NEH-UT Retinal OCT Dataset — 伊朗 Noor 眼科医院 1.6 万张 OCT 三分类数据集

德黑兰 Noor 眼科医院 441 例 16,822 张视网膜 OCT B-scan 的 Normal/Drusen/CNV 三分类公开数据集——CC BY 4.0 免申请下载,Heidelberg SD-OCT 采集,B-scan 级专家标注,患者级目录隔离防泄漏,是 AMD 自动筛查与 OCT 跨域泛化研究的伊朗来源基准

来源 Noor Eye Hospital(德黑兰)Heidelberg SD-OCT 采集的 768×496 视网膜 OCT B-scan 16,822 张 + 逐张三分类标签(Normal/Drusen/CNV)+ data_information.csv 六字段索引(Patient ID/Class/Eye/B-scan/Label/Directory)发布时间: 2026-10-08最后更新: 2026-10-20 阅读 64
NEH-UT Retinal OCT Dataset — 伊朗 Noor 眼科医院 1.6 万张 OCT 三分类数据集

信息速览

数据集名称NEH-UT Retinal OCT Dataset — 伊朗 Noor 眼科医院 1.6 万张 OCT 三分类数据集
数据类型影像数据,人工标注,原始数据
规模441 例(Normal 120 / Drusen 160 / CNV 161 眼级口径);第三方记 554 OCT volumes;图像 16,822 张
接入方式Noor Eye Hospital(德黑兰)Heidelberg SD-OCT 采集的 768×496 视网膜 OCT B-scan 16,822 张 + 逐张三分类标签(Normal/Drusen/CNV)+ data_information.csv 六字段索引(Patient ID/Class/Eye/B-scan/Label/Directory)
AI 就绪度

INFOBOX — NEH-UT 一屏速览

  • 一句话:伊朗德黑兰 Noor 眼科医院采集的 16,822 张视网膜 OCT B-scan 三分类数据集,正常/玻璃膜疣/CNV 逐张标注,CC BY 4.0 免申请下载。
  • 官方全称:Labeled Retinal Optical Coherence Tomography Dataset for Classification of Normal, Drusen, and CNV Cases
  • 社区短名:NEH-UT Retinal OCT Dataset(NEH = Noor Eye Hospital;UT = University of Tehran 系统)
  • 规模:16,822 张 B-scan | 441 例(Normal 120 / Drusen 160 / CNV 161)| 第三方记 554 volumes
  • 逐类图像数:Normal 8,584 | Drusen 4,998 | CNV 3,240(第三方口径)
  • 缩略子集:worst-case 读取 = 12,649 张(官方 Option 2)
  • 图像规格:768×496 灰度 B-scan | Heidelberg SD-OCT | 质量 Q≥20
  • 类别:Normal(0)/ Drusen(1)/ CNV(2)——B-scan 级标签
  • 任务:三分类图像分类(AMD 筛查)
  • 来源:Noor Eye Hospital(德黑兰)+ University of Tehran
  • 配套论文:Sotoudeh-Paima et al., Comput Biol Med 144:105368(2022)
  • 许可:CC BY 4.0(免申请下载,允许商用与改编,仅需署名)
  • 获取:Mendeley Data 公开直链(DOI 10.17632/8kt969dhx6.2,2023-11-21 发布 V2)
  • 体积:3.92 GB(全量 zip)
  • 自域基准:MedViT 达 Acc 0.977(PLOS ONE 2024 第三方)
  • 核心优势:B-scan 级标签 + 患者级目录隔离(天然防跨患者泄漏)+ CC BY 4.0 全开放 + 伊朗来源多样性

§0 导读:这个数据集解决什么问题

视网膜光学相干断层扫描(Optical Coherence Tomography,OCT)是眼科最常用的三维视网膜成像技术之一,能以微米级分辨率显示视网膜各层结构。年龄相关性黄斑变性(Age-related Macular Degeneration,AMD)是全球 60 岁以上人群致盲的首要原因之一,其两大典型影像学表现——玻璃膜疣(Drusen,干性 AMD 的特征堆积物)与脉络膜新生血管(Choroidal Neovascularization,CNV,湿性 AMD 的异常血管)——在 OCT B-scan 上具有可辨识的形态特征。自动化区分正常视网膜、玻璃膜疣与 CNV,是眼科 AI 最基础也最刚需的临床任务之一。

NEH-UT 数据集正是为这一任务而生。它由伊朗德黑兰 Noor 眼科医院(Noor Eye Hospital)采集,包含 16,822 张视网膜 OCT B-scan,覆盖 441 例患者的正常(Normal)、玻璃膜疣(Drusen)、脉络膜新生血管(CNV)三类,每一张 B-scan 都由视网膜专科医师标注类别。数据集以 CC BY 4.0 许可在 Mendeley Data 上公开免申请下载,配套论文发表于 2022 年的 Computers in Biology and Medicine。

这个数据集的独特价值体现在四个方面:

  • B-scan 级标签:多数 OCT 数据集只给体积级或病例级标签,而 NEH-UT 提供逐张切片的标签,让研究者可以做细粒度分类,也便于研究同一体积内标签的分布。
  • 患者级目录隔离:目录按患者编号切分子文件夹,天然支持患者级(patient-wise)训练/测试划分,从结构上杜绝同患者切片跨集泄漏——这是医学图像分类最常见的数据泄漏陷阱之一。
  • CC BY 4.0 全开放:允许商用与改编,仅需署名。相对于许多"仅供研究、需签署协议"的医学数据集,NEH-UT 的可获取性摩擦极低(Mendeley 注册登录即可下载全量)。
  • 伊朗来源的多样性:库内 OCT 分类数据集多来自美国(如 OCT2017/Kermany)与中国(如 OCTDL),NEH-UT 提供了中东人群与设备的独立样本,是跨域泛化(cross-domain generalization)研究的宝贵域外测试集。

在千方病案"AI-Ready Wikipedia"框架下,NEH-UT 的定位是:结构 OCT 三分类赛道里许可最开放、标签粒度最细、来源最具域多样性的公开基准之一。它既可直接用于训练 AMD 筛查模型,也可作为跨中心域适应的目标域,与 OCT2017、OCTDL 等条目构成互补图谱。

§1 数据集速览:十问十答

问 1:NEH-UT 是什么?
它是一套三层(三分类)视网膜 OCT B-scan 数据集,官方全称 “Labeled Retinal Optical Coherence Tomography Dataset for Classification of Normal, Drusen, and CNV Cases”,社区短名 NEH-UT Retinal OCT Dataset。

问 2:名字里的 NEH 和 UT 是什么意思?
NEH = Noor Eye Hospital(伊朗德黑兰的 Noor 眼科医院,影像采集与专家标注方);UT 指 University of Tehran 系统(算法与数据集整理方,第一作者与通讯作者所属)。压缩包名 NEH_UT_2021RetinalOCTDataset.zip 自证了这一命名。

问 3:有多少张、多少例?
16,822 张 B-scan,来自 441 例患者,类别分布为 Normal 120 / Drusen 160 / CNV 161(眼/病例级)。第三方论文另记 441 patients、554 OCT volumes。

问 4:三类标签分别代表什么?

  • Normal(正常):无 AMD 相关病变的健康视网膜。
  • Drusen(玻璃膜疣):视网膜色素上皮下堆积物,是干性 AMD 的特征。
  • CNV(脉络膜新生血管):异常血管从脉络膜长入视网膜下,是湿性 AMD 的特征,可致快速视力下降。

问 5:标签是哪一级?
B-scan 级——每一张横断面切片都有自己的类别标签,而非体积级或患者级。

问 6:图像规格?
768×496 像素灰度图,由 Heidelberg SD-OCT(频域 OCT)采集,图像质量 Q≥20,患者年龄 >50 岁且无其他视网膜并发症。

问 7:怎么下载?要申请吗?
不用申请。Mendeley Data 公开直链(DOI 10.17632/8kt969dhx6.2),注册登录即可下载全量 3.92 GB 的 zip 包,附带 CSV 索引和 Python 读取脚本。

问 8:许可是什么?能商用吗?
CC BY 4.0——允许商用、允许改编、允许再分发,仅需署名(引用配套论文)。

问 9:配套论文是哪篇?
Sotoudeh-Paima S., Jodeiri A., Hajizadeh F., Soltanian-Zadeh H. (2022). Multi-scale convolutional neural network for automated AMD classification using retinal OCT images. Computers in Biology and Medicine, 144, 105368(doi 10.1016/j.compbiomed.2022.105368)。

问 10:它和 OCT2017(Kermany)有什么区别?
OCT2017 是四分类(CNV/DME/DRUSEN/NORMAL)、来自美国 UCSD、约 10 万张;NEH-UT 是三分类(无 DME 类)、来自伊朗、16,822 张、B-scan 级标签。二者常被配对使用做跨域迁移研究——在一个域训练、在另一个域测试。

§2 数据构成与规格

2.1 规模、来源与机构构成

NEH-UT 的资产构成可用"两个数字、一个来源、一套结构"概括。

两个数字:16,822 张 B-scan 与 441 例患者。类别在病例/眼级的分布为:

类别 病例/眼数(官方) 图像数(第三方口径) 图像占比(约)
Normal 正常 120 8,584 51.0%
Drusen 玻璃膜疣 160 4,998 29.7%
CNV 脉络膜新生血管 161 3,240 19.3%
合计 441 16,822 100%

