经济学:为什么这条流水线不外包

把 Prostate158 的标注路线放到"外包规模化"的对立面看,取舍会更清楚:

维度 Prostate158 路线 外包规模化路线
人员 2 名资深 Reader 数十名标注员 + 质检层
产能 158 例 / 月级 数千例 / 周
单例成本 高(专家时薪 × 数小时) 低一个量级
一致性 Reader 间差异被双盲显式记录 依赖质检抽检与仲裁
适用任务 边界模糊、需要临床判读的(病灶) 边界清晰、规则可穷举的(器官轮廓)
可追溯性 协议逐条公开于 Data Brief 视乙方而定

这张表的关键结论是按任务分轨而不是押注单边:本数据集内部已经示范了"分区分割走提效轨、病灶勾画走控偏轨"的混合制——外包与否不是立场问题,是每个任务的边界清晰度问题。库内 panda-plus(640) 的三层医师流水线是病理侧的同构答案。

3.8 协议可移植清单:八条带走就用的规则

把 Data Brief 与本文 §3 的工艺抽象成与具体数据集无关的规则,任何标注项目都可以直接套用:

  1. 先分级再分工:按"边界清晰度"把任务分为提效级与控偏级,分别指派工艺;
  2. 提效级走"初标 + 复核":复核只查解剖/业务正确性,不重画;
  3. 控偏级走"双盲 + 共识":金标准只认共识,分歧留痕;
  4. 参照序列写进协议:勾画时看哪些序列、以哪个为主视图,逐条写死;
  5. 入组口径写进协议:什么算阳性(分级下限、体积下限)、什么不标,量化到数字;
  6. 工具版本冻结:版本升级视同协议变更,需重新走校准;
  7. 人员经验写进档案:每份掩膜可追溯到勾画者经验年限;
  8. 协议全文公开:以数据论文或附录形式发布,让评测者可核对。

§4 结果与基准:U-ResNet 全指标

4.1 基线模型:U-ResNet

官方基线是自研 U-ResNet(U 形编解码结构 + ResNet 骨干,MIT 代码仓库内可复现)——不是 nnU-Net,也不是 MONAI 预置网络(坑 9)。两个模型头分别对应两个任务:anatomy 头(三类分割)与 tumor 头(二类分割,三序列堆叠输入)。预训练权重 anatomy.pt 与 tumor.pt 各 152.8 MB,随 Zenodo 记录发布。

U-ResNet 的角色定位值得说清:它不是"刷 SOTA 的竞赛级方案",而是"证明数据集能训出合理模型的参照物"。选择自研轻量结构而非集成式框架,好处是基线与数据集同仓、同许可、同版本演进——使用者复现时的自由度变量只剩超参数本身。网络的具体层数、通道配置与训练超参以仓库代码为准,本条目不逐层转述以免与代码版本漂移;真正需要背下来的事实只有三个:基线名(U-ResNet)、两个任务头、双口径评测协议。

4.2 主指标表(test 19 例)

Dice 系数(越高越好):

类别 模型 vs Reader1 模型 vs Reader2
TZ(central gland) 0.877 0.875
PZ(peripheral zone) 0.754 0.730
Cancer(病灶) 0.453 0.398

Hausdorff 距离 HD(mm,越低越好):

类别 模型 vs Reader1 模型 vs Reader2
TZ 18.3 22.8
PZ 17.5 33.2
Cancer 36.7 39.5

Surface Distance SD(mm,越低越好):

类别 模型 vs Reader1 模型 vs Reader2
TZ 2.19 1.95
PZ 2.59 1.88
Cancer 17.37 19.13

读表三要点:

  1. PZ 的 HD(33.2)与 SD(1.88)差值巨大是典型的"少数离群面元拉爆 HD"现象——HD 对单个离群点敏感,SD 更能代表整体边界质量;引用时请成对报告。
  2. Cancer 的 SD 在 17 mm 以上直观呈现病灶边界的失配量级:一个病灶的直径常常只有几毫米到一厘米级,17 mm 的表面距离意味着模型边界与专家边界经常"错位一个病灶"。
  3. 两组对照(vs Reader1 / vs Reader2)的系统性差值(Cancer 0.453 vs 0.398,PZ 的 HD 17.5 vs 33.2)量化了 Reader 间差异——引用单一数字时请注明对哪位 Reader。

4.3 外部验证(仅解剖分割任务)

外部数据集 TZ Dice PZ Dice 说明
MSD Prostate(medical-decathlon(77) 子任务) 0.82 0.64 MSD 口径与本文 TZ/PZ 近似对应
PROSTATEx(prostatex(554)) 0.86 0.72 跨中心外验

外验数值整体低于内验(TZ 0.877 → 0.82/0.86),降幅集中在 PZ——外中心数据的前列腺形态、层厚与信号惯例差异先作用在更难分的外周带上。再次强调:外验只覆盖分区任务,病灶任务的跨中心泛化没有官方等价数字(§0 已述)。

4.4 怎么引用这套基准

  • 引用分区分割能力:报 TZ/PZ Dice + SD,注明"vs Reader1/Reader2"口径与 test 19 例的小样本属性(坑 8);
  • 引用病灶任务难度:报 Cancer Dice 0.453/0.398,并引用本文对入组定义(Gleason ≥6 且 ≥0.1 ml)的限定——脱离口径引用会放大或贬低这个数字;
  • 做算法改进:以 test 19 例做快速迭代、以 Grand Challenge 隐藏测试集做去偏终评,两层评测并行是官方设计意图。

4.5 用预训练权重的最小推理路径

MONAI model zoo 的 prostate_mri_anatomy 模型卡把 anatomy 权重做成了"拉取即推理"形态,最小路径三步:

# 1. 安装带 model zoo 的 MONAI 环境
pip install monai

# 2. 拉取 anatomy 模型卡与权重(HF 镜像 monai-test)
python -c "from monai.bundle import download; download('prostate_mri_anatomy')"

# 3. 对自备的 T2w NIfTI 推理(按模型卡脚本传入输入路径)

不使用 MONAI 的话,走 Zenodo 6397057 直接下载 anatomy.pt / tumor.pt,配合 GitHub 仓库内的网络定义与预处理脚本加载——两条路的预处理必须对齐(统一重采样 + 中心裁剪 + 轴向),否则指标会莫名劣化。

4.6 复现官方基线的实验清单

想从零复现 §4.2 的数字,按此清单核对变量:

  1. 数据版本:train 6481141 / test 6592345,md5 先验后解;
  2. 网络:仓库内 U-ResNet 定义,勿替换为 nnU-Net 后对照本文数字(坑 9);
  3. 输入口径:分区任务吃 T2w 单序列;病灶任务吃 T2w+ADC+DWI 三序列堆叠——通道数不同,别混;
  4. 评测口径:test 19 例,Dice/HD/SD 三件套 ×双口径(对 Reader1 / 对 Reader2);
  5. 解读:PZ 的 HD 会被少数离层面元拉爆(§4.2 读表要点),引用时 Dice + SD 成对报;
  6. 终评:跑完本地 test 后上 Grand Challenge 隐藏评测去偏。

复现结果与本文表差的合理波动区间:19 例小样本下 Dice ±0.01–0.02 量级正常;Cancer 类波动更大(病灶少、每层贡献不均)。

4.7 在自己论文里报告结果时的对齐规范

以 Prostate158 为基准报告新方法结果时,遵守这五条可以避免绝大多数"数字打架":

