PRJNA148443：痤疮丙酸杆菌的宿主细胞嗜性——皮肤与前列腺上皮的感染情形不同

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA148443

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数据说明

痤疮丙酸杆菌是一种革兰氏阳性细菌，普遍存在于人体皮肤上，通常被认为与宿主呈共生关系。然而，它也与皮肤疾病寻常痤疮密切相关。更具争议的是，据推测它参与植入式假体装置的感染，并已从前列腺恶性肿瘤组织中分离出来。痤疮丙酸杆菌在这些病理过程中的作用尚未确定，尽管细菌因素和宿主因素均有所涉及。通过微阵列分析，我们发现角质形成细胞和前列腺细胞对痤疮丙酸杆菌感染的全局转录谱存在根本性差异。值得注意的是，痤疮丙酸杆菌感染角质形成细胞系HaCaT后，引发了强烈但急性的炎症反应。相比之下，前列腺细胞系RWPE1的炎症反应延迟出现且持续时间更长。免疫荧光和电子显微镜显示，RWPE1细胞中内化的痤疮丙酸杆菌数量更多，且在感染三周后仍可在细胞内检测到。这与HaCaT细胞形成对比，痤疮丙酸杆菌在很大程度上未能侵入HaCaT细胞。

此外，P. acnes在RWPE1细胞中诱导了延迟且持续的NFκB激活，而HaCaT细胞中则未出现这种激活。对宿主细胞感染反应的进一步表征显示，中间丝蛋白波形蛋白是P. acnes在RWPE1细胞中侵袭、持续存在及炎症特征的关键决定因素。通过siRNA介导的波形蛋白敲低，RWPE1细胞中细菌侵袭及感染炎症反应减弱；同样，在HaCaT细胞中过表达波形蛋白则增加了细菌侵袭。我们得出结论，波形蛋白依赖的宿主组织趋向性在一定程度上决定了P. acnes的侵袭和炎症能力。这可能有助于解释P. acnes在非皮肤感染部位的病理学。总体设计：微阵列实验以双色h进行

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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