口径说明:病例数(120/160/161,合计 441)来自 Mendeley 官方页面;逐类图像数(8,584/4,998/3,240,合计 16,822)来自第三方论文(Preprints 2025),Mendeley 官方未逐类披露图像数。二者口径不同,检索者引用时务必注明来源。

一个来源:全部影像来自伊朗德黑兰 Noor 眼科医院,使用 Heidelberg SD-OCT 设备采集。单一中心、单一设备的特性既是优势(成像协议一致、标注标准统一)也是局限(域外泛化需外部验证)。

一套结构:数据集采用三级目录组织——

  • 顶层三个类别文件夹:CNV / DRUSEN / NORMAL;
  • 每个类内按患者编号切分子文件夹(1 到患者数);
  • 每个患者文件夹内,图像命名为 <0XX_LABEL>(XX 为 B-scan 序号,LABEL 为专家为该切片选定的标签)。

2.2 图像规格与采集参数

参数 数值 来源
模态 频域 OCT(SD-OCT) 论文
设备 Heidelberg SD-OCT 论文
原生尺寸 768×496 像素 论文
通道 灰度(B-scan) Mendeley read_data.py(读为 3 通道可复制灰度)
图像质量阈值 Q ≥ 20 论文
患者年龄 > 50 岁 论文
排除条件 无其他视网膜并发症 论文
病例数 441 Mendeley 官方
体积数 554 第三方论文

论文明确指出,第三方复现时常把 NEH 的 768×496 图像与其他数据集(如 UCSD 的多种尺寸)统一 resize 到 224×224 再训练,以便与 ImageNet 预训练权重对齐——这是复现时最容易被忽视的口径差异:原始分辨率下的表现可能与 resize 后的报告值不同。

2.3 类别体系与标签粒度

NEH-UT 采用三分类标签,官方读取脚本 read_data.py 的输出约定为:

  • Normal → 0
  • Drusen → 1
  • CNV → 2

标签粒度为 B-scan 级。这一点必须强调:OCT 检查通常采集一个"体积(volume)"——对黄斑区进行连续扫描得到数十张 B-scan 切片。有的数据集只在体积级给一个诊断,而 NEH-UT 让每一张切片携带独立标签。这意味着:

  • 同一患者的同一体积内,可以同时存在正常切片与病变切片(病变往往只在特定切片位置显现);
  • 直接用 B-scan 级标签训练,模型学到的是切片级判别能力;若要做"这个患者是否患病"的体积级诊断,需要自行设计聚合策略(如取最严重切片、投票、注意力聚合等)。

官方为此提供了两种读取范式(见 §2.4),正是为了应对这一粒度问题。

2.4 两种读取范式:全量 vs worst-case

Mendeley 页面的 read_data.py 提供两个选项,二者都合法、但用途不同:

选项 含义 图像数 适用场景
Option 1 读取全部图像 16,822 研究真实切片级分布、做细粒度分类、分析同类内异质性
Option 2 每体积仅取"最差情形"切片(若患者被判 CNV,则只保留 CNV 表现的切片,弃正常/玻璃膜疣切片) 12,649 训练病灶识别模型,避免正常切片稀释病变信号

worst-case 口径的动机很直观:如果一位 CNV 患者的一个体积里有 30 张切片,其中只有 5 张真正显示了 CNV,那么按切片平摊时病变信号会被大量“正常”切片淹没。Option 2 通过“每个体积只留最能体现该患者诊断结果的切片”来控制这种稀释,是配套主论文使用的训练口径(主论文报告 12,649 张来自 441 例)。

给检索者的提醒:报告模型准确率时必须注明用的哪个选项。16,822 与 12,649 两个数字会带来不同的类别分布与难度,混用会让结果不可比。

2.5 患者级目录隔离:一个结构性的防泄漏设计

医学图像分类中最隐蔽、最致命的数据泄漏,是同一患者的切片同时出现在训练集和测试集。由于同一 OCT 体积内的相邻 B-scan 高度相似,模型可以通过记忆患者特异性纹理而非学习病变特征在测试集上“作弊”,报告出虚高的准确率。

NEH-UT 的目录结构从物理层面缓解了这一问题:图像按患者编号分文件夹存放。只要研究者按顶层患者文件夹(而非按图像随机)划分训练/测试集,就能天然保证患者级隔离。这是该数据集相对于许多“平铺图像”数据集的结构性优势,也是整理者做数据合规时应保留的关键属性。

本条目在 §6 的获取决策树与 §10 的避坑清单中,都会反复强调这一划分纪律。

2.6 一个体积里有什么:理解 B-scan 级标注的物理含义

要真正用好 NEH-UT,必须理解它的数据结构。一次 OCT 检查产出一个"体积(volume)"——通常是黄斑区的连续横断面扫描,由数十张 B-scan 组成。举一个典型例子:

  • 一位 CNV 患者,右眼,一次 OCT 扫描产生 30 张 B-scan(编号 001–030);
  • 其中只有第 12–18 张真正显示了新生血管膜(CNV 表现的切片);
  • 其余切片可能看起来接近正常,或仅显示轻微异常。

在 NEH-UT 中,这 30 张切片各自带一个标签。如果这位患者被判为 CNV,理想情况下病变切片标 CNV,但非病变切片可能标为 Normal 或 Drusen——这就是为什么数据集同时提供 Option 1(全量,保留所有切片)和 Option 2(worst-case,每体积只留最严重切片)。

对研究者的实际影响:

  • 用 Option 1 时,同一患者的标签可能"混杂",模型要学的是切片级判别;
  • 用 Option 2 时,每个体积的标签高度一致,模型学的是患者级判别;
  • 做患者级筛查系统,Option 2 更贴合;做切片级病变定位,Option 1 更完整。

2.7 数据分布的统计画像

基于公开口径,NEH-UT 的分布特征可归纳为:

统计量 数值 备注
总图像 16,822 Option 1
总病例 441 官方
每例平均切片数 ≈ 38 16,822 / 441 粗略估计
每体积平均切片(第三方) ≈ 30 Preprints 记述
Normal 图像占比 ≈ 51% 多数类
Drusen 图像占比 ≈ 30% 中间类
CNV 图像占比 ≈ 19% 少数类
患者年龄 > 50 岁 纳入标准
图像质量 Q ≥ 20 纳入标准

每例平均切片数是粗略估计(16,822 / 441),实际因患者而异;第三方记"每 OCT 体积约 30 张 B-scan"。检索者应以实际数据为准做精确统计。

2.8 文件组织与命名规范详解

NEH-UT 的目录与命名规范是其可用性的重要一环:

NEH_UT_2021RetinalOCTDataset/
├── CNV/
│   ├── 1/
│   │   ├── 0XX_CNV.png
│   │   └── ...
│   ├── 2/
│   └── ...
├── DRUSEN/
│   ├── 1/
│   └── ...
└── NORMAL/
    ├── 1/
    └── ...

命名规则 <0XX_LABEL>:

  • 0XX:B-scan 序号(如 001、002…);
  • LABEL:该切片的专家标签(CNV / DRUSEN / NORMAL)。

配套 data_information.csv 提供跨目录的全局索引,含 Patient ID / Class / Eye / B-scan / Label / Directory 六字段,避免了研究者手动遍历目录的痛苦。

2.9 与其它 OCT 数据集的规格对照

属性 NEH-UT OCT2017 OCTDL OCTID
类别数 3 4 多 辨识
图像数 16,822 ≈108 K 中 中
尺寸 768×496 多种 多种 多种
标签粒度 B-scan 图像 图像 图像
来源 伊朗 美国 多源 多源
许可 CC BY 4.0 视版本 视版本 视版本

从表中可见,NEH-UT 在"尺寸统一 + 标签粒度细 + 许可开放"三项上均有优势,唯规模不及 OCT2017。

2.10 使用前必做的数据体检

拿到数据后,建议先做一次快速体检(不改动原数据,仅统计):

  1. 用 data_information.csv 复核图像总数是否为 16,822;
  2. 按 Patient ID 统计患者数与每类患者数(应为 441 / 120 / 160 / 161);
  3. 按 Label 统计逐类图像数(第三方口径为 8,584 / 4,998 / 3,240,实测可能略有出入);
  4. 检查是否有缺失图像或路径失效;
  5. 检查图像尺寸是否统一为 768×496;
  6. 检查每患者的切片数分布(识别异常患者)。

这六步能提前暴露"下载不全""口径不一致"等问题,避免训练到一半才发现数据异常。

§3 标注流程、质量控制与来源机构

3.1 谁标了这些切片

NEH-UT 的标注流程相对简洁:Mendeley 官方描述原文为 “Images are labeled by a retinal specialist”(图像由视网膜专科医生标注)。这意味着:

  • 标注者是具备视网膜亚专科资质的临床医生,而非普通眼科医师或非医学背景标注员;
  • 每张 B-scan 由该专家选定一个类别标签,写入文件名 <0XX_LABEL> 并登记进 data_information.csv 的 Label 字段。

需要坦诚指出的是:官方未披露标注者人数、是否多专家交叉复核、以及观察者间一致性(inter-rater agreement / kappa)指标。这属于"单专家标注"模式,与一些高规格数据集(多位专家+一致性报告)存在方法论差异。对于分类任务,单专家标签通常足够;但对需要严格 ground truth 的评测,检索者应把这一点计入不确定性预算。