  1. 双口径成对报:给出对 Reader1 与对 Reader2 两组数,或至少注明口径——只报单一口径会被审稿人要求补齐;
  2. 三项指标成套报:Dice + HD + SD 一起给(HD 报离群敏感属性、SD 报整体边界质量),只报 Dice 无法区分"整体偏差"与"离群翻车";
  3. 切片/病例级口径写明:逐层算还是逐例三维算,Dice 数值含义不同——官方口径以 Data Brief/论文为准,自设口径要显式声明;
  4. Cancer 类必须带口径限定:引用 0.453/0.398 时附"PI-RADS ≥4、Gleason ≥6 且 ≥0.1 ml 入组、双盲共识金标准"的限定语(坑 3、坑 4);
  5. test 19 例只作快报:结论级数字走 Grand Challenge 隐藏评测,并在文中注明两层评测的分工(坑 8)。

4.8 与第三方结果的可比性:为什么本条目不列别的论文的数字

检索"Prostate158 benchmark"会看到后续论文报告的各色 Dice,本条目刻意不转录这些数字,原因有三:

  1. 预处理自由度:后续工作常自行调整重采样目标、裁剪范围与增广策略——同一掩膜在不同几何口径下的 Dice 不可直接对表;
  2. 评测划分自由度:部分工作重切 train/val 或只用子集,病例级口径一旦变化,数字失去可比性;
  3. 口径漂移:对 Reader1 / 对 Reader2 / 对共识三种评测对象在引用链里常被悄悄混用。

本条目只转录官方双口径表(§4.2)与官方外验(§4.3)——两者预处理、划分、口径全部可追溯到同一份代码与论文。需要第三方进展的读者,建议从 Grand Challenge 排行榜与引文网络里按上述三条自由度逐项核对后自行取用。

§5 获取与许可:三口径许可与 Zenodo 三记录

5.1 Zenodo 三记录:DOI、体积与校验值

记录 DOI 内容 体积 md5 抓取时点状态
train 10.5281/zenodo.6481141 prostate158_train.zip(139 例,T2w/DWI/ADC/anatomy/tumor) 2.8 GB a0d5361b7c4cbf3f17f7ccb9a2e1739c 可下载(2022-04-24 首发)
test 10.5281/zenodo.6592345 test 分册(19 例,同构) 202.9 MB 403b3736cb12013ed7585e07cbda6978 可直接下载(2022-05-30 首发)
权重 10.5281/zenodo.6397057 anatomy.pt + tumor.pt(各 152.8 MB) ~305.6 MB — CC BY 4.0(v1.1 = 记录 7040585)

下载姿势三则:

  1. 先核 md5 再解压:两枚 md5 已在上表存照;2.8 GB 的 train 包断点续传后尤其要验。
  2. test 记录最小:想先跑通管线可以只下 test(202.9 MB),配权重 anatomy.pt/tumor.pt 即可推理与评测,不必等 train。
  3. 权重版本:v1.1 指向记录 7040585;引用权重时注明版本号,避免"复现结果对不上旧权重"的悬案。

5.2 许可三口径:MIT、CC BY 4.0 与"以页面为准"

Prostate158 的许可要拆成三层看,混为一谈是最常见的合规误操作(坑 5):

层 载体 许可 依据
代码 github.com/kbressem/prostate158 MIT(Copyright © 2022 Keno Bressem) 仓库 LICENSE 文件
预训练权重 Zenodo 6397057 CC BY 4.0 Zenodo 记录页徽章
论文 CBM 2022 / Data Brief CC BY 4.0(Data Brief 全文公开) 出版方
数据记录 Zenodo 6481141 / 6592345 徽章未核获——抓取时点 Zenodo 页面拦截了导出接口,未能捕获徽章原文 存照:Data Brief 记载早期为注册申请制(申请后 24 小时内授权),现行页面 test 记录可直下

第四行是本文唯一"无法一次核死"的项:本条目在抓取时点(2026-09-27)无法从 Zenodo 记录页捕获 train/test 记录的 license 徽章原文,只能按"Data Brief 记载 + 现行页面行为"三角存照。给使用者的操作建议:下载页面上必有一条现行 license 声明,下载前花 10 秒读它;商用或再分发前,若页面条款与本文描述不一致,以页面为准并通过 GitHub 仓库 issue 与作者确认。这正是一条 AI-Ready 条目应有的诚实姿势:核到哪一步、写明哪一步。

许可叠加矩阵(用途 × 部件速查):

你的用途 代码 权重 数据 论文
跑通复现实验 MIT ✓ CC BY 4.0 ✓ 按页面 ✓ 引用即可
发论文报告新结果 MIT ✓ CC BY 4.0 + 署名 按页面 + 引用 引用
训练商用模型 MIT ✓ CC BY 4.0 边界待核 先过检查单 §5.8 引用
再分发数据副本 — — 原则上不建议,引导原记录 引用
教学演示 MIT ✓ CC BY 4.0 ✓ 按页面 + 署名 引用

5.3 伦理与合规

  • 采集经 Charité 伦理委员会批准(IRB EA4/062/20),知情同意以豁免方式处理,符合赫尔辛基宣言;
  • 数据以"NIfTI + 元数据 JSON"发布,未包含直接标识符;年龄与 PSA 等临床元数据以聚合/半聚合形式随数据发布;
  • 二次利用仍建议按自家机构要求评估(影像数据 + 临床元数据的再识别风险非零)。

5.4 DAIMS 速览:AI-Readiness 六问

以本库 DAIMS(Dataset AI-Readiness Information Meta-Sheet)字段快查本数据集的"开箱即用"程度:

DAIMS 字段 Prostate158 现值 就绪度
模态与序列 bpMRI:T2w + DWI(b=0,100,500,1000)+ ADC(计算值) 完整
标注任务 分区分割(3 类)+ 病灶分割(2 类,PI-RADS ≥4) 双任务齐备
数据格式 NIfTI(.nii.gz)+ JSON 元数据,统一重采样/中心裁剪 开箱即训
切分与防泄漏 train 139 / test 19,患者级不重叠 防泄漏
基线与权重 U-ResNet 全指标 + anatomy.pt/tumor.pt(CC BY 4.0) 五件套齐全
在线评测 Grand Challenge 隐藏测试集算法上传制 持续评测
许可明确度 代码 MIT / 权重 CC BY 4.0 / 数据记录页面为准 半开(需自查页面)
标注协议公开 Data Brief 逐条写明(工具版本/经验/双盲/共识) 透明

5.5 下载与校验故障排查

症状 原因 处置
md5 不匹配 断点续传截断 / 版本混用 重下 train 包;确认下载的是 6481141 而非 7040585(后者是权重 v1.1)
NIfTI 加载方向错 忽略了轴向存储约定 按包内 JSON 的体素间距与方向字段重排,勿擅自重采样后再比对官方指标
病灶推理通道数报错 分区任务 1 通道、病灶任务 3 通道混装 按模型头核对输入堆叠(T2w+ADC+DWI)
Zenodo 页面要求登录 访问了错误记录 / 早期申请制缓存 核对记录号(train 6481141、test 6592345、权重 6397057);仍异常则按页面指引申请
Grand Challenge 提交格式被拒 输出口径与平台模板不符 按站点算法容器的 I/O 模板对齐 NIfTI 输出

5.6 数据记录元数据字段(Zenodo 侧)

字段 train 记录 6481141 test 记录 6592345
首发 2022-04-24 2022-05-30
主体文件 prostate158_train.zip test 分册 zip
体积 2.8 GB 202.9 MB
md5 a0d5361b7c4cbf3f17f7ccb9a2e1739c 403b3736cb12013ed7585e07cbda6978
例数 139 19
关联 主论文 CBM 2022 主论文 CBM 2022

5.7 许可三问(编辑部答复口径)

