OpenGWAS尿道狭窄GWAS数据

OpenGWAS提供UK Biobank ICD10 N35尿道狭窄GWAS汇总统计,可用于遗传工具变量、风险位点筛选和因果推断。

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OpenGWAS
2024-01-01 更新
浏览 33
表格分类OpenGWASGWASGenotype-Phenotype Map
OpenGWAS ukb-d-N35 Urethral Stricture

基本信息

模态
表格
任务类型
分类
创建/更新时间
2024-01-01

资源简介

OpenGWAS尿道狭窄GWAS数据

【一句话概览】

OpenGWAS 数据集 ukb-d-N35 的页面提供 VCF 文件下载,链接有效期为 2 小时,每 24 小时最多可下载 20 个数据集的 VCF 文件;自动查询需生成 JWT 令牌,可使用 ieugwasr、ieugwaspy 或 OpenGWAS API。该数据集可能尚未收录于 Genotype-Phenotype Map 数据库,页面还列出相关数据集及 EpiGraphDB 推荐链接(来源 gwas.mrcieu.ac.uk)。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《ukb-d-N35》。

【数据内容】

源站原始描述:OpenGWAS Copied to clipboard! 0% Loading... OpenGWAS ID: Loading... Field Value Download Loading... QC Report VCF Files *limit applies VCF Download Links The link(s) will be valid for 2 hours. Click on a link to copy to clipboard. You can only download VCF files of 20 datasets per 24 hours on this website. For automated queries please use one of the following - in any case you will need to generate a token (JWT) : ieugwasr::gwasinfo_files() ieugwaspy.gwasinfo_files() OpenGWAS API (build your own…

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):OpenGWAS 已复制到剪贴板! 0% 加载中... OpenGWAS ID: 加载中... 字段 值 下载 加载中... 质控报告 VCF 文件 *有限制 VCF 下载链接 链接有效期为 2 小时。点击链接即可复制到剪贴板。 本网站每 24 小时仅可下载 20 个数据集的 VCF 文件。 如需自动化查询,请使用以下方式之一——无论哪种方式,您都需要生成令牌(JWT): ieugwasr::gwasinfo_files() ieugwaspy.gwasinfo_files() OpenGWAS API(自行构建封装) 基因型-表型图谱 该数据集可能尚未收录于 GPMap 数据库。 相关数据集(服务不可用) EpiGraphDB 推荐的第二个链接项 > 返回所有数据集

【主题与分类】

主题标签:OpenGWAS、GWAS、Genotype-Phenotype Map。

【适用方向】

结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。

【获取与许可】

源站页面:https://gwas.mrcieu.ac.uk/datasets/ukb-d-N35/

官方服务

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下载信息

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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。

暂未开放

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站:https://gwas.mrcieu.ac.uk/datasets/ukb-d-N35/

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

OpenGWAS提供UK Biobank ICD10 N35尿道狭窄GWAS汇总统计,可用于遗传工具变量、风险位点筛选和因果推断。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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