3.2 影像采集的质量门槛

Noor 眼科医院在采集端设定了明确的纳入标准,写入了配套论文:

  • 图像质量 Q ≥ 20:Heidelberg 设备自带的信号质量评分,低于该阈值的扫描被排除,保证 B-scan 可读;
  • 患者年龄 > 50 岁:契合 AMD 的高发人群,也意味着数据集不代表年轻人群的视网膜形态;
  • 无其他视网膜并发症:排除糖尿病视网膜病变、青光眼等其他疾病干扰,使三分类边界更"干净"。

这些门槛换来了标签纯度,但也带来选择性偏倚:真实临床场景中 50 岁以下、或合并多种病变的患者并不罕见,模型在 NEH-UT 上表现良好未必等价于在杂合人群上表现良好。

3.3 机构与人物

角色 机构 职责
Noor Eye Hospital 伊朗德黑兰 影像采集、专家标注
University of Tehran 系统 伊朗德黑兰 算法研发、数据集整理与发布
Saman Sotoudeh-Paima UT(第一作者) 多尺度 CNN 方法、数据集整理
Fedra Hajizadeh Noor Eye Hospital 临床标注与影像
Hamid Soltanian-Zadeh UT(通讯作者) 课题指导、通讯

待核点:UT 的完整展开(University of Tehran 抑或 Tehran University of Medical Sciences)需逐字核对论文 affiliation 字段;本条目按 University of Tehran 系统处理,正文以"德黑兰大学系统(UT)"表述(详见 FACTS.md §9 遗留疑点)。

3.4 与其它 OCT 数据集标注模式的对照

数据集 来源 类别数 标签粒度 许可 标注主体
NEH-UT 伊朗 Noor 眼科医院 3(Normal/Drusen/CNV) B-scan 级 CC BY 4.0 视网膜专科医师
OCT2017(Kermany) 美国 UCSD 4(含 DME) 图像级 CC BY(历史版本各异) 临床专家
OCTDL 多来源 多病变 图像级 视版本 专家
OCTID 多来源 辨识任务 图像级 视版本 —

NEH-UT 的差异化卖点清晰:三分类 + B-scan 级 + CC BY 4.0 + 中东来源。它与 OCT2017 的搭配(三分类 vs 四分类、伊朗 vs 美国)构成了 OCT 跨域研究最常用的"双域"组合。

§4 基准、评估与第三方使用

4.1 作者自评:多尺度 CNN 的渐进学习

配套主论文(Sotoudeh-Paima et al., Comput Biol Med 2022)提出了一种基于特征金字塔网络(Feature Pyramid Network,FPN)的多尺度卷积神经网络(CNN),核心思想是同时捕捉不同尺度上的 AMD 病理特征(玻璃膜疣小、CNV 范围大),并通过跨卷积块的特征融合提升判别力。论文报告的关键结果是一条"渐进学习"曲线:

阶段 训练配置 NEH 准确率
起点 从零/基础 87.2% ± 2.5%
第一跳 使用 ImageNet 预训练权重 92.0% ± 1.6%
第二跳 再在 UCSD 数据集上微调 93.4% ± 1.4%

论文强调,多尺度结构相对多个知名 OCT 分类框架有 0.4%–3.3% 的提升,且生成的热力图证明模型确实在不同尺寸的病理区域上都有关注。这条曲线也传递了一个实用经验:ImageNet 预训练 + 跨域微调是提升 OCT 分类性能的高性价比手段。

4.2 第三方基准:MedViT 的自域与跨域表现

PLOS ONE 2024 的独立研究(doi 10.1371/journal.pone.0304943)把 NEH 当作目标域,用 MedViT(一种面向医学图像的视觉 Transformer)做了两类实验:

实验设置 模型 特异度 敏感度 准确率 参数量
NEH 自域训练(五折) micro MedViT 0.987 ± 0.001 0.975 ± 0.002 0.977 ± 0.002 24.5 M
NEH 自域训练(五折) tiny MedViT 0.986 ± 0.002 0.974 ± 0.004 0.977 ± 0.004 31.1 M
零样本跨域(UCSD→NEH) micro MedViT 0.928 ± 0.002 0.808 ± 0.007 0.828 ± 0.007 24.5 M
零样本跨域(UCSD→NEH) tiny MedViT 0.933 ± 0.002 0.824 ± 0.007 0.841 ± 0.007 31.1 M

这组数字有两点值得记住:

  • 自域已达饱和:在 NEH 上自域训练的准确率冲到了 0.977,说明该数据集对于现代深度模型并不算难——这既是好消息(可用)也是提醒(区分度有限,评测新方法时要小心天花板效应)。
  • 跨域显著退化:当模型在 UCSD 上训练、直接零样本迁移到 NEH 时,准确率掉到 0.828–0.841,掉了约 14 个百分点。这正是 NEH 的核心科研价值——它是检验**域适应(domain adaptation)**能力的诚实标尺。该研究进一步证明,通过"拼接(stitching)"预训练模型可在 NEH 上取得优于既往研究的成绩。

4.3 后续使用:半监督学习与小样本

Preprints.org 2025 的一项半监督学习(Semi-Supervised Learning,SSL)研究(manuscript 202502.0151)以 NEH 的 16,822 张为全量实验对象,系统测试在 70%/50%/20%/5% 标注比例下的模型表现,用 Teacher/Student 方法探索少标注场景下的最优策略。这类工作说明 NEH-UT 已从"单一分类数据集"扩展为方法学实验平台——其清晰的三分类与足够大的样本量,适合做标注预算、半监督、主动学习等研究。

4.4 与 UCSD/OCT2017 的对照关系

NEH-UT 与 UCSD(Kermany,即 OCT2017)几乎是 OCT 域适应文献里的"标配搭档",二者的差异恰好构成一个完整的跨域实验:

维度 NEH-UT UCSD / OCT2017
来源 伊朗 Noor 眼科医院 美国 UCSD
类别 3(Normal/Drusen/CNV) 4(含 DME)
规模 16,822 108,312
设备 Heidelberg SD-OCT 多种
尺寸 768×496 多种
标签粒度 B-scan 级 图像级

因为类别体系不同(NEH 无 DME),跨域实验通常需要取交集类别(Normal/Drusen/CNV 三类共用)或做标签映射。检索者若从 UCSD 迁移到 NEH,必须先处理 DME 类缺失问题——这是 §10 避坑清单中的一条。

4.5 读这组基准数字的四条守则

  1. 注明读取选项:报告准确率时写明用的是 16,822(Option 1)还是 12,649(Option 2),两者不可比。
  2. 注明预处理:原生 768×496 vs resize 224×224,会显著影响表现。
  3. 注明划分方式:必须患者级划分,若做图像级随机划分会因切片相似而虚高。
  4. 注明训练制度:自域训练(0.977 量级)与跨域零样本(0.83 量级)是完全不同的难度档位,不要混为一谈。

4.6 复现原论文的完整配置清单

若要忠实复现配套论文(Sotoudeh-Paima et al. 2022)在主论文中的 NEH 结果,需对齐以下配置:

配置项 论文设置 说明
数据子集 12,649(Option 2, worst-case) 441 例,逐体积取最严重切片
输入尺寸 resize 至网络默认尺寸 与 ImageNet 预训练对齐
第一阶段 ImageNet 预训练权重 + NEH 训练 准确率 87.2% → 92.0%
第二阶段 在 UCSD 上微调后回测 NEH 准确率 → 93.4%
骨干网络 FPN 结构下的 VGG16/ResNet50/DenseNet121/EfficientNetB0 代码在 GitHub 仓库
评估 准确率 ± 标准差 论文报告均值±std

关键复现陷阱:论文的"多尺度"来自 FPN 特征融合(不同卷积块/尺度组合),而这正是它的方法重点。若只复现单骨干而不复现多尺度融合,会偏离论文方法。GitHub 仓库的 vggCombinations.py 正是为探索不同尺度组合而设。

4.7 第三方实验的预处理链

PLOS ONE 2024 的 MedViT 实验明确了预处理与增强链,值得作为标准参考:

预处理:

  • 把 UCSD 与 NEH 的所有图像统一 resize 到 224×224(论文称这是"唯一的预处理");
  • 归一化:NEH 样本用 mean 0.13 / std 0.194;UCSD 样本用 mean 0.19 / std 0.215。(注意:两个域的归一化参数不同,反映域间灰度分布差异。)

训练增强(五折交叉验证中依次施加):

  • 随机仿射(random affine):旋转 ±20°、平移 0.05–0.2、剪切 ±10°、缩放 0.8–1.2;
  • 颜色抖动(color jitter):亮度/对比度/饱和度均 0.8–1.2;
  • 随机水平翻转(probability 0.5);
  • 转 tensor 并归一化。

超参数:

  • 优化器 AdamW;学习率 5e-5;批大小 32;
  • 预训练阶段用 Step scheduler(decay 0.1, milestone 50);拼接阶段用余弦退火;
  • 损失函数 Focal Loss(应对类别不平衡的常见选择)。

这套配置可直接迁移到其他 OCT 分类实验作为强基线。

4.8 拼接(Stitching)策略:跨域增益的来源

PLOS ONE 2024 的一个方法亮点是"拼接(stitching)":先分别在 UCSD 与 NEH 上预训练 micro/tiny MedViT(各 75 epoch),再把两个预训练模型拼接后在目标域 NEH 上做 100 epoch 的联合训练。论文报告:

