PRJNA890249：不同生育治疗与自然妊娠胎盘形成期差异基因表达

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA890249

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

这项SMAART队列研究采用bulk总RNA测序来评估受孕方式对早孕期人类胎盘基因表达的影响[PMID: 30611556]。妊娠均为单胎，孕龄10-14周，核型正常，胎儿种族为高加索人或高加索/亚洲混血，受孕方式为接受生育治疗（IVF=体外受精，NIFT=非IVF生育治疗）或未接受生育治疗（自然受孕，也称为未辅助受孕）。妊娠在胎儿性别方面保持平衡。临床基因检测后剩余的绒毛膜绒毛组织在知情同意下采集用于研究，并保存在RNAlater RNA Stabilization Reagent（QIAGEN）中于-80°C保存，直至使用AllPrep DNA/RNA Mini Kit（QIAGEN）进行RNA分离。使用Illumina TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero Gold样本制备试剂盒（Illumina）构建了>200 nt的RNA-seq文库，并去除了细胞质和线粒体核糖体RNA。使用FastQC进行质量检查后，使用Kallisto对照人类参考基因组（Ensembl build GRCh38）对转录本丰度进行定量。

采用DESeq2进行差异表达分析，以比较受孕方式，并对胎儿性别和RNA-seq数据集进行了校正。数据集校正消除了RNA分离和/或测序批次带来的批次效应。共纳入N=141名受试者，包括74例自然受孕、33例非IVF（NIFT）和34例IVF妊娠。DESeq2文件末尾的受试者列是经测序深度归一化后的计数。总体设计：总RNA-seq差异基因表达分析，比较不同受孕方式：不孕治疗（IVF与NIFT合并）vs自然受孕、NIFT vs自然受孕、IVF vs自然受孕，以及IVF vs NIFT。分析在DESeq2模型中校正了胎儿性别和RNA-seq数据集。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。