小鼠肠道类器官Matrigel或I型胶原培养的单细胞RNA测序分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1281532

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肠道上皮再生依赖于炎症条件下的细胞可塑性。目前已描述两种主要可塑性形式：空间可塑性，即成熟细胞去分化为隐窝基底柱状（CBC）干细胞；以及胎儿逆转，即细胞采用胎儿样转录状态。为探究这些过程背后的细胞机制，我们对培养于Matrigel或胶原基质中的小鼠肠道上皮类器官进行了单细胞RNA测序。结合单细胞转录组与功能分析，揭示了CBC与复活干细胞（revSC）之间的双向相互转化，以及吸收性肠上皮细胞向revSC样状态的重编程。该数据集提供了上皮干细胞状态与可塑性转变的高分辨率图谱，有助于进一步研究小鼠肠道中的再生层级。总体设计：对来自培养于Matrigel中的标准出芽类器官和培养于I型胶原中的囊状球形类器官的WT小鼠小肠分离细胞进行scRNA-seq分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。