问:仓库是 MIT 的,我能不能拿数据做商业产品?
不能直接推。MIT 只覆盖代码仓库里的脚本与网络定义;数据与权重是独立法律层——权重 CC BY 4.0(商用可行但需署名 + 声明修改),数据记录以 Zenodo 页面现行条款为准(坑 5)。商用前的最小动作:截图存档下载页面的许可声明,必要时经 GitHub issue 向作者书面确认。

问:用权重微调出的新模型,许可以谁为准?
权重 CC BY 4.0 的传染边界:以它为基础的派生模型通常延续 CC BY 4.0 的署名义务(具体边界以许可文本与法务意见为准);train 数据上自训的模型则跟随你的数据使用授权。两层来源混用(预训练初始化 + 本数据微调)时,两层义务叠加而不是覆盖。

问:论文里报了 Grand Challenge 成绩,可以再发 test 集逐例结果吗?
公开 test 的逐例结果可以发(它本来就是公开的);隐藏测试集成绩按平台规则引用,不要试图反推隐藏答案——平台的算法上传制就是为了防止答案泄漏,破坏它等于毁掉这个数据集最后的去偏评测层。

5.8 商用/再分发前合规检查单

逐条打勾后再动手:

  1. Zenodo train/test 记录页的现行 license 声明已截图存档;
  2. 代码仓库 LICENSE(MIT)与版权声明(Keno Bressem)随衍生代码保留;
  3. 权重(CC BY 4.0)的使用处已署名并声明修改(如适用);
  4. 论文引用组合(主论文 + Data Brief)已写入产品文档或发表物;
  5. 数据记录许可若为"署名类"条款,署名格式已核对;
  6. 患者隐私再评估(影像 + 元数据再识别风险)已过自家伦理/法务流程;
  7. 再分发计划(若有):确认许可允许,且附带同等条款与来源链接;
  8. 上述任一条存疑时,已通过 GitHub issue 与作者确认并存档回复。

5.9 引用条目:推荐引用组合与 BibTeX 骨架

三种场景的引用组合见 §6.6;两条论文的 BibTeX 骨架如下(完整字段以出版方页面为准):

@article{adams2022prostate158,
  title   = {Prostate158 - An expert-annotated 3T MRI dataset
             and algorithm for prostate cancer detection},
  author  = {Adams, Lisa C. and others},
  journal = {Computers in Biology and Medicine},
  volume  = {148},
  pages   = {105817},
  year    = {2022},
  doi     = {10.1016/j.compbiomed.2022.105817}
}

@article{adams2022dataset,
  title   = {Dataset of prostate MRI annotated for anatomical
             zones and cancer},
  author  = {Adams, Lisa C. and others},
  journal = {Data in Brief},
  volume  = {45},
  pages   = {108739},
  year    = {2022},
  doi     = {10.1016/j.dib.2022.108739}
}

用权重再加一条 @misc(Zenodo DOI 10.5281/zenodo.6397057,注明版本);作者全名单以论文页为准,BibTeX 中 “and others” 需替换为完整作者链后投稿。

§6 生态与影响:一条主线、三个出口

6.1 代码主线:kbressem/prostate158

GitHub 仓库(抓取时点 37 stars / 8 forks)是整个生态的中枢:数据加载、U-ResNet 定义、训练与评测脚本、两任务推理一应俱全,MIT 许可。仓库 issue 区记录了模型卡收录(MONAI model zoo 脉络见 issue #101)与权重版本演进。对复现者来说,这是"从 README 到第一张分割结果"最短的那条路。

仓库围绕"配置 → 训练 → 评测 → 推理"四个环节组织,具体文件名随版本演进,以仓库当前 README 为准。三条使用约定值得预先知道:其一,预处理(重采样 + 中心裁剪)内建于数据加载管线,跳过它会直接破坏与官方指标的可比性;其二,评测脚本默认输出双口径(对 Reader1 / 对 Reader2),别图省事只跑单口径;其三,权重文件(anatomy.pt / tumor.pt)从 Zenodo 下载而非入库,仓库与权重的版本对应关系见 release 说明。

6.2 模型出口:MONAI model zoo

预训练 anatomy 模型以 prostate_mri_anatomy 模型卡形式进入 MONAI model zoo(Hugging Face 镜像 monai-test/prostate_mri_anatomy)——也就是说,装了 MONAI 的团队可以不碰原始 Zenodo 记录,直接 model zoo 拉权重做推理。这层入口把数据集的影响半径从"前列腺影像圈"扩展到了"通用医学影像框架用户"。

model zoo 入口与 Zenodo 原始记录的关系值得厘清:模型卡是"打包成 bundle 规范的推理入口"(网络定义 + 权重 + 预处理配置),Zenodo 是"原始发布"(含 tumor.pt 与论文对应关系)。做产品集成走 model zoo 更顺(bundle 拉取即用);做论文复现走 Zenodo + GitHub 更稳(版本对应关系完整)。两条入口指向同一份 anatomy 权重,结果一致性由 bundle 配置保证。

6.3 评测出口:Grand Challenge

prostate158.grand-challenge.org 承接隐藏测试集的算法上传制评估:参赛者上传算法容器,平台在不见答案的前提下跑 test 并回传指标。这解决了"test 19 例答案公开后逐渐失去评测意义"的经典难题——公开 test 用于快速迭代,隐藏评测用于去偏终报。库内 pi-cai(555)、leopard(636) 也采用同样的 grand-challenge 机制。

6.4 引用影响

主论文(CBM 2022)发布后成为前列腺 MRI 分割/检测论文的常用专家标注基准:分区分割任务常被用于与 PROMISE12 系工作对接,病灶标注常被用于检测/分级类工作的专家真值引用;Data Brief 则以"数据论文"身份承接引用。它没有挑战赛式的一次性流量,靠"五件套齐全"在时间线上持续被引。

6.5 完整时间线

时间 事件
2016-02 Charité 开始队列采集(VIDA + Skyra 3.0T)
2020-01 采集关窗,158 例冻结
2020 IRB EA4/062/20 获批(知情同意豁免),标注启动
2022-04-24 Zenodo train 记录 6481141 上线(2.8 GB)
2022-05-30 Zenodo test 记录 6592345 上线(202.9 MB)
2022 权重记录 6397057 上线(CC BY 4.0;后更新 v1.1 = 7040585)
2022-09 主论文登 CBM 正刊 148:105817;Data Brief 45:108739 同期发布
2022 起 MONAI model zoo 收录 prostate_mri_anatomy(GitHub issue #101 记录脉络)
2022 起 Grand Challenge 站点承接隐藏测试集算法评估,持续运行
2026-09-27 本条目抓取核验时点(37 stars / 8 forks)

6.6 引用场景清单

不同研究场景应引用的不同部件——引用错位是这类"多部件数据集"最常见的学术事故:

场景 引用部件
用数据做训练/评测 主论文 + Data Brief + 对应 Zenodo 记录
用预训练权重 权重记录 6397057(v1.1 注明 7040585)+ 主论文
用 MONAI 模型卡 model zoo 条目 + 主论文
引用标注协议/工艺 Data Brief(唯一完整公开来源)
报告在线评测成绩 Grand Challenge 站点 + 主论文
讨论"Cancer Dice 低" 主论文 § 结果节 + 本文坑 3 的口径限定

6.7 检索与发现:在库内找到相关条目的关键词

在千方病案医数集内检索相关条目的有效词表(本条目已按这些词挂接 metadata):