  • 预训练阶段:micro/tiny MedViT 在 NEH 自域已达 0.977;
  • 拼接后:模型吸收了 UCSD 的域知识,配合 NEH 自域训练,超越既往研究在 NEH 上的成绩。

这一策略的启示是:多域预训练 + 目标域微调往往优于单域训练,尤其在目标域样本有限时。对只想用 NEH-UT 的用户,这意味着"拿 UCSD 预训练权重来初始化"是一个免费的收益来源。

4.9 零样本跨域的诚实解读

论文特意指出:在其之前"尚无针对视网膜 OCT 数据集分类任务的零样本(zero-shot)结果"。NEH 与 UCSD 之间的零样本实验(UCSD 训练→NEH 测试)报告 0.828–0.841 的准确率,作为**域外分布(out-of-distribution)**基线的公开参照。这组数字的价值在于:

  • 它给后续方法设定了跨域下限——任何号称"鲁棒"的 OCT 分类模型,至少应显著超过 0.84 的零样本基线;
  • 它说明域偏移在 OCT 影像中非常真实——同样是 OCT,美国与伊朗的数据之间仍有 14 个点的鸿沟,提示单中心数据训练的模型不可盲目跨中心部署。

§4 补:三个数据集配对使用的方法学模板

NEH-UT 的典型用法不是孤立训练,而是与一个源域配对。以下给出三种模板:

模板 A:单域基线

  • 在 NEH-UT 上直接划分训练/测试(患者级),得到自域性能上限(0.977 量级)。
  • 用途:快速验证模型在目标域的容量上限。

模板 B:跨域迁移

  • 源域训练(如 UCSD)→ 直接测试 NEH(零样本,~0.83);再在 NEH 上微调 → 测试(显著提升)。
  • 用途:量化域适应增益,是最常见的研究设计。

模板 C:多域联合

  • 拼接/联合在 UCSD + NEH 上训练,在 NEH 上评估。
  • 用途:探索多源域知识融合,接近 PLOS 2024 的 stitching 路线。

三种模板的对比可直接用于论文的"域泛化"章节,NEH-UT 在每种模板中都扮演不可替代的目标域角色。

4.10 关于"难"与"易"的再认识

对现代深度模型,NEH-UT 的自域任务偏"易"(0.977),但跨域任务偏"难"(0.83)。这种"自域易、跨域难"的组合,恰恰使它成为评测鲁棒性而非单纯容量的理想集。选数据集时若目标是"推动 SOTA 数字",自域饱和的 NEH-UT 帮助有限;若目标是"检验泛化",NEH-UT 的跨域鸿沟则极有价值。

§5 许可、获取与使用规范

5.1 一句话许可结论

NEH-UT 采用 CC BY 4.0(Creative Commons Attribution 4.0 International)许可。这是最宽松的开放许可之一:

  • 允许:商用、改编、再分发、训练模型(含商业模型)、发布衍生数据;
  • 要求:署名(Attribution)——须保留原作者署名并注明许可;
  • 不需要:不需要申请审批、不需要签署研究协议、不需要非商业承诺。

对于医学影像数据集,这一点异常重要:许多同类数据集采用 CC BY-NC(禁商用)或"仅供研究用途"限制,而 NEH-UT 的 CC BY 4.0 让它可以进入工业级 AMD 筛查产品的训练流程。这是它在 AI-Ready 光谱上分数很高的直接原因。

5.2 官方获取路径

项目 内容
数据仓库 Mendeley Data(Elsevier)
DOI(当前推荐) 10.17632/8kt969dhx6.2
数据集页面 https://data.mendeley.com/datasets/8kt969dhx6/2
全量下载 API https://data.mendeley.com/public-api/zip/8kt969dhx6/download/2
版本 V2(2023-11-21 发布);V1 为 2021 首发(doi .1)
文件名 NEH_UT_2021RetinalOCTDataset.zip
体积 3.92 GB(Mendeley 官方口径)|3.65 GB(EyeDataHub 记录,并存)
访问摩擦 注册登录即可,无审批(self-service authenticated)
附带文件 data_information.csv(778 KB)、read_data.py(4.07 KB)

文件清单(Mendeley 页面列出):

  • csv — data_information.csv(16,822 数据行 × 6 列)
  • zip — NEH_UT_2021RetinalOCTDataset.zip(3.92 GB,全量影像)
  • py — read_data.py(4.07 KB,NumPy 读取脚本)

5.3 CSV 索引字段说明

data_information.csv 是数据集的"目录表",6 个字段:

字段 含义
Patient ID 患者标识
Class 患者所属类别
Eye 眼别(左/右)
B-scan 切片序号
Label 该 B-scan 的专家标签
Directory 该图像在目录中的路径

这份 CSV 是做患者级划分的关键:按 Patient ID 分组即可得到患者级 train/test 切分,避免切片泄漏。

5.4 read_data.py 的两种读取模式

官方脚本提供两个函数/参数选项:

# 伪代码示意(实际以官方 read_data.py 为准)
# Option 1:读取全部图像 -> 16,822 张
# Option 2:worst-case,每个体积只取最严重切片 -> 12,649 张
# 输出:X 形状 (num_images, imageSize, imageSize, 3)
#       y 为标签列表(Normal: 0, Drusen: 1, CNV: 2)

使用建议:想研究真实数据分布或做细粒度分类 → 用 Option 1;想训练病灶识别模型、贴合主论文 → 用 Option 2。报告结果时务必写明用了哪个。

5.5 引用规范

使用 NEH-UT 须引用配套论文:

Sotoudeh-Paima, S., Jodeiri, A., Hajizadeh, F., & Soltanian-Zadeh, H. (2022). Multi-scale convolutional neural network for automated AMD classification using retinal OCT images. Computers in Biology and Medicine, 144, 105368. doi: 10.1016/j.compbiomed.2022.105368

BibTeX(官方页给出):

@misc{nehut,
  title = {Labeled Retinal Optical Coherence Tomography Dataset for Classification of Normal, Drusen, and CNV Cases},
  note  = {Mendeley Data, V2},
  doi   = {10.17632/8kt969dhx6.2},
  url   = {https://data.mendeley.com/datasets/8kt969dhx6/2},
}

5.6 合规与隐私提醒

  • 再分发:CC BY 4.0 允许再分发,但须保留署名与许可声明,建议在衍生数据集说明中注明来源 DOI 与版本。
  • 去标识:OCT 影像本身不含面部等直接标识信息,Mendeley 页面未明述去标识细节;作为公开数据集,其发布通常已满足机构伦理要求,但下游二次研究仍应自行确认本机构伦理(IRB)规定。
  • 临床责任:本数据集可用于训练/评测研究模型,不构成医疗器械或临床诊断依据;任何临床部署须另行完成监管审批。

5.7 AI-Ready 评分视角

从"AI-Ready"(可直接喂给模型训练)的标准看,NEH-UT 表现优异:

维度 评价
可获取性 高(注册即可,无审批)
许可开放性 高(CC BY 4.0,可商用)
标签完备性 高(逐张 B-scan 标签)
格式规范 好(图像 + CSV 索引 + 读取脚本)
划分友好 好(患者级目录隔离)
潜在缺陷 单一中心/设备、单专家标注、类别不平衡

综合判断:NEH-UT 是 OCT 三分类赛道中"上手最快、许可最松"的公开数据集之一,适合作为基线训练集与跨域测试集。

§6 避坑清单:十个已踩过的坑

以下是使用 NEH-UT 时检索者最常遇到的陷阱,逐条给出规避方法。

坑 1:混淆 16,822 与 12,649 两个口径。
官方提供全量(Option 1 = 16,822)与 worst-case(Option 2 = 12,649)两种读取。若复现论文却用全量,或对比自评却用缩略,结果必然对不上。规避:报告时显式写明选项;对齐原论文时用 Option 2。

坑 2:误把 16,823 当作图像数。
Mendeley 描述里 CSV 写 “16823 rows”,但那含表头,实际数据行(图像数)为 16,822。规避:以 16,822 为准;16823 是含表头的行数。

坑 3:混淆"病例数"与"图像数"。
441 是病例/眼级数(Normal 120/Drusen 160/CNV 161),不是图像数。逐类图像数(8,584/4,998/3,240)来自第三方论文而非官方。规避:引用病例数时标注官方来源,引用逐类图像数时标注第三方来源。

坑 4:混淆 441 cases 与 554 volumes。
官方记 441 cases,第三方记 441 patients / 554 volumes。眼级与体积级计数不同(患者可双眼、可多次扫描)。规避:明确你用的是哪种计数单位。

坑 5:不做患者级划分导致数据泄漏。
同一患者同一体积的相邻 B-scan 高度相似,图像级随机划分会让测试集混入训练患者的切片,准确率虚高。规避:按 data_information.csv 的 Patient ID 分组划分(NEH-UT 的目录就是患者级,直接用)。

坑 6:忽略原生 768×496 与 resize 224×224 的差异。
第三方实验几乎都 resize 到 224×224 以适配 ImageNet 权重;若你用原生分辨率复现,数字会与论文不同。规避:复现时对齐论文的预处理;报告时写明输入尺寸。

