PRJNA1541728：自噬启动的线粒体质量控制抵御肾缺血性损伤与纤维化
该数据集来自NCBI，采用Bulk RNA sequencing对人HK-2肾近端小管上皮细胞在基础状态及FCCP诱导损伤后、经G01-ATTEC处理的转录响应进行表征，包含五个实验组共15个独立培养的生物学样本，并提供基因水平和转录本水平的TPM矩阵
基本信息
资源简介
PRJNA1541728：自噬启动的线粒体质量控制抵御肾缺血性损伤与纤维化
PRJNA1541728 数据集来自 NCBI，主题标签为转录组或基因表达。该数据集采用 Bulk RNA sequencing 技术，对人 HK-2 肾近端小管上皮细胞在基础状态以及 FCCP 诱导损伤后经 G01-ATTEC 处理的转录响应进行表征。数据集共包含五个实验组、15 个独立培养的生物学样本，并提供基因水平和转录本水平的 TPM 矩阵。从研究主题看，该数据集服务于自噬启动的线粒体质量控制对抗肾脏缺血性损伤与纤维化这一研究方向，通过批量转录组测序刻画处理与损伤条件下的基因表达变化，为相关机制探索提供转录层面的数据基础。
【数据集背景】
该数据集围绕自噬启动的线粒体质量控制与肾脏缺血性损伤及纤维化之间的关系展开。研究关注在肾脏近端小管上皮细胞中，经 G01-ATTEC 处理后在基础条件与 FCCP 诱导损伤条件下的转录响应。HK-2 细胞是人肾近端小管上皮细胞系，常用于肾脏生理与损伤机制研究。数据集通过 Bulk RNA sequencing 对上述条件下的细胞样本进行转录组表征，旨在从基因表达层面反映处理与损伤所引发的转录变化。关于该研究更完整的实验背景、立项依据及具体科学假设，源站未提供。
【数据内容】
数据集包含 15 个独立培养的生物学样本，分属五个实验组。测序数据以基因水平和转录本水平的 TPM 矩阵形式提供，可用于比较不同实验组之间的基因表达与转录本表达差异。样本覆盖基础状态以及 FCCP 诱导损伤后经 G01-ATTEC 处理的条件下，具体每组样本数量、分组命名、处理浓度与时间等细节，源站未提供。除 TPM 矩阵外，是否提供原始测序读段或其他中间文件，源站未提供。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。样本为体外培养的人 HK-2 肾近端小管上皮细胞，包含基础条件与 FCCP 诱导损伤条件，并涉及 G01-ATTEC 处理。测序策略为 Bulk RNA sequencing，样本为独立培养的生物学样本。关于测序平台、读长、建库方法、测序深度及具体培养与处理流程，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肾脏近端小管上皮细胞在损伤与处理条件下转录组变化的探索性分析，例如差异表达分析、基因水平与转录本水平的表达比较，以及围绕线粒体质量控制、缺血性损伤与纤维化相关通路的假设生成。由于提供的是 TPM 矩阵，适合直接用于表达量层面的比较与可视化。关于该数据集是否适合特定统计模型、是否经过批次校正或是否可用于临床转化推断，源站未提供。
【使用方法】
使用者可基于基因水平或转录本水平的 TPM 矩阵开展组间表达比较与差异分析，并结合五个实验组的分组信息进行对比研究。使用时应先确认样本与分组的对应关系以及矩阵的行列注释；具体的分组标签、注释文件格式与分析流程，源站未提供。对于需要原始读段重新比对或重新定量的分析，源站未提供相关原始数据信息。
【质量与限制】
数据集包含 15 个独立培养的生物学样本，覆盖五个实验组，样本量相对有限，组间比较的统计效力需结合具体设计评估。数据为体外细胞系来源，向体内肾脏损伤与纤维化情境的外推需谨慎。关于测序质量指标、重复性、批次效应、归一化方法及质控结果，源站未提供。TPM 矩阵的注释版本与基因集范围，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来自 NCBI，相关引用方式、作者信息、发表文献及许可条款，源站未提供。使用时应遵循源站的相关数据使用政策。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1541728
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
进行了批量RNA测序，以表征在基础条件下及FCCP诱导损伤后，G01-ATTEC在人HK-2肾近端小管上皮细胞中的转录反应。该数据集包含五个实验组中的15个独立培养的生物样本。提供了基因水平和转录水平的TPM矩阵。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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