基本信息

模态

基因组

任务类型

图像分割

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

人类膀胱细胞空间图谱 [Xenium]

PRJNA1521411 是一个以人类膀胱细胞空间映射为主题的生物项目，英文名称为 Human bladder cell spatial mapping [Xenium]，在 NCBI 的 BioProject 数据库中编号为 1521411。该项目围绕人类膀胱组织展开，采用 Xenium 平台进行空间层面的细胞与基因表达分析，旨在揭示膀胱组织内不同细胞类型的空间分布及其与基因表达之间的关系。从分类上看，它归属于泌尿生殖系统疾病下的其他类别，主题标签为转录组或基因表达。整体而言，该数据集为研究者提供了一个从空间维度理解膀胱组织生物学特征的数据资源，可支撑泌尿生殖系统相关疾病的空间转录组研究，并帮助探索细胞类型在组织微环境中的定位规律。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种项目级记录，用于汇集与某一项单一研究计划相关的多种生物数据。该计划通常来自一个机构或一个联合体。BioProject 记录的核心作用，是为用户提供一个统一的入口，以便找到该项目所产生的不同类型的数据。PRJNA1521411 正是这样一个 BioProject 记录，其标题为 Human bladder cell spatial mapping [Xenium]，编号为 1521411。该项目聚焦于人类膀胱细胞的空间映射，属于泌尿生殖系统疾病分类下的其他方向，主题标签为转录组或基因表达。这意味着该项目所涉及的数据类型与基因表达谱相关，并借助空间技术手段来呈现膀胱组织中的细胞分布信息。

【数据内容】

该数据集的核心内容是围绕人类膀胱细胞的空间映射展开的。根据源站标题，其采用 Xenium 平台进行数据采集，因此数据应涉及膀胱组织内细胞类型分布与基因表达的空间关系。主题标签为“转录组或基因表达”，说明数据与基因表达检测相关。然而，关于具体的样本数量、细胞数目、基因 panel 组成、图像分辨率、数据文件格式或数据量大小等细节，源站未提供。该 BioProject 记录本身是一个项目汇总入口，用于链接该项目产生的多种数据类型，但具体的数据文件清单和内容描述未在给定信息中呈现。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 的 BioProject 数据库。项目编号为 1521411，英文名称为 PRJNA1521411: Human bladder cell spatial mapping [Xenium]。源站描述指出，BioProject 记录提供用户一个单一位置，以查找为该项目生成的多种数据类型。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息、受试者数量或临床背景等，源站未提供。关于 Xenium 平台的具体运行参数、试剂版本或仪器型号，源站也未提供。

【适用场景】

该数据集可用于研究膀胱组织内细胞类型分布与基因表达的空间关系。由于主题标签为转录组或基因表达，且采用 Xenium 空间平台，它适合用于空间转录组分析，帮助理解膀胱组织中不同细胞群体的空间组织模式。在泌尿生殖系统疾病分类下，该数据可支撑相关疾病的空间转录组研究，例如探索疾病状态下细胞类型分布的变化或基因表达的空间异质性。此外，该 BioProject 记录可作为入口，帮助研究者定位该项目产生的多种数据类型，从而服务于更广泛的膀胱生物学或泌尿系统疾病研究。但具体的适用分析类型或已验证的应用场景，源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录，编号为 1521411，英文名称为 PRJNA1521411: Human bladder cell spatial mapping [Xenium]。BioProject 记录的设计目的是提供一个单一位置，以链接该项目生成的多种数据类型。因此，使用者可以通过该记录查找与项目相关的数据链接。关于具体的数据下载方式、所需软件、分析流程或数据处理步骤，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集采用 Xenium 平台，属于空间转录组技术，其数据质量可能受到组织切片质量、平台性能及数据分析方法的影响，但具体质量指标源站未提供。该 BioProject 记录本身是项目级汇总，不直接包含原始数据或分析结果，用户需通过其链接获取具体数据。关于样本量、覆盖度、重复性、批次效应或验证情况等限制信息，源站未提供。此外，该数据集分类为泌尿生殖系统疾病下的其他，具体疾病类型或研究焦点未在给定信息中明确。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或数据共享政策，源站未提供。用户在使用时应参考 NCBI BioProject 的通用条款以及该项目页面可能提供的具体说明。由于源站未提供具体的引用格式或许可信息，建议直接访问该 BioProject 记录页面以获取最新和准确的引用与许可要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE345644

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1521411

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们使用 Xenium In Situ assay 和定制探针组合来可视化人膀胱横截面。该定制探针组合包含针对膀胱细胞类型标记基因和 RNA 异构体的探针集，以实现细胞鉴定。我们检测到 30 个不同的细胞群，由尿路上皮细胞状态、免疫细胞和多种基质细胞类型组成。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别