  • 器官词:前列腺 / prostate——命中 sicapv2(328)、peso(642)、pi-cai(555)、panda(560) 链;
  • 模态词:MRI / bpMRI / T2w / DWI / ADC——命中 fastmri(23)、promise12(540)、prostatex(554) 链;
  • 任务词:分割 / detection / lesion——命中 medical-decathlon(77)、leopard(636) 链;
  • 制度词:grand challenge / 隐藏测试集——命中 pi-cai(555)、leopard(636) 等同机制条目;
  • 病理对照词:Gleason / ISUP——命中 panda(560)、panda-plus(640) 的病理分级条目。

§7 方法学启示:四条可迁移的经验

  1. "数据 + 基线 + 难度标定"三件套。多数数据集论文只交付第一件;Prostate158 把基线指标按"vs Reader1 / vs Reader2"双口径报告,等于顺手公开了 Reader 间差异这张参照表。任何标注型数据集都可以抄这份作业:报告模型指标时同时报告人类间一致度,让"模型不够好"与"任务本来就难"可分。
  2. 双轨标注制:按任务难度选工艺。分区(边界清晰)用"初标+复核"提效,病灶(边界模糊)用"双盲+共识"控偏——同一数据集内对两个任务采用不同标注工艺,是把标注预算花在刀刃上的教科书设计。可迁移到任何"多任务标注"项目:先给任务按"边界清晰度"分级,再分配工艺。
  3. bpMRI 的取舍哲学。砍掉 DCE 换来"临床保有量最大序列组合"的数据池,同时以"PI-RADS ≥4 + 双盲共识"保住病灶真值的临床含金量。对任何"想建临床数据集"的团队,这都是同一道题:序列族砍到临床主流口径,标注质量顶到专家上限,中间地带(全序列 + 中等标注质量)反而两头不靠。
  4. 许可的"分层诚实"。代码 MIT、权重 CC BY 4.0、数据以页面为准——三层分开声明,而不是笼统一句"开源"。本条目把"未能核获的徽章"如实存照(坑 5),这种"核到哪写哪"的披露方式本身值得所有数据集条目抄作业:宁可留一个显式的待核项,不要给读者一个隐式的坑。

四条启示的适用边界:这些经验写在"单中心、任务清晰、团队有专家"的前提下。若你的场景是多中心联邦(各中心协议不同,"统一预处理"难成立)、隐私受限(标注者不能接触原始影像之外的元数据)、或无专家可用(双盲共识无从谈起),照抄会水土不服——迁移的应是"按任务难度分轨、按真值等级分层报告"的原则,而非具体工艺参数。

§8 谱系:它在前列腺 MRI 数据集中站在哪

数据集 规模 序列 任务 与 Prostate158 的关系
PROMISE12(promise12(540)) 50 例 T2w 分区分割(挑战赛制) 只有分区、无 DWI/病灶;Prostate158 的分区分割任务与之一脉相承
PROSTATEx(prostatex(554)) 346 例 T2w + DWI(b1000/2000) 病灶 ROI 分类 只有分类级病灶、无像素级;Prostate158 的外验数据源之一
PI-CAI(pi-cai(555)) 数千例 bpMRI(多中心) 前列腺癌检测(病例级) 规模大、多中心;像素级病灶真值覆盖有限;grand-challenge 机制同款
SICAPv2(sicapv2(328)) 155 例 T2w 逐带分割 + Gleason 分级 需要 PZ/TZ 逐带真值时的替代/补充(Prostate158 合并 CZ+TZ)
PANDA / panda-plus 上万张切片 病理 WSI Gleason 分级/分割 跨模态对照:MRI 影像侧 vs 病理组织侧
MSD Prostate(medical-decathlon(77)) 48 例 T2w + ADC 分区分割 Prostate158 的外验目标之一

一句话定位:PROMISE12 证明了分区分割赛制、PROSTATEx 证明了病灶 ROI 生态、PI-CAI 证明了多中心检测规模——Prostate158 用一个中等队列把"分区 + 病灶"双任务的像素级真值与全套工程配套补齐。它不是任何一家的替代品,而是"专家标注 + 开箱即用"这一格的占位者。

谱系的时间纵深也值得一看:PROMISE12(2012 起赛制)→ PROSTATEx(2015 起分类挑战)→ MSD Prostate(2018 十项全能)→ Prostate158(2022 专家双任务)→ PI-CAI(2022 起大规模检测)→ SICAPv2/PESO/LEOPARD(2022 前后细分生态)。这十年呈两条对角线:一条往"更大规模、更多中心"走(PI-CAI),一条往"更细真值、更深工艺"走(Prostate158、SICAPv2)——两条线在现实产品里会合:大规模训练 + 专家深度评测。

选数据集决策树(文字版):

  1. 任务是分区分割?→ 要赛制对比去 promise12(540);要专家真值 + 权重留在本条目;要逐带走 sicapv2(328);
  2. 任务是病灶检测/分割?→ 要大规模多中心去 pi-cai(555);要像素级专家共识真值留在本条目;只要 ROI 分类去 prostatex(554);
  3. 任务是病理分级(跨模态)?→ 去 panda(560) / panda-plus(640);
  4. 任务是方法研究(b 值、IVIM、自监督)?→ 本条目的多 b 值 + 双序列族设计就是为此留的余量;
  5. 任务是评测机制研究?→ 本条目与 pi-cai(555)、leopard(636) 的 grand-challenge 机制同构,可对照分析。

§9 与库内条目的关系

在千方病案医数集内部,Prostate158 是前列腺 MRI 链条上"工程完成度"的支点。以下互链点均经库内 SQL 实查(rid 为库内记录号):

核心链(前列腺影像):

  • promise12(540):T2w 分区分割挑战赛鼻祖;与本文 §8 表格对照阅读可看清"赛制数据集 → 专家标注数据集"的范式演进。
  • prostatex(554):病灶分类祖师爷;Prostate158 的病灶任务把 PROSTATEx 的"ROI 级阳性"推进到"像素级勾画"。
  • pi-cai(555):多中心大规模检测基准;与本文对照"规模路线 vs 标注深度路线"的取舍。
  • panda(560) / panda-plus(640):病理侧同器官(前列腺)数据集;跨模态对照 MRI 影像读片与病理组织分级两种"真值形态"。
  • sicapv2(328):逐带(PZ/TZ 逐带)+ Gleason 分级的 MRI 数据集;本文 central gland 合并口径的"解药"(坑 1 的出口)。
  • peso(642) / leopard(636):前列腺检测/分级生态的后来者;leopard 与本文同为 grand-challenge 评测机制。

通用链(方法与基础设施):

  • medical-decathlon(77):本文外验目标之一(MSD Prostate 子任务);也是"分割任务标准化评测"的方法学源头。
  • fastmri(23):MRI 重建侧基准;与本文构成"重建 → 分割"的管线上下游。
  • ctpelvic1k(465):盆腔 CT 分割;跨模态对照"同一解剖区、不同模态的标注经济学"。

写作引用建议:谈分区分割引 promise12/medical-decathlon;谈病灶检测引 prostatex/pi-cai;谈标注工艺引 panda-plus/sicapv2;谈评测机制引 leopard/pi-cai;谈模态取舍引 fastmri/ctpelvic1k。

三条主题链(按写作目的选用):

  1. 分割链:promise12(540) → medical-decathlon(77) → Prostate158 → sicapv2(328)。从赛制鼻祖到专家双任务再到逐带细分,串起"分区分割"这个任务范式十年演进——写分割方法论文的 related work 直接用这条链。
  2. 检测链:prostatex(554) → Prostate158 → pi-cai(555) → leopard(636) → peso(642)。从 ROI 分类到像素级病灶再到大规模检测与在线评测,串起"病灶级 AI 检测"的证据链——写检测/分级系统论文用这条链。
  3. 工艺链:panda(560) → panda-plus(640) → Prostate158 → sicapv2(328)。病理侧的多医师分层标注与影像侧的双 Reader 双盲制互为镜像,串起"专家标注工艺"的跨模态对照——写标注工程或数据治理材料用这条链。