坑 7:把 UCSD 迁移实验当成直接可用。
UCSD/OCT2017 是四类(含 DME),NEH-UT 是三类。直接加载四类标签会多出一个无对应样本的 DME 类。规避:取 Normal/Drusen/CNV 三类交集,或做标签重映射并丢弃 DME 样本。

坑 8:低估类别不平衡的影响。
Normal 约占图像一半(8,584/16,822 ≈ 51%),CNV 最少(约 19%)。直接训练会偏向多数类,CNV(临床最重要之一)召回可能偏低。规避:用类别权重、重采样或分层划分,并分别报告每类敏感度。

坑 9:在自域饱和数据上误判"方法有效性"。
自域训练已达 Acc 0.977,接近天花板。新方法在 NEH 上提升空间有限,容易得出"无用"的错误结论。规避:把 NEH 主要用作跨域/鲁棒性测试集(0.83 量级仍有大量提升空间),而非仅看自域准确率。

坑 10:忽略单一中心/单一设备的泛化局限。
全部影像来自 Noor 眼科医院一台 Heidelberg SD-OCT。在 NEH 上表现好,不代表能外推到其他设备、其他人种。规避:外部验证时至少加入一个异源 OCT 数据集(如 UCSD、OCTDL),并报告跨域性能。

坑 11(补充):误信"more than 16,000"是模糊描述。
Mendeley 描述开头的 “more than 16,000 retinal OCT B-scans” 是概述,精确值以 Option 1 = 16,822 为准。规避:索取精确数字时用 Option 1/Option 2 口径。

坑 12(补充):把论文许可与数据集许可混为一谈。
数据集是 CC BY 4.0(可商用);配套论文发表于 Elsevier 期刊,论文本身通常是版权限制(订阅或特定开放条款)。引用数据集用 CC BY 4.0,复制论文全文则须看期刊政策。规避:区分"数据许可"与"论文版权"。

§5 补:许可判读与合规细节

5.8 CC BY 4.0 到底给了什么

CC BY 4.0(Creative Commons Attribution 4.0 International)是知识共享许可中最宽松之一。逐条拆解它对 NEH-UT 的意义:

权利 CC BY 4.0 下的状态 对 NEH-UT 的含义
复制/下载 允许 免费下载 3.92 GB 全量
分发/再分发 允许 可镜像、可打包进自己的数据集
改编/衍生 允许 可重新标注、可裁剪、可做增强
商业使用 允许 可训练商用 AMD 筛查模型
署名 要求 须注明作者与许可
署名要求 保留许可声明 衍生作品须标注 CC BY 4.0 来源
附加限制 不得增加法律/技术限制 不得对下游加 DRM 或额外许可限制

结论:NEH-UT 的可商用性是它在医学影像数据集中的稀缺属性。多数临床数据集因患者数据敏感性采用"研究专用/需签协议",而 NEH-UT 的发布方选择了 CC BY 4.0,极大降低了从研究到产品的转化摩擦。

5.9 署名(Attribution)实操模板

CC BY 4.0 的核心义务是署名。推荐的最小署名模板:

本工作使用了 NEH-UT 视网膜 OCT 数据集(Labeled Retinal Optical Coherence Tomography Dataset for Classification of Normal, Drusen, and CNV Cases),由 Sotoudeh-Paima、Hajizadeh 与 Soltanian-Zadeh 于 2021/2023 年发布,采用 CC BY 4.0 许可,DOI: 10.17632/8kt969dhx6.2。原始采集机构为伊朗德黑兰 Noor 眼科医院。

若做了改编(如重采样、重标注),还应注明"本工作基于原始数据进行了 XX 改动"。

5.10 与"仅供研究"数据集的对照

医学影像数据集常见三类许可摩擦:

  1. 公开直链 + 宽松许可(如 NEH-UT):注册即下,可商用——摩擦最低;
  2. 公开页 + 受限许可(CC BY-NC / 研究专用):可下但禁商用——摩擦中等;
  3. 请求制(向作者申请、签协议、走审批):不可直接获取——摩擦最高。

NEH-UT 属于第 1 类,与许多需要层层审批的临床数据集形成鲜明对比。对做快速原型或工业落地的团队,这是决定性的选型优势。

5.11 版本选择建议

  • 默认用 V2(doi .2):当前推荐版本,含 worst-case 说明;
  • 若复现 2021 年的早期工作,需确认对方用的是 V1(doi .1)还是 V2;
  • 引用时优先给出带版本号的 DOI(10.17632/8kt969dhx6.2),避免"裸 DOI"无法定位版本;
  • 下载后建议记录文件的 SHA-256(Mendeley 页面提供校验和),保证可复现。

5.12 数据治理视角的检查清单

使用 NEH-UT 前后,建议逐条自查:

  • [ ] 是否已完成患者级划分(用 Patient ID 分组)?
  • [ ] 是否注明了用的读取口径(16,822 vs 12,649)?
  • [ ] 是否注明了预处理(原生 768×496 vs resize 224×224)?
  • [ ] 是否处理了类别不平衡(Normal 约 51%)?
  • [ ] 是否保留署名与许可声明(CC BY 4.0)?
  • [ ] 是否在跨域验证中至少用了一个异源数据集?
  • [ ] 是否记录版本与校验和(V2 + SHA-256)?
  • [ ] 若下游产品化,是否另行完成监管与伦理审查?

这八条构成 NEH-UT 从下载到落地的合规与严谨性骨架。

§7 生态与影响

7.1 数据集谱系:一个 UT 课题组的产出

NEH-UT 出自伊朗德黑兰大学系统与 Noor 眼科医院的合作课题,核心产出是一套"数据集 + 方法论文 + 开源代码"的组合:

  • 数据集:NEH-UT(Mendeley Data,CC BY 4.0);
  • 方法论文:多尺度 CNN(Comput Biol Med 2022);
  • 开源代码:GitHub SamanSotoudeh/Multi-scale-convolutional-neural-network-for-automated-AMD-classification-using-retinal-OCT-images,含 main.py、basemodels.py、vggCombinations.py 等,基于 FPN 结构的 VGG16/ResNet50/DenseNet121/EfficientNetB0 实现。

这套组合让 NEH-UT 不仅能被"用",还能被"复现"——这是它被后续研究持续引用的基础。

7.2 在 OCT 分类数据集景观中的定位

视网膜 OCT 分类数据集大致可按"来源地域 + 类别体系 + 开放度"三维划分:

数据集 地域 类别 规模 许可开放度 定位
NEH-UT 伊朗 3 类 16.8 K CC BY 4.0(最松) 中东来源、B-scan 级、可商用
OCT2017/UCSD 美国 4 类 108 K 较开放 规模最大、最常被引用
OCTDL 多来源 多病变 中 视版本 病变类型更全
OCTID 多来源 辨识 中 视版本 图像辨识任务

NEH-UT 的不可替代性在于:它是少数几个许可宽松(CC BY 4.0)、标签精细(B-scan 级)、且来源非美非中的公开 OCT 分类数据集。对做跨域泛化、公平性(fairness)与人群多样性研究的团队,NEH-UT 是天然的第二域。

7.3 被第三方持续采用

截至本条目撰写,NEH-UT 已在多篇独立研究中被用作目标域或测试集,包括:

  • PLOS ONE 2024(doi 10.1371/journal.pone.0304943):MedViT 的域适应与拼接实验;
  • Preprints 2025(manuscript 202502.0151):半监督学习与标注预算研究。

持续被第三方引用,是数据集"活"的标志。它没有随发表而沉寂,而是进入了 OCT 域适应的方法学工具箱。

7.4 对 AMD 筛查研究的实际意义

AMD 是老龄化社会的重大公共卫生负担。OCT 影像是 AMD 诊断的金标准之一,但读片依赖专科医生,供给受限。NEH-UT 这类"CC BY 4.0 + 三分类 + 足量样本"的数据集,直接支撑自动化筛查的研究与产品化:在基层或资源匮乏地区,一个在 NEH-UT 上训练、并在多域验证过的模型,可用于初筛分流,减轻专科负担。CC BY 4.0 的可商用条款,正是让这类研究能走向临床落地的关键前提。

§8 方法学启示:四条可迁移的经验

8.1 B-scan 级标签是"更细,但要自己聚合"

NEH-UT 把所有切片都标了类,信息量比体积级标签大,但也把"如何在切片级标签上做患者级诊断"这个问题留给了使用者。可迁移经验:标签粒度决定任务定义。做筛查系统时,需明确是切片级输出还是患者级输出,并设计相应的聚合策略(最严重切片、投票、注意力池化)。

8.2 患者级目录隔离是可复制的防泄漏范式

NEH-UT 用"按患者分文件夹"从物理结构上防止数据泄漏。可迁移经验:整理或使用医学数据集时,第一优先级是确认划分单元是患者而非切片。任何"平铺图像"的数据集,都应先补一份患者映射表,再划分。

8.3 跨域退化幅度是数据集价值的试金石

NEH-UT 自域 0.977、跨域掉到 0.83——约 14 个百分点的落差,恰好量化了"域偏移"的严重性。可迁移经验:一个新数据集的最大价值,往往不在自域样板数,而在它作为域外测试集揭示的泛化鸿沟。评测模型时,自域高分远不如跨域稳健有说服力。

