基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

肾移植后慢性移植物损伤药物靶点与治疗整合信息学研究

PRJNA299654 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的人类（Homo sapiens）数据集，编号为 299654。该数据集围绕肾移植后慢性移植物损伤这一临床问题展开，采用整合信息学的研究思路，试图识别潜在的药物靶点与治疗策略。其主题标签为转录组或基因表达，属于泌尿生殖系统疾病范畴下的其他类目。整体而言，该数据集将生物数据与药物靶点发现相结合，为肾移植后慢性损伤的机制探索和干预研究提供了一个可检索、可关联的数据入口，适合关注移植免疫、转录组分析及计算药物发现的研究者参考使用。

【数据集背景】

肾移植是终末期肾病的重要治疗手段，但移植后慢性移植物损伤仍是影响移植物长期存活的关键问题。该数据集正是针对这一临床需求而设立，其英文名称明确指向“识别肾移植后慢性移植物损伤的药物靶点与治疗策略的整合信息学方法”。数据集来源于 NCBI BioProject，编号 299654，物种为 Homo sapiens，所属分类为泌尿生殖系统疾病 / 其他。从研究定位看，它并非单纯的表达谱记录，而是以整合信息学为方法框架，将转录组或基因表达数据与药物靶点、治疗策略的发现目标相连接，体现了从数据到干预策略的研究导向。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其核心数据类型与转录组或基因表达相关。围绕肾移植后慢性移植物损伤这一研究对象，数据内容应涉及人类样本的基因表达信息，并服务于药物靶点识别与治疗策略探索的整合分析目标。不过，关于具体的样本数量、测序平台、表达矩阵规模、差异基因列表、候选靶点数量等细节，源站未提供。因此，该数据集在内容层面的确切构成，需以 NCBI BioProject 记录中实际链接和关联的数据类型为准。

【采集与来源】

该数据集来自 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 是围绕单一研究计划或由单一组织、联盟发起的生物数据的集合，其记录为用户提供一个统一入口，用以查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集的源站标题为“Homo sapiens (ID 299654) - BioProject - NCBI”，说明其在 NCBI 体系内以人类物种和项目编号进行标识。关于样本采集地点、时间、伦理审批、具体研究机构等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肾移植后慢性移植物损伤相关的转录组或基因表达研究，尤其适合需要从表达数据出发探索潜在药物靶点与治疗策略的整合信息学分析。研究者可将其用于移植免疫机制探索、候选靶点筛选、药物重定位思路验证等方向。同时，由于该数据集属于 NCBI BioProject 体系，也可作为生物数据检索与关联分析的入口，帮助用户发现同一项目下可能存在的多种数据类型。对于泌尿生殖系统疾病领域的研究者，该数据集提供了一个与肾移植慢性损伤相关的数据资源线索。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 数据库，以编号 299654 或标题中的关键词进行检索，定位到该项目的记录页面。BioProject 记录本身提供指向该项目所生成的不同数据类型的链接，用户可据此进一步访问关联的数据资源。由于该数据集主题为转录组或基因表达，使用时可结合基因表达分析、差异表达分析、功能富集分析及整合信息学方法，围绕肾移植后慢性移植物损伤的靶点与治疗策略开展研究。具体的数据下载方式、文件格式、分析流程与软件工具，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公共生物数据资源体系的一部分，其记录提供了项目层面的统一标识与数据链接。但关于数据质量的具体指标，如样本质量、测序深度、数据完整性、批次效应控制等，源站未提供。此外，该数据集聚焦于肾移植后慢性移植物损伤的整合信息学研究，其结论的适用范围可能受限于研究设计、样本特征与分析框架，源站未提供相关验证信息。使用者应结合原始数据与自身研究目的进行独立评估。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制及数据共享政策，源站未提供。使用者应直接访问 NCBI BioProject 记录页面，查阅该项目相关的引用要求与许可说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE74313

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA299654

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们采用两步荟萃分析方法，对GEO中公开可用的微阵列数据集中的活检和外周血样本进行了荟萃分析。我们的内部22个微阵列数据集是其中之一。我们鉴定出85个与CAI相关的免疫相关基因。随后，我们通过cMAP（一个大规模整合药物和疾病公共基因表达数据的平台）寻求发现药物化合物与CAI之间的新型治疗关系。我们提出，具有潜在治疗效果的药物能够在模拟细胞系中逆转药物暴露期间85个CAI特异性基因集的差异表达。我们选择了两种药物进行体内和体外验证，即山奈酚和七叶亭，这两种植物来源的化合物在1，309种化合物中排名靠前。总体设计：对肾移植受者（n=22）移植后12个月获得的活检样本通过Affymetrix外显子阵列进行基因表达分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别