与 MRI 基础设施条目的关系:fastmri(23) 管重建(“信号怎么变成图像”),Prostate158 管判读(“图像怎么变成诊断”),ctpelvic1k(465) 管跨模态解剖(“同一区域的 CT 长什么样”)——三者拼出一条完整的"MRI 智能化"管线认知地图。

从本条目出发的三条阅读路径:

  • 新手路径(建立领域图景):本文 §0.5 背景小课堂 → §1 二十问 → promise12(540) → 本文 §8 谱系表;
  • 方法路径(做算法的人):本文 §2 规格 → §4 全指标 → medical-decathlon(77) → 本文 §4.8 可比性说明;
  • 工程路径(建数据集的人):本文 §3 流水线 → panda-plus(640) → 本文 §7 启示 → sicapv2(328)。

§10 避坑清单:九个已踩过或易踩的坑

坑 1:把 Prostate158 当"6 前列腺分区数据集"。
流传的 brief 常说它有"6 个前列腺分区标注"——证伪:实际只有 2 个解剖区域、3 个类别(0 背景 / 1 central gland = CZ+TZ 合并 / 2 peripheral zone)。任何"逐带 6 分区"的使用声明都站不住;需要 PZ/TZ 逐带真值请转 SICAPv2(sicapv2(328))。

坑 2:机构与出处张冠李戴。
把 Prostate158 说成"MD Anderson 发布、arXiv 2023 预印本"是双重误传——实际发布机构是柏林夏里特医学院(Charité Berlin),出处是 Comput Biol Med 2022;148:105817 正刊(PMID 35841780)加 Data Brief 2022;45:108739。引用时核对 DOI 与 PMID,别被二手摘要带偏。

坑 3:把 Cancer Dice 0.453 读成"模型太差"。
病灶分割基线 Dice 0.453/0.398 是任务难度的真值:病灶小(毫米级)、DWI 信号对比弱、多灶且边界模糊。官方把这两个数字与"vs Reader1/Reader2"双口径一起发布,就是在标定起点。宣称"用这个数据集轻松做到 Dice 0.9 病灶分割"或反过来"数据集质量差"都是误读。

坑 4:把"无病灶标注"当"无癌"。
入组定义是 Gleason ≥6 且肿瘤体积 ≥0.1 ml——未达标癌灶不进入病灶标注。tumor 层为空的切片含义是"没有达入组标准的病灶",做检测任务时把无标注切片当真阴性会人为抬高特异性,评测设计必须显式处理这层口径。

坑 5:把三种许可搅成一锅。
代码 MIT(kbressem/prostate158)、权重与论文 CC BY 4.0(Zenodo 6397057 / Data Brief)、数据记录许可以 Zenodo 页面现行条款为准(Data Brief 记载早期为注册申请制,24 小时内授权;2026-09 抓取时点 train 记录徽章未能核获,已存照)。商用或再分发前逐层确认,别拿"仓库是 MIT 的"推"数据随便商用"。

坑 6:拿逐带文献对照 central gland 口径。
文献里 PZ/TZ/CZ 逐带统计(如各带癌发率)与本文"central gland = CZ+TZ 合并"口径不对齐;把本文掩膜拆回 CZ/TZ 需要额外假设(或转 SICAPv2),跨数据集合并统计时先对口径再对数字。

坑 7:把 ADC 当独立采集序列。
ADC 图由 b100–b1000 计算得出,不是独立采集;DWI 四 b 值(0/100/500/1000)才是原始数据。复现协议外的 b 值组合(如 b2000 极高值策略)在本数据内不可得,IVIM 拟合可用 b=100/500/1000 但要自担口径差异。

坑 8:拿 test 19 例当最终统计口径,或混淆数据集名。
test 只有 19 例,Dice 差值 0.01 量级的差异在此样本量下不具决定性——快速迭代用 test,最终结论请走 Grand Challenge 隐藏评测。另外"158"是患者数,别与 PI-CAI(数千例)、PROSTATEx(346 例)的数字混排。

坑 9:复现时装错基线。
官方基线是自研 U-ResNet(kbressem/prostate158 内),不是 nnU-Net 也不是 MONAI 预置网络;MONAI model zoo 的 prostate_mri_anatomy 模型卡是权重入口不是训练代码入口。对照 §4 指标时注意权重版本(v1.1 = 记录 7040585)。

坑点快速索引:

坑号 一句话 高危场景
1 只有 2 区域 3 类别,没有 6 分区 任务设计、相关陈述
2 Charité + CBM 2022,不是 MD Anderson / arXiv 引用与出处
3 Cancer Dice 0.453 是难度标定 基线对比、审稿答辩
4 无标注 ≠ 无癌(Gleason ≥6 且 ≥0.1 ml 口径) 检测评测、特异性计算
5 MIT / CC BY 4.0 / 页面为准三口径 商用与再分发
6 central gland 合并口径,逐带文献不可直接对照 跨数据集统计
7 ADC 是计算值,b 值只有 0/100/500/1000 序列协议、IVIM
8 test 仅 19 例;158 是患者数 统计结论、规模表述
9 基线是 U-ResNet,不是 nnU-Net 复现对表

§11 总结

三句话总结:

  1. Prostate158 是 Charité Berlin 发布的 158 例 3T bpMRI 专家标注数据集,双任务(分区分割 + PI-RADS ≥4 病灶)双轨标注(初标复核 + 双盲共识),Zenodo 三记录 + MIT 代码 + CC BY 4.0 权重五件套齐交。
  2. 基线 U-ResNet 的指标本身就是一份"难度地图":分区分割贴近专家间一致(TZ 0.877),病灶分割仍未解决(Cancer 0.453)——后者是标定起点而非宣告失败。
  3. 它不是最大的前列腺数据集(PI-CAI 更大)、也不是最细的分带数据集(SICAPv2 更细),它是"专家标注 + 开箱即用 + 持续评测"这一格的占位者。

适合谁:

  • 需要像素级专家真值做前列腺分区分割的算法团队(train 139 例开箱即训,权重可直接微调);
  • 做病灶检测/分级、需要 PI-RADS ≥4 像素级病灶参照的研究者(双盲共识金标准 + Data Brief 透明协议);
  • 研究标注工艺与"模型指标 vs 人类一致度"报告范式的团队(双口径指标表是现成教材);
  • 想要"数据—代码—权重—在线评测"全链路可复现基线的工程团队。

不适合谁:

  • 需要 PZ/TZ/CZ 逐带或 6 分区真值的团队(口径不合,转 SICAPv2);
  • 需要多中心、跨厂商大规模训练数据者(单中心 Siemens,158 例规模有限,转 PI-CAI);
  • 需要组织病理学逐像素对齐真值者(病灶标注是影像报告口径,非病理切片对齐);
  • 需要 DCE 序列或极高 b 值(b2000+)者(bpMRI 口径、b1000 封顶)。

30 秒决策卡:

你的需求 决策
分区分割基线/预训练 直接下 test + anatomy.pt,MONAI model zoo 或 Zenodo 二选一
病灶检测研究 下 train 全量,读 Data Brief 协议,显式处理坑 4 口径
逐带细分标注 本数据不合口径,转 sicapv2(328)
多中心大规模 本数据规模不足,转 pi-cai(555),本文可做外验专家集
商用再分发 先读 Zenodo 数据记录现行许可页(坑 5),代码/权重/数据三层分别确认
快速复现论文数字 git clone + 权重 + test,按 §4 对照双口径指标