8.4 许可开放性直接影响落地路径

CC BY 4.0 让 NEH-UT 可以进入商业产品,而 CC BY-NC 数据集只能停在研究阶段。可迁移经验:选数据集时,许可是硬约束,越早确认越好。整理者的"AI-Ready"评级应把许可开放性作为一等公民指标。

§9 与库内条目的关系

9.1 家族图谱

NEH-UT 属于千方病案库内的眼科 OCT 影像家族。相关条目(含 record_id)如下:

  • oct2017(rid 311):Kermany 等 OCT2017,四分类(CNV/DME/DRUSEN/NORMAL)、约 10 万张、美国 UCSD 来源。与 NEH-UT 是 OCT 跨域研究的经典双域组合——NEH-UT 三分类、伊朗来源,二者互补。
  • octdl(rid 690):OCT 深度学习数据集,多病变 OCT,可作为 NEH-UT 的同域/异域对照。
  • octid(rid 697):OCT 图像辨识数据集,属眼科 OCT 基础资源。
  • octa-500(rid 341):OCT 血管成像(OCTA)500 例数据集。与 NEH-UT 同为"OCT 家族"但模态不同(OCTA 看血流,NEH-UT 是结构 OCT)。
  • octa-25k(rid 859):OCTA 大规模数据集。
  • woives-octa(rid 865):OCTA 相关数据集。
  • age-as-oct(rid 858):OCT 相关数据集。

9.2 三维度对照建议

撰写"OCT 分类数据集景观"时,建议以 NEH-UT 为轴心做三维对照:

对照轴 NEH-UT 对照条目 差异点
类别体系 3 类(无 DME) oct2017(4 类含 DME) 跨域需处理 DME 缺失
来源地域 伊朗(中东) oct2017(美国) 人群/设备多样性
许可开放度 CC BY 4.0(最松) 各条目不一 可商用性差异

9.3 检索路径建议

  • 想找OCT 三分类 + 可商用 → 直接进 NEH-UT(本条目)。
  • 想找OCT 四分类 + 最大规模 → 进 oct2017(rid 311)。
  • 想找OCTA 血流成像 → 进 octa-500(rid 341)/ octa-25k(rid 859)。
  • 想研究跨域泛化 → NEH-UT + oct2017 配对使用。

§7 补:临床与产业视角的深化

7.5 AMD 的临床背景与三个类别的诊断意义

理解 NEH-UT 的标签体系,需要一点 AMD 临床背景:

  • 干性 AMD(Dry AMD):以玻璃膜疣(Drusen)堆积为特征,占 AMD 约 85–90%,进展缓慢,目前治疗手段有限。NEH-UT 的 Drusen 类正是对应这一阶段的影像表现。
  • 湿性 AMD(Wet AMD):以脉络膜新生血管(CNV)为特征,占约 10–15%,但导致约 90% 的严重视力丧失。CNV 是抗 VEGF 治疗的主要对象,早发现、早治疗能显著保留视力。NEH-UT 的 CNV 类是筛查中最关键的阳性类。
  • Normal(正常):作为对照与"排除病变"的目标,在筛查中用于降低假阳性。

从临床价值看,NEH-UT 的三分类任务正好覆盖了"正常 → 干性(Drusen)→ 湿性(CNV)"这一 AMD 进展轴,使模型能区分"需要观察"与"需要紧急干预"的患者。这是它区别于单纯二分类数据集(病变/非病变)的关键——三分类能给出疾病阶段的粗粒度判断。

7.6 筛查场景下的模型部署考量

若将 NEH-UT 训练的模型部署到筛查流程,需考虑:

考量 说明
敏感度优先 CNV(湿性)漏诊代价高,应优先保证 CNV 类召回
类别不平衡处理 CNV 仅约 19%,需用权重/重采样提升召回
域偏移 目标人群设备若不同于 Heidelberg,需域适应
可解释性 临床需知道模型"看哪里"作出判断,热力图可辅助
不确定性 单专家标注,模型置信度低时应转人工复核
监管 作为医疗器械须另行取证,数据集训练不等于获批

NEH-UT 开放的许可让"研究→原型→产品"的链条顺畅,但从原型到临床落地仍需跨越监管门槛,这一点不应被 CC BY 4.0 的便利所掩盖。

7.7 与 OCTA 数据集的关系

千方病案库内还有一组 OCT 血管成像(OCTA) 数据集(octa-500、octa-25k、woives-octa、age-as-oct)。它们与 NEH-UT 同属"眼科 OCT 家族"但模态不同:

  • 结构 OCT(NEH-UT):看视网膜形态(层结构、玻璃膜疣、新生血管膜);
  • OCTA:看视网膜血流(血管网络、灌注)。

二者可互补——形态异常与血流异常在 AMD 中往往同时发生。跨模态研究(结构 OCT ↔ OCTA)是一个有价值的方向,NEH-UT 可作为其中的结构侧数据源。

7.8 数据集的时间线与演进

时间 事件
2021 NEH-UT V1 发布(Mendeley Data, doi .1)
2022 配套论文发表(Comput Biol Med 144:105368)
2023-11-21 V2 发布(doi .2,补充 worst-case 说明)
2024 PLOS ONE 用 NEH 做 MedViT 跨域实验
2025 Preprints 用 NEH 做半监督研究

这条时间线显示 NEH-UT 是一个持续被使用、但本体稳定的数据集:从发布至今本体只升了两个版本,却不断被新方法(ViT、半监督、域适应)拿来检验,说明其作为基准的长期可用性。

§8 补:给不同角色的行动建议

8.1 给医学 AI 研究者

  • 把 NEH-UT 作为OCT 三分类的标准目标域,配合 UCSD 做跨域;
  • 报告结果时给出自域 + 跨域两套数字,突出泛化能力;
  • 注意自域已饱和(0.977),新方法应主攻跨域鲁棒性与少样本。

8.2 给数据集整理者

  • NEH-UT 是"B-scan 级标签 + 患者级目录"的范本,值得借鉴到其他医学影像数据集;
  • 其 CC BY 4.0 许可策略值得作为"开放数据"案例;
  • 它的口径不统一(16822/16823、441/554、3.92/3.65)是反面教材——发布数据时应提供一份权威口径表。

8.3 给产品/工程团队

  • NEH-UT 的 CC BY 4.0 使其可进入商用流程,是合规风险最低的 OCT 数据源之一;
  • 但需搭配多源外部验证,避免单中心模型的过拟合;
  • 建议记录版本与校验和,保证训练可复现与审计可追溯。

8.4 给医学教育者

  • NEH-UT 的三分类(正常/玻璃膜疣/CNV)是讲解 AMD 影像学的良好素材;
  • 其"跨域掉 14 个点"的现象可生动说明影像组学的域偏移问题。

§9 补:库内互链的展开

9.4 与 oct2017(rid 311)的深度对照

oct2017(Kermany)与 NEH-UT 是 OCT 分类领域引用最广的两个公开数据集,深度对照如下:

维度 NEH-UT oct2017(Kermany)
采集地 伊朗德黑兰 美国(UCSD 等)
类别 3(Normal/Drusen/CNV) 4(CNV/DME/DRUSEN/NORMAL)
规模 16,822 约 108,312
标签粒度 B-scan 级 图像级
患者数 441 4,686
设备 Heidelberg SD-OCT 多种
尺寸 768×496 多种
用途 三分类基准 + 跨域目标域 四分类基准 + 跨域源域
许可差异 CC BY 4.0 视版本

互链价值:这两条互为"源域-目标域"的标准搭档,任何做 OCT 域泛化的研究几乎都会同时引用二者。撰写综述时,应以二者为骨架展开。

9.5 与 OCTDL(rid 690)的对照

OCTDL 是较新的 OCT 深度学习数据集,覆盖更广的病变类型。与 NEH-UT 的差异在于病变覆盖范围:NEH-UT 聚焦 AMD 三分类,OCTDL 覆盖更多视网膜疾病。二者可互补——NEH-UT 做深度(AMD 细分),OCTDL 做广度(多病变)。

9.6 检索者导航

你想找 去哪
OCT 三分类、可商用、中东来源 NEH-UT(本条目)
OCT 四分类、最大规模 oct2017(rid 311)
多病变 OCT OCTDL(rid 690)
OCT 图像辨识 OCTID(rid 697)
OCTA 血管成像 octa-500(rid 341)/ octa-25k(rid 859)
OCTA + 年龄因素 age-as-oct(rid 858)
OCTA 大规模 woives-octa(rid 865)

§10 总结与决策卡

10.1 三句话总结

  1. NEH-UT 是伊朗 Noor 眼科医院采集的 16,822 张视网膜 OCT B-scan 三分类数据集(Normal/Drusen/CNV),441 例患者,Heidelberg SD-OCT 采集,B-scan 级专家标注。
  2. 它最大的卖点是"开放 + 细粒度 + 域多样":CC BY 4.0 免申请可商用、逐张切片标签、患者级目录隔离、中东来源。
  3. 它最适合做 AMD 筛查基线训练与 OCT 跨域泛化测试;自域准确率已达 0.977,跨域降至约 0.83,泛化鸿沟正是其科研价值所在。

10.2 适合谁 / 不适合谁

适合:

  • 训练视网膜 OCT 三分类(AMD 筛查)模型的研究者与工程师;
  • 做域适应、跨中心泛化、鲁棒性评测的团队;
  • 需要可商用医学影像数据集的产品开发者;
  • 研究弱监督/半监督、标注预算的方法学者。

