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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1457028：酮体介导的近端小管特异性Tsc1敲除小鼠肾脏mTORC1信号调控的单细胞转录组图谱

该数据集为 NCBI BioProject 收录项目，编号 1457028，英文名称为“Single-cell transcriptomic landscape of ketone body–mediated modulation of renal mTORC1 signaling in proximal tubule–specific Tsc1 knockout mice”。从名称可以看出，其研究对象是近端小管特异性 Tsc1 敲除小鼠，研究主题为酮体介导的肾脏 mTORC1 信号调控，并采用单细胞转录组技术刻画相关转录组图谱。数据集在源站被归类为 Transcriptome or Gene expression 主题，本站将其归入泌尿生殖系统疾病 / 其他分类。整体而言，该数据集属于肾脏疾病与代谢信号交叉领域的单细胞基因表达数据资源，可为相关基础研究提供转录组层面的数据支撑。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号 1457028。BioProject 是围绕某一项研究计划或倡议而汇集多种生物数据的集合，通常由单一机构或联合体发起，并为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的不同类型数据。该项目的标题明确指向近端小管特异性 Tsc1 敲除小鼠，以及酮体对肾脏 mTORC1 信号的介导调控，说明其研究背景涉及肾脏近端小管的代谢信号通路与基因表达变化。本站分类将其归入泌尿生殖系统疾病 / 其他，提示该数据与泌尿生殖系统疾病研究相关。关于该研究的具体科学假设、实验设计细节及立项背景，源站未提供。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其核心数据属于转录组或基因表达范畴。结合数据集名称可知，其内容为单细胞转录组图谱，用于描述酮体介导的肾脏 mTORC1 信号调控在近端小管特异性 Tsc1 敲除小鼠中的表现。数据可能涉及单细胞水平的基因表达信息，但具体包含哪些样本、细胞类型、基因数量、测序平台、数据文件格式及数据量等信息，源站未提供。除转录组或基因表达这一主题标签外，源站未提供更细化的数据内容说明。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库记录，项目编号为 1457028。BioProject 记录本身并不直接等同于某一类原始数据文件，而是作为项目层面的索引与入口，帮助用户定位该项目所生成的不同数据类型。该项目的发起机构、样本采集地点、实验动物来源、测序机构及具体采集流程等信息，源站未提供。本站仅将其分类为泌尿生殖系统疾病 / 其他，并标注来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。

【适用场景】

基于现有信息，该数据集适用于与肾脏近端小管、Tsc1 基因敲除、mTORC1 信号调控、酮体代谢作用以及单细胞转录组分析相关的研究场景。研究人员可将其作为单细胞基因表达数据资源，用于探索上述生物学背景下的转录组特征。由于本站分类为泌尿生殖系统疾病 / 其他，该数据也可能服务于泌尿生殖系统疾病相关的基础研究。然而，具体适用分析类型、可支持的统计方法及可回答的科学问题，需结合源站提供的原始数据与元数据进一步判断，源站未提供相关说明。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库访问，项目编号为 1457028。用户可在 NCBI BioProject 记录中查找该项目所链接的各类数据资源。关于数据下载方式、文件格式、分析流程、推荐工具及使用步骤，源站未提供。由于 BioProject 是项目层面的集合记录，实际使用时应依据源站提供的链接与说明获取相应数据。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公开数据库记录，但关于其数据质量、测序深度、细胞捕获效率、批次效应、样本量、重复数及验证情况等信息，源站未提供。该数据集的标题与主题标签表明其聚焦于单细胞转录组与基因表达，但具体数据是否经过标准化处理、是否包含原始测序数据或仅包含处理后数据，源站未提供。此外，本站分类为泌尿生殖系统疾病 / 其他，该分类较为宽泛，可能限制其在特定疾病子领域中的直接适用性。使用者在解释结果时应结合源站原始记录进行判断。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI BioProject，项目编号为 1457028，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制及是否允许再分发等信息，源站未提供。用户在使用该数据集时，应遵循 NCBI 及 BioProject 的相关政策，并依据源站记录确认具体的引用要求与许可条款。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE328924

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1457028

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们对小鼠肾脏进行了单细胞RNA测序，以探究酮体对肾脏mTORC1信号通路的影响。采用近端小管特异性Tsc1敲除模型（PTC-iKO）诱导mTORC1的持续性激活。1,3-丁二醇作为酮体前体，可提高循环酮体水平，以膳食补充剂形式给药。共分析三组：Tsc1 flox对照组、正常饮食下的Tsc1 PTC-iKO组以及接受1,3-丁二醇治疗的Tsc1 PTC-iKO组。该数据集支持对肾脏中与mTORC1激活及酮体暴露相关的转录变化进行细胞类型特异性分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别