常见错误决策对照(把上表的"别这么选"写明白):

错误决策 为什么错 正确路径
“158 例小,直接上 PI-CAI 算了” 丢掉了唯一的专家双盲病灶真值 大规模训练用 PI-CAI、专家评测用本文,两层都要
“test Dice 差 0.01,我的方法显著更好” 19 例支撑不了这个结论 上 Grand Challenge 隐藏评测再下结论
“掩膜里没有 6 个带,数据集标注不全” 合并口径是临床惯例不是缺失 读坑 1/坑 6,需要逐带转 SICAPv2
“代码 MIT,所以数据随便商用” 许可是三层不是一层 按坑 5 三口径逐层确认
“病灶 Dice 0.45,换 nnU-Net 就能 0.9” 低 Dice 的根源是任务难度 先做误差分析(病灶大小分层)再谈换模型
“把无病灶切片当真阴性算特异度” 入组定义决定"无标注≠无癌" 评测集显式排除或降权该类切片(坑 4)

FAQ(高频问答 39 问)

Q1:Prostate158 的"158"指什么?
158 例患者(train 139 + test 19),不是切片数、序列数或病灶数。

Q2:数据是谁发布的?
柏林夏里特医学院(Charité Universitätsmedizin Berlin)放射科,一作 Lisa C. Adams,资深/通讯侧 Keno K. Bressem;合作者含 TU München、Radboud UMC、Göttingen。

Q3:发表在哪里?
主论文 Comput Biol Med 2022;148:105817(doi:10.1016/j.compbiomed.2022.105817,PMID 35841780);数据论文 Data Brief 2022;45:108739(PMC9679750,全文免费)。

Q4:是 MD Anderson 的数据集吗?
不是。MD Anderson 说法是流传误传,发布机构是 Charité Berlin(坑 2)。

Q5:有 arXiv 预印本吗?
主论文走 Elsevier 正刊(CBM),未见对应 arXiv 预印本;"arXiv 2023"是误传(坑 2)。

Q6:什么是 bpMRI?为什么不含 DCE?
双参数 MRI = T2w + DWI/ADC 两个序列族。欧洲指南已确认其在 PI-RADS 评分中的充分性,且临床保有量大;本数据集按此口径采集,无动态增强序列。

Q7:设备与场强?
Siemens VIDA 与 Skyra,均为 3.0T,单中心(Charité)双机型。

Q8:T2w 分辨率多少?
面内 0.47×0.47 mm、层厚 3 mm、FOV 180×180 mm、TE 116 ms、TR 4040 ms。

Q9:DWI 有哪些 b 值?
b = 0、100、500、1000 s/mm² 四档;ADC 图由 b100–b1000 计算得出(坑 7)。

Q10:数据什么格式?需要自己预处理吗?
NIfTI(.nii.gz)轴向序列,已统一重采样与中心裁剪,附 JSON 元数据头;开箱即训,无需自行对齐几何。

Q11:train/test 怎么切?会泄漏吗?
139/19 患者级切分,不重叠;官方基线与在线评测均以 test 19 例为准。

Q12:两类标注分别是什么?
anatomy:T2w 三类掩膜(0 背景/1 central gland/2 peripheral zone);tumor:PI-RADS ≥4 病灶逐层二值掩膜(三序列堆叠参照)。

Q13:为什么 central gland 不拆成 CZ 和 TZ?
临床读片惯例按 CZ+TZ 合并处理(两者在 T2w 上常难分且临床决策一致);需要逐带请用 sicapv2(328)(坑 1、坑 6)。

Q14:病灶标注的组织病理学对齐程度?
病灶勾画是影像报告口径(PI-RADS ≥4),不是病理切片逐像素对齐;Gleason 分级是病例级元数据而非像素级标签。

Q15:谁标的?用什么工具?
两位腹部影像 Reader(6 年与 8 年经验),ITK-Snap 3.8.0;分区"初标+复核",病灶"双盲独立+共识金标准"。

Q16:标注协议哪里能看到全文?
Data Brief 2022;45:108739 逐条写明工具版本、经验年限、双盲与共识规则,是唯一完整公开来源。

Q17:官方基线是什么模型?
自研 U-ResNet(U 形 + ResNet 骨干),anatomy/tumor 两个任务头;不是 nnU-Net(坑 9)。

Q18:基线成绩多少?
TZ Dice 0.877/0.875、PZ 0.754/0.730、Cancer 0.453/0.398(vs Reader1/Reader2,test 19 例);HD 与 SD 全套见 §4。

Q19:Cancer Dice 为什么这么低?
病灶小、信号对比弱、多灶且边界模糊——任务本身难;0.453 是起点标定,不是模型缺陷证明(坑 3)。

Q20:有外部验证吗?
分区分割任务有:MSD Prostate Dice 0.82/0.64、PROSTATEx 0.86/0.72;病灶任务无官方外验数字。

Q21:权重怎么拿?什么许可?
Zenodo 6397057(anatomy.pt + tumor.pt 各 152.8 MB),CC BY 4.0;v1.1 为记录 7040585;MONAI model zoo 的 prostate_mri_anatomy 亦可拉取 anatomy 权重。

Q22:数据许可到底是什么?
三口径:代码 MIT、权重与论文 CC BY 4.0、数据记录以 Zenodo 页面现行条款为准(早期注册申请制,24 小时内授权)(坑 5)。

Q23:能商用吗?
数据层商用前必须读 Zenodo 记录页现行许可并保留确认记录;代码 MIT、权重 CC BY 4.0 各自按其条款执行。

Q24:需要注册申请吗?
Data Brief 记载早期为注册申请制(24 小时内授权);2026-09 抓取时点 test 记录可直接下载;以页面现状为准。

Q25:有在线评测吗?
prostate158.grand-challenge.org 提供隐藏测试集算法上传评估,公开 test 用于快速迭代、隐藏评测用于去偏终报。

Q26:有代码仓库吗?
github.com/kbressem/prostate158,MIT(Copyright © 2022 Keno Bressem);抓取时点 37 stars / 8 forks。

Q27:MONAI 里怎么用?
MONAI model zoo 的 prostate_mri_anatomy 模型卡(HF 镜像 monai-test);仓库 issue #101 记录了收录脉络。

Q28:和 PROMISE12 什么关系?
PROMISE12(promise12(540))是 T2w 分区分割挑战赛鼻祖、无 DWI 与病灶标注;本文分区分割任务与之一脉相承且补齐病灶任务。

Q29:和 PROSTATEx 什么关系?
PROSTATEx(prostatex(554))是病灶 ROI 分类数据集;本文把病灶推进到像素级勾画,且是其外验数据源之一。

Q30:和 PI-CAI 什么关系?
PI-CAI(pi-cai(555))是数千例多中心检测基准;本文是中等规模"标注深度"路线,两者互补而非替代。

Q31:队列画像?
年龄 69±9 岁(35–84);PSA 中位 7.5 ng/ml(IQR 6.3);PI-RADS 4 分 55 例/5 分 47 例;ISUP GGG1–5 = 11/37/24/21/9;102 PCa + 56 对照。

Q32:伦理审批号?
Charité 伦理委员会 IRB EA4/062/20,知情同意豁免,符合赫尔辛基宣言。

Q33:可以只用 T2w 做实验吗?
分区任务本来就是 T2w 单序列输入,完全可行;病灶任务按官方口径必须三序列堆叠(T2w+ADC+DWI),单 T2w 做病灶是自设新任务,勿与官方基线直接对表。

Q34:有原始 DICOM 吗?
Zenodo 发布的是 NIfTI(统一重采样 + 中心裁剪后);原始 DICOM 未随记录发布,几何还原以包内 JSON 元数据为唯一依据。