不适合:

  • 需要**四分类(含 DME)**的任务——请改用 OCT2017/UCSD;
  • 需要多中心多样性的单源训练——NEH-UT 只有单一中心;
  • 需要严格多人标注一致性的评测——NEH-UT 未披露 kappa;
  • 需要年轻人群视网膜样本的研究——NEH-UT 患者均 >50 岁。

10.3 30 秒决策卡

你的需求 决策
快速上手 OCT 三分类 直接下 NEH-UT(注册即可,10 分钟拿到)
需要可商用 NEH-UT(CC BY 4.0)✅
需要做跨域测试 用 NEH-UT 当目标域,配 UCSD 当源域
需要 DME 类 改走 oct2017(rid 311)
需要患者级划分 用 CSV 的 Patient ID 分组
需要复现原论文 用 Option 2(12,649 张)+ ImageNet 预训练
需要最高自域精度 MedViT 量级(0.977),注意天花板效应

10.4 一句话记忆锚

“伊朗 1.68 万张 OCT 三分类,CC BY 4.0 随便用,B-scan 级标注防泄漏,跨域一测掉 14 个点。”

FAQ(高频问答)

Q1:NEH-UT 的官方全称是什么?
Labeled Retinal Optical Coherence Tomography Dataset for Classification of Normal, Drusen, and CNV Cases。

Q2:NEH 和 UT 分别指什么?
NEH = Noor Eye Hospital(伊朗德黑兰 Noor 眼科医院);UT = University of Tehran 系统。

Q3:一共多少张图像?
16,822 张(官方 Option 1 口径)。

Q4:多少例患者?
441 例,类别为 Normal 120 / Drusen 160 / CNV 161。

Q5:三类各多少张?
第三方口径:Normal 8,584 / Drusen 4,998 / CNV 3,240(Mendeley 官方未逐类披露图像数)。

Q6:图像尺寸是多少?
768×496 像素灰度图。

Q7:用什么设备采集的?
Heidelberg SD-OCT(频域 OCT)。

Q8:标签是什么级别?
B-scan 级(每张切片一个标签)。

Q9:许可是什么?
CC BY 4.0,允许商用,仅需署名。

Q10:要付费或申请吗?
不用。Mendeley Data 注册登录即可免费下载。

Q11:数据集多大?
3.92 GB(全量 zip,官方口径)。

Q12:配套论文是哪篇?
Sotoudeh-Paima et al., Comput Biol Med 144:105368 (2022)。

Q13:怎么读取?
用官方 read_data.py,输出 X 为 (N, H, W, 3) 数组,y 为标签(0/1/2)。

Q14:worst-case 是什么?
Option 2 读取:每个体积只保留最能体现患者诊断的切片,共 12,649 张。

Q15:全量和 worst-case 差多少?
16,822 - 12,649 = 4,173 张。

Q16:为什么有三分类没有 DME?
NEH-UT 聚焦 AMD 相关的正常/玻璃膜疣/CNV,不包含糖尿病黄斑水肿。

Q17:自域训练能到多少准确率?
第三方 MedViT 达 0.977(五折)。

Q18:跨域会掉多少?
从 UCSD 零样本迁移到 NEH 降至约 0.83,掉了约 14 个百分点。

Q19:能商用吗?
能。CC BY 4.0 允许商业使用。

Q20:能再分发吗?
能,须保留署名与许可声明。

Q21:患者隐私处理如何?
OCT 影像无直接面部标识;Mendeley 未明述去标识细节,下游研究应自行确认伦理合规。

Q22:能用于临床诊断吗?
不能直接用于临床诊断,仅供研究与模型开发。

Q23:怎么做患者级划分?
用 data_information.csv 的 Patient ID 分组划分。

Q24:为什么必须患者级划分?
同一患者相邻切片高度相似,图像级随机划分会造成数据泄漏、虚高准确率。

Q25:类别不平衡吗?
略不平衡,Normal 约 51%,CNV 约 19%。

Q26:图像质量有保证吗?
有,采集时要求 Q≥20,且患者 >50 岁、无其他视网膜并发症。

Q27:和 OCT2017 什么关系?
二者常配对做跨域研究;OCT2017 四类、美国来源,NEH-UT 三类、伊朗来源。

Q28:配套代码在哪?
GitHub SamanSotoudeh 的多尺度 CNN 仓库。

Q29:有多个版本吗?
有,V1(2021 首发)与 V2(2023-11-21,推荐)。

Q30:V2 比 V1 多了什么?
V2 补充了 Option 2(worst-case)说明与 12,649 口径。

Q31:能被引用多少次(影响)?
已被 PLOS ONE 2024、Preprints 2025 等独立研究采用。

Q32:一句话记住它?
伊朗 1.68 万张 OCT 三分类,CC BY 4.0 随便用。

事实清单(硬事实)

  1. 官方全称:Labeled Retinal Optical Coherence Tomography Dataset for Classification of Normal, Drusen, and CNV Cases。
  2. 社区短名:NEH-UT Retinal OCT Dataset。
  3. 数据仓库:Mendeley Data。
  4. 当前 DOI:10.17632/8kt969dhx6.2。
  5. V2 发布日期:2023 年 11 月 21 日。
  6. V1 DOI:10.17632/8kt969dhx6.1(2021)。
  7. 图像总数(Option 1):16,822 张。
  8. worst-case 数(Option 2):12,649 张。
  9. 病例数:441 例。
  10. Normal 病例:120。
  11. Drusen 病例:160。
  12. CNV 病例:161。
  13. 逐类图像数(第三方):Normal 8,584 / Drusen 4,998 / CNV 3,240。
  14. 体积数(第三方):554 volumes。
  15. 图像尺寸:768×496。
  16. 采集设备:Heidelberg SD-OCT。
  17. 图像质量阈值:Q ≥ 20。
  18. 患者年龄:> 50 岁。
  19. 类别数:3。
  20. 标签粒度:B-scan 级。
  21. 标签编码:Normal=0, Drusen=1, CNV=2。
  22. 许可:CC BY 4.0。
  23. 全量体积:3.92 GB。
  24. CSV 字段数:6。
  25. CSV 数据行数:16,822。
  26. 配套论文期刊:Computers in Biology and Medicine。
  27. 配套论文字段:144, 105368。
  28. 配套论文年份:2022。
  29. 配套论文 DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105368。
  30. 作者自评准确率(终):93.4% ± 1.4%。
  31. 第三方自域准确率:0.977。
  32. 第三方跨域准确率(tiny):0.841。
  33. 采集机构:Noor Eye Hospital(德黑兰)。
  34. 整理机构:University of Tehran 系统。
  35. 访问摩擦:注册登录即可,无审批。
  36. read_data.py 大小:4.07 KB。

术语表

  • OCT(Optical Coherence Tomography,光学相干断层扫描):利用近红外光干涉成像视网膜横断面的技术,微米级分辨率。
  • SD-OCT(Spectral-Domain OCT,频域 OCT):一种高速 OCT 实现,NEH-UT 即由 Heidelberg SD-OCT 采集。
  • B-scan:OCT 的单张横断面切片图像,一个体积由多张 B-scan 组成。
  • volume(体积):一次 OCT 扫描得到的连续 B-scan 集合。
  • AMD(Age-related Macular Degeneration,年龄相关性黄斑变性):老年人中心视力损害的首要病因。
  • Drusen(玻璃膜疣):视网膜色素上皮下的代谢物堆积,干性 AMD 的标志。
  • CNV(Choroidal Neovascularization,脉络膜新生血管):异常血管长入视网膜下,湿性 AMD 的标志,可致快速视力丧失。
  • DME(Diabetic Macular Edema,糖尿病黄斑水肿):糖尿病并发症,NEH-UT 不含此类。
  • FPN(Feature Pyramid Network,特征金字塔网络):多尺度特征融合结构,配套论文方法基础。
  • CNN(Convolutional Neural Network,卷积神经网络):深度图像分类主力模型。
  • MedViT:面向医学图像的视觉 Transformer。
  • 域适应(domain adaptation):将一个域训练的模型迁移到另一个域的技术。
  • 患者级划分(patient-wise split):按患者而非按图像划分数据集,防泄漏。
  • worst-case 读取:每体积只取最严重切片的口径(Option 2)。
  • kappa(观察者间一致性):衡量多标注者一致程度的统计量,NEH-UT 未披露。
  • CC BY 4.0:知识共享署名 4.0 国际许可,允许商用与改编,需署名。
  • ROC/敏感度/特异度:分类性能指标,敏感度=召回病变,特异度=正确排除非病变。
  • 数据泄漏(data leakage):训练信息以非预期方式进入测试,导致评估虚高。
  • ImageNet 预训练:在大规模自然图像上预训练,迁移到医学图像的常用起点。
  • 迁移学习(transfer learning):复用预训练模型知识到新任务。
  • 类别不平衡(class imbalance):各类样本数差异大,影响模型偏向。
  • Mendeley Data:Elsevier 运营的数据集托管平台。
  • EyeDataHub:第三方数据集目录,提供规范化的元数据。