Q35:train 139 例能再切验证集吗?
可以且建议:患者级再切(如 120/19),禁止切片级拆分造成泄漏;官方未定义统一 val,自定义切分时在论文里写明比例与种子。

Q36:ADC 图的数值口径怎么核对?
ADC 由 b100–b1000 计算得出,非独立采集;具体缩放与单位口径以包内 JSON 元数据为准,跨数据集比较 ADC 绝对值前先对齐口径(坑 7)。

Q37:需要 PZ/TZ 逐带真值怎么办?
本数据集不提供(central gland 合并口径);转 sicapv2(328),或以本数据做预训练、SICAPv2 做逐带微调的迁移组合。

Q38:权重的版本陷阱?
Zenodo 6397057 为首发版,v1.1 指向记录 7040585;引用与复现时注明版本号——不同版本权重在 test 19 例上会有 Dice ±0.01 量级漂移。

Q39:发现掩膜可疑怎么反馈?
走 GitHub 仓库 issue(附 patient_id、序列、层号与截图);正式结论以作者回复为准。本条目生产时的核验存照见附录 C 与 FACTS.md。

FAQ 分组说明

以上 39 问按"基础数据(Q1–Q10)→ 用法边界(Q11–Q20)→ 标注与基线(Q21–Q32)→ 工程细节(Q33–Q39)"四组组织;与坑点重复的口径不展开重复论述,统一以坑号指向 §10。

事实清单(硬事实 36 条)

  1. 全称:Prostate158 — An expert-annotated 3T MRI dataset and algorithm for prostate cancer detection。
  2. 发布机构:Charité Universitätsmedizin Berlin(单中心)。
  3. 主论文:Comput Biol Med 2022 Sep;148:105817,doi:10.1016/j.compbiomed.2022.105817,PMID 35841780。
  4. 数据论文:Data Brief 2022;45:108739,PMC9679750,CC BY。
  5. 采集窗口:2016-02 至 2020-01。
  6. 设备:Siemens VIDA + Skyra,3.0T。
  7. 规模:158 例 = train 139 + test 19,患者级不重叠。
  8. 病例构成:102 确诊 PCa + 56 对照。
  9. PCa 入组定义:Gleason ≥6 且肿瘤体积 ≥0.1 ml。
  10. 年龄:69±9 岁(35–84)。
  11. PSA:中位 7.5 ng/ml(IQR 6.3)。
  12. PI-RADS 分布:4 分 55 例、5 分 47 例。
  13. ISUP 分级组:GGG1:11 / GGG2:37 / GGG3:24 / GGG4:21 / GGG5:9。
  14. T2w 参数:0.47×0.47 mm 面内 / 3 mm 层厚 / FOV 180×180 mm / TE 116 ms / TR 4040 ms。
  15. DWI b 值:0、100、500、1000 s/mm²。
  16. ADC:由 b100–b1000 计算,非独立采集。
  17. 格式:NIfTI 轴向,统一重采样 + 中心裁剪,附 JSON 元数据。
  18. 任务一:T2w 三类解剖分区分割(0 背景 / 1 central gland = CZ+TZ / 2 PZ)。
  19. 任务二:PI-RADS ≥4 病灶逐层分割(T2w+ADC+DWI 三序列堆叠参照)。
  20. 标注工具:ITK-Snap 3.8.0。
  21. 分区标注:Reader1(6 年经验)初标 + Reader2(8 年经验)复核。
  22. 病灶标注:两名 Reader 双盲独立,共识为金标准。
  23. 基线模型:U-ResNet(自研),anatomy/tumor 双任务头。
  24. 基线 Dice:TZ 0.877/0.875;PZ 0.754/0.730;Cancer 0.453/0.398(vs Reader1/Reader2)。
  25. 基线 HD(mm):TZ 18.3/22.8;PZ 17.5/33.2;Cancer 36.7/39.5。
  26. 基线 SD(mm):TZ 2.19/1.95;PZ 2.59/1.88;Cancer 17.37/19.13。
  27. 外验:MSD Prostate Dice 0.82/0.64;PROSTATEx 0.86/0.72(仅分区任务)。
  28. Zenodo train:10.5281/zenodo.6481141(2022-04-24),prostate158_train.zip 2.8 GB,md5 a0d5361b7c4cbf3f17f7ccb9a2e1739c。
  29. Zenodo test:10.5281/zenodo.6592345(2022-05-30),202.9 MB,md5 403b3736cb12013ed7585e07cbda6978。
  30. Zenodo 权重:10.5281/zenodo.6397057,anatomy.pt + tumor.pt 各 152.8 MB,CC BY 4.0;v1.1 = 记录 7040585。
  31. 代码:github.com/kbressem/prostate158,MIT,Copyright © 2022 Keno Bressem;37 stars / 8 forks(抓取时点)。
  32. 在线评测:prostate158.grand-challenge.org,隐藏测试集算法上传制。
  33. 模型卡:MONAI model zoo prostate_mri_anatomy(HF monai-test);GitHub issue #101 记录收录脉络。
  34. 伦理:IRB EA4/062/20,知情同意豁免,赫尔辛基宣言。
  35. 许可三口径:代码 MIT;权重与论文 CC BY 4.0;数据记录以 Zenodo 现行页面为准(Data Brief 记载早期注册申请制、24 小时内授权)。
  36. 抓取时点:2026-09-27;brief 三处证伪(机构、出处、分区数)已存照于 FACTS.md。

术语表(36 条)

术语 英文 释义
bpMRI biparametric MRI 双参数 MRI:T2w + DWI/ADC 两序列族,不含 DCE
mpMRI multiparametric MRI 多参数 MRI:bpMRI 基础上加动态对比增强
T2w T2-weighted T2 加权像,前列腺分区分割的主输入
DWI diffusion-weighted imaging 弥散加权成像,水分子扩散敏感序列
ADC apparent diffusion coefficient 表观弥散系数图,由多 b 值 DWI 计算
b 值 b-value 弥散梯度强度参数(s/mm²),越高对扩散越敏感
PI-RADS Prostate Imaging-Reporting and Data System 前列腺影像报告与数据系统,v2.1 为现行版,1–5 分
PZ peripheral zone 外周带,前列腺癌最好发区域
TZ transition zone 移行带,良性增生好发、约两成癌源
CZ central zone 中央区,与 TZ 合并称 central gland
central gland — 中央腺 = CZ + TZ 合并口径,本文类别 1
Gleason 分级 Gleason score 前列腺癌组织学分级,本数据集入组下限 ≥6
ISUP 分级组 grade group (GGG) Gleason 的五级分组(1–5),本队列五级全覆盖
PSA prostate-specific antigen 前列腺特异抗原,中位 7.5 ng/ml
DCE dynamic contrast-enhanced 动态对比增强序列,bpMRI 口径下不含
ITK-Snap — 开源医学影像分割标注工具,本数据集用 3.8.0
NIfTI Neuroimaging Informatics Technology Initiative 神经影像通用数据格式,.nii.gz
Dice Dice similarity coefficient 分割重叠度指标,2
HD Hausdorff distance 豪斯多夫距离,对离群边界点敏感
SD surface distance 表面距离,边界平均偏差的稳健度量
U-ResNet — 官方基线:U 形编解码 + ResNet 骨干的自研网络
双盲标注 double-blind annotation 两 Reader 互不可见对方掩膜独立勾画
共识金标准 consensus reference 双盲勾画协商后的最终真值
Reader — 影像科阅片医师,本文指两名标注者
MSD Medical Segmentation Decathlon 医学分割十项全能,本文外验数据源之一
Grand Challenge — grand-challenge.org 算法上传制评测平台
model zoo — MONAI 预训练模型库,收录 anatomy 模型卡
md5 — 文件校验和,本文存照两枚
IRB Institutional Review Board 机构伦理审查委员会,审批号 EA4/062/20
赫尔辛基宣言 Declaration of Helsinki 医学研究伦理基准文件
AFMS anterior fibromuscular stroma 前纤维肌肉基质,前列腺前方非腺体区,本数据集不单独分割
外科包膜 surgical capsule TZ 与 PZ 之间的影像学分界面,central gland 读片口径的解剖依据
IVIM intravoxel incoherent motion 体素内不相干运动模型,多 b 值 DWI 的拟合方法,本数据 b 值组合可支撑
闪过效应 T2 shine-through T2 长导致的 DWI 假高信号,高 b 值(b1000)用于抑制
外验 external validation 用非本队列数据检验模型,本文指 MSD/PROSTATEx 两路
自动勾画 auto-contouring 影像工作流中的自动轮廓生成,分区分割是核心子任务