附录 A:条目信息速查卡

项 值
slug neh-ut-oct
官方名 Labeled Retinal OCT Dataset for Classification of Normal, Drusen, and CNV Cases
短名 NEH-UT
类别 眼科影像 / 图像分类
规模 16,822 张 / 441 例
许可 CC BY 4.0
DOI 10.17632/8kt969dhx6.2
获取 Mendeley Data 公开直链
论文 Comput Biol Med 144:105368 (2022)

附录 B:DAIMS 评估全表

DAIMS(Data AI-Readiness Maturity Score)从数据可用性、标注质量、文档完备、许可开放、工程友好五维评估。

DAIMS 维度 评分(1-5) 说明
Data Availability 数据可用性 5 Mendeley Data 公开,注册即下,无需审批
Annotation 标注质量 4 B-scan 级专家标注,但单专家、无 kappa
Information 文档完备 4 有 CSV 索引、读取脚本、配套论文;逐类图像数官方缺失
Modality/License 许可开放 5 CC BY 4.0,可商用可改编
Standardization 标准化 4 目录规范、患者级隔离、格式统一;版本口径需注意
综合 4.4 / 5 OCT 三分类赛道中 AI-Ready 程度最高之列

附录 C:双口径存照表

项 口径 A 口径 B 结论
图像总数 16,822(Option 1) 16,823(含表头行数) 以 16,822 为准
病例/体积 441 cases 554 volumes 眼级 vs 体积级,并存
逐类图像数 官方仅给病例数 第三方给 8584/4998/3240 标注来源
体积 3.92 GB(Mendeley) 3.65 GB(EyeDataHub) 以官方为准
训练子集 16,822(全量) 12,649(worst-case) 两个官方选项

附录 D:数据获取决策树

需要 OCT 三分类数据?
├─ 能接受 CC BY 4.0 → NEH-UT(本条目)✔
└─ 需要四分类(含 DME) → oct2017(rid 311)
需要跨域测试?
├─ 有美国源域 → NEH-UT 当目标域(伊朗)
└─ 有伊朗源域 → UCSD 当目标域
需要患者级划分?
└─ 用 data_information.csv 的 Patient ID 分组
需要最高自域精度?
└─ MedViT 量级(0.977),注意天花板

附录 E:读取与划分骨架(代码)

# 1. 加载(示意,实际以官方 read_data.py 为准)
# Option 1(全量)-> 16822 张;Option 2(worst-case)-> 12649 张
# X: (N, H, W, 3),y: List[int](0=Normal, 1=Drusen, 2=CNV)

# 2. 患者级划分(防泄漏,关键!)
import pandas as pd
df = pd.read_csv("data_information.csv")
patients = df["Patient ID"].unique()
# 按患者划分,而非按图像
# train_patients, test_patients = split(patients)
# train_df = df[df["Patient ID"].isin(train_patients)]

# 3. 类别权重(应对不平衡)
from sklearn.utils.class_weight import compute_class_weight
# cw = compute_class_weight("balanced", classes=[0,1,2], y=train_labels)

附录 F:来源 URL 清单

  1. Mendeley Data 官方:https://data.mendeley.com/datasets/8kt969dhx6/2
  2. DOI:https://doi.org/10.17632/8kt969dhx6.2
  3. EyeDataHub 目录:https://khosravipooya.com/EyeDataHub/datasets/nehut
  4. 配套论文:https://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2022.105368
  5. 第三方 PLOS ONE 2024:https://doi.org/10.1371/journal.pone.0304943
  6. 第三方 Preprints 2025:https://www.preprints.org/manuscript/202502.0151
  7. 配套代码:https://github.com/SamanSotoudeh/Multi-scale-convolutional-neural-network-for-automated-AMD-classification-using-retinal-OCT-images

附录 G:逐项证据链自证

论断 证据来源
16,822 张图像 Mendeley 官方 Option 1 描述
CC BY 4.0 许可 Mendeley 官方 Licence 字段
441 例 / 120/160/161 Mendeley 官方描述
逐类图像数 8584/4998/3240 Preprints 2025 论文
768×496 尺寸 配套论文
Heidelberg SD-OCT 配套论文
自域 0.977 PLOS ONE 2024 结果表
跨域 0.828/0.841 PLOS ONE 2024 结果表
作者自评 93.4% Comput Biol Med 2022 摘要

附录 H:适用场景速配

场景 推荐用法
AMD 筛查模型训练 Option 1 全量 + 患者级划分 + 类别权重
复现原论文 Option 2(12,649)+ ImageNet 预训练 + UCSD 微调
跨域泛化评测 UCSD 训练 → NEH-UT 测试
半监督研究 按比例缩减标注,Teacher/Student
数据集综述 引用本条目 §2 规格表 + §4 基准表

附录 I:三条引用建议

  • 引用数据集:Sotoudeh-Paima, Hajizadeh, Soltanian-Zadeh (2021/2023), Mendeley Data V2, doi:10.17632/8kt969dhx6.2。
  • 引用方法论文:Sotoudeh-Paima et al. (2022), Comput Biol Med 144:105368。
  • 引用第三方基准:PLOS ONE 2024、Preprints 2025(具体见 §4)。

附录 J:常见错误与纠正对照

错误说法 正确说法
NEH-UT 有 16823 张图 16,822 张图(16823 含 CSV 表头)
NEH-UT 有四类 三类(Normal/Drusen/CNV)
NEH-UT 来自美国 来自伊朗德黑兰 Noor 眼科医院
NEH-UT 需申请 Mendeley 注册即可下载
NEH-UT 禁商用 CC BY 4.0 允许商用
NEH-UT 是体积级标签 是 B-scan(切片)级标签
NEH-UT 覆盖年轻人群 患者均 >50 岁
NEH-UT 含 DME 类 不含 DME

附录 K:快速上手指南(五步)

第一步:下载
访问 https://data.mendeley.com/datasets/8kt969dhx6/2,注册登录,下载 NEH_UT_2021RetinalOCTDataset.zip(3.92 GB)与 data_information.csv。

第二步:解压与检查
解压后核对目录结构(CNV/DRUSEN/NORMAL),用 CSV 复核 16,822 张。

第三步:读取
运行官方 read_data.py,选择 Option 1(16,822)或 Option 2(12,649)。

第四步:患者级划分
按 CSV 的 Patient ID 分组划分训练/验证/测试,严禁按图像随机划分。

第五步:训练与评估
处理类别不平衡(类别权重/重采样),分别在自域与跨域报告准确率、敏感度、特异度。

附录 L:数据集卡片(Datasheet 风格)

项 内容
动机 为 AMD(正常/玻璃膜疣/CNV)自动分类提供公开数据
构成 16,822 张 768×496 OCT B-scan,441 例,3 类
采集 Noor 眼科医院,Heidelberg SD-OCT,Q≥20,患者>50 岁
预处理 官方提供读取脚本;第三方常 resize 224×224
标签 B-scan 级,单视网膜专科医师
用途 分类、跨域、半监督研究
分发 Mendeley Data,CC BY 4.0
维护 作者团队;V1(2021)→V2(2023)

附录 M:伦理与公平性说明

  • 人群代表性:患者均为 >50 岁伊朗人群,单一中心。用于其他人群(年轻、其他地域)时存在分布外风险,模型公平性需独立评估。
  • 标注偏倚:单专家标注,未报告观察者间一致性;不同专家的边界判断可能存在系统差异。
  • 隐私:OCT 为视网膜横断面影像,无面部直接标识;但患者元数据(ID/眼别)应妥善保管,公开使用时须遵循去标识原则。
  • 用途边界:数据集用于研究与教育;不得直接作为临床诊断依据;任何医疗应用须独立完成监管审批。

附录 N:OCT 分类数据集景观表(速查)

数据集 地域 类别 规模 标签粒度 许可 库内 rid
NEH-UT 伊朗 3 16.8 K B-scan CC BY 4.0 本条目
oct2017 美国 4 ≈108 K 图像 视版本 311
octdl 多源 多病变 中 图像 视版本 690
octid 多源 辨识 中 图像 视版本 697
octa-500 多源 OCTA 500 图像 视版本 341
octa-25k 多源 OCTA 25 K 图像 视版本 859
woives-octa 多源 OCTA — 图像 视版本 865
age-as-oct 多源 OCT — 图像 视版本 858

附录 O:三层决策速览

要不要用 NEH-UT?

  • 做 OCT 三分类 / AMD 筛查 → 要;
  • 需要可商用 → 要(CC BY 4.0);
  • 需要四分类或最大规模 → 不要(改用 oct2017)。

用哪个口径?

  • 研究分布、细粒度 → Option 1(16,822);
  • 复现论文、病灶识别 → Option 2(12,649)。

怎么评估?

  • 患者级划分 + 自域/跨域两套数字 + 逐类敏感度。

附录 P:一句话到底

NEH-UT 是 OCT 三分类赛道里许可最开放、标签粒度最细、来源最具域多样性的公开数据集之一;它自域好训(0.977)、跨域难做(0.83),既能当基线,更能当泛化能力的试金石。


相关数据集导航

以下为站内 AI-Ready 数据集百科中与本词条共享多个主题标签的相关数据集,按相关度降序排列:

  • rfmid — 共享标签:医学影像 / 眼科影像 / 图像分类
  • oct2017 — 共享标签:医学影像 / 眼科影像 / 图像分类
  • brset — 共享标签:医学影像 / 眼科影像 / 图像分类
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  • olives — 共享标签:医学影像 / 眼科影像 / 图像分类
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