附录

附录 A:来源与引用清单

来源分级:下列第 1–2 条为一手学术来源(正文数字的直接出处),第 3–8 条为一手工程来源(DOI/许可/版本信息的直接出处);本条目未引用任何二手博客或聚合页作为事实依据。

论文:

  1. Adams LC, et al. Prostate158 - An expert-annotated 3T MRI dataset and algorithm for prostate cancer detection. Comput Biol Med. 2022 Sep;148:105817. doi:10.1016/j.compbiomed.2022.105817(PMID 35841780)
  2. Adams LC, et al. Dataset of prostate MRI annotated for anatomical zones and cancer. Data Brief. 2022;45:108739. doi:10.1016/j.dib.2022.108739(PMC9679750,CC BY)

数据与代码:

  1. Zenodo train:10.5281/zenodo.6481141(2.8 GB,md5 a0d5361b7c4cbf3f17f7ccb9a2e1739c)
  2. Zenodo test:10.5281/zenodo.6592345(202.9 MB,md5 403b3736cb12013ed7585e07cbda6978)
  3. Zenodo 权重:10.5281/zenodo.6397057(CC BY 4.0;v1.1 = 7040585)
  4. GitHub:github.com/kbressem/prostate158(MIT)
  5. Grand Challenge:prostate158.grand-challenge.org
  6. MONAI model zoo:prostate_mri_anatomy(HF monai-test/prostate_mri_anatomy)

附录 B:DAIMS 全表(Dataset AI-Readiness Information Meta-Sheet)

DAIMS 字段 Prostate158 全值
数据集名称 Prostate158
发布机构 Charité Universitätsmedizin Berlin(合作:TU München、Radboud UMC、Göttingen)
模态 MRI(3.0T)
序列族 T2w;DWI(b=0,100,500,1000 s/mm²);ADC(b100–b1000 计算)
序列参数 T2w:0.47×0.47 mm / 3 mm / FOV 180×180 / TE 116 / TR 4040
规模 158 例(train 139 + test 19),102 PCa + 56 对照
队列元数据 年龄 69±9;PSA 中位 7.5(IQR 6.3);PI-RADS 4:55/5:47;GGG 1–5 = 11/37/24/21/9
任务 1 解剖分区分割:3 类(0 背景 / 1 central gland / 2 PZ)
任务 2 病灶分割:2 类(PI-RADS ≥4,逐层)
标注工具 ITK-Snap 3.8.0
标注工艺 分区:初标 + 复核;病灶:双盲 + 共识
标注人员 Reader1(6 年)、Reader2(8 年),腹部影像
数据格式 NIfTI(.nii.gz)+ JSON 元数据;轴向;统一重采样 + 中心裁剪
切分 患者级 train/test 139/19,不重叠
基线模型 U-ResNet(自研,MIT 代码内)
基线指标 Dice/HD/SD 全套 ×双口径(vs Reader1/Reader2),见 §4
预训练权重 anatomy.pt、tumor.pt(各 152.8 MB,CC BY 4.0)
外部验证 MSD Prostate(0.82/0.64)、PROSTATEx(0.86/0.72),仅分区任务
在线评测 Grand Challenge 隐藏测试集,算法上传制
代码许可 MIT(kbressem/prostate158)
权重许可 CC BY 4.0
数据许可 以 Zenodo 记录页现行条款为准(早期注册申请制)
论文许可 CBM 2022(出版方条款);Data Brief CC BY
伦理 IRB EA4/062/20,知情同意豁免
版本 权重 v1.1(记录 7040585);train/test 记录首发 2022-04/05
已知限制 病灶任务难度高(Dice 0.453);central gland 合并口径;单中心单厂商;ADC 为计算值;“无标注≠无癌”

附录 C:本条目核验方法说明

本条目生产遵循"三轮三源互证 + 双口径存照"纪律,流程存照如下:

  1. 来源清单(五源):CBM 2022;148:105817(主论文,PMID 35841780)、Data Brief 2022;45:108739(PMC9679750 全文)、Zenodo 三记录页(6481141 / 6592345 / 6397057)、GitHub 仓库 kbressem/prostate158(LICENSE 与 README)、Grand Challenge 站点 prostate158.grand-challenge.org。
  2. 核验轮次:第一轮定身份(机构、出处、规模、许可),第二轮定细节(序列参数、标注协议、基线指标),第三轮定互链(库内 SQL 实查 rid 与 slug 查重)。
  3. 证伪流程:候选 brief 的"MD Anderson / arXiv 2023 / 6 分区"三处表述经五源对照全部证伪,证伪结论与依据在正文坑 1/坑 2 与 FACTS.md §9 双口径存照。
  4. md5 存照:train a0d5361b7c4cbf3f17f7ccb9a2e1739c、test 403b3736cb12013ed7585e07cbda6978 均自 Zenodo 记录页捕获。
  5. 未决项:train/test 数据记录的 license 徽章未捕获(Zenodo 导出接口被浏览器验证拦截),按"Data Brief 记载申请制 + 现行页面可直下 + 权重 CC BY 4.0"三角存照并以页面为准——这是本条目唯一显式待核项。
  6. 抓取时点:2026-09-27;GitHub 37 stars / 8 forks、权重 v1.1(记录 7040585)均以此日状态为准。

尾注

  • 本条目由千方病案医数集编辑部生产,抓取与核验时点 2026-09-27;所有硬数字经五源互证(CBM 2022 正刊摘要与 PMC 全文、Data Brief PMC 全文、Zenodo 三记录页、GitHub 仓库、Grand Challenge 站点),核验细则与存照见同目录 FACTS.md。
  • 候选 brief 的三处证伪(机构非 MD Anderson、出处非 arXiv 2023、标注非 6 分区)已在正文坑 1/坑 2 与 FACTS.md §9 双口径存照。
  • 库内互链点 rid 均经 SQL 实查(ai_ready_dataset 表,del_sign=0):promise12(540)、prostatex(554)、pi-cai(555)、panda(560)、panda-plus(640)、sicapv2(328)、peso(642)、leopard(636)、medical-decathlon(77)、fastmri(23)、ctpelvic1k(465)。
  • 条目页地址:https://www.qianfanghub.com/ai-ready-dataset/prostate158/703
  • 数据许可现行条款以 Zenodo 记录页为准;本条目不构成商用授权建议(坑 5)。
  • 更新记录:v1.0(2026-09-27)首版成稿;如 Zenodo 记录许可条款、权重版本或 Grand Challenge 机制发生变化,请优先以官方页面为准并向编辑部反馈。
  • 相关条目见 §9 互链清单;本库条目生产规范与 DAIMS 字段定义见站内编辑说明。

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