基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1210535：单核RNA-seq揭示IgA肾病从发病到慢性肾脏病的过程

PRJNA1210535 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库中的生物项目，其标题为“Single nucleus RNA-seq reveals the process from onset to chronic kidney disease in IgA nephropathy”，即利用单核 RNA 测序技术揭示 IgA 肾病从发病到慢性肾脏病的发展过程。该数据集在分类上归属于泌尿生殖系统疾病 / 其他，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其核心数据与转录组或基因表达相关。作为 BioProject 记录，它并非单一数据文件，而是一个围绕特定研究目标组织起来的生物数据集合，为用户提供指向该项目所产生的多种数据类型和资源的统一入口。该项目聚焦于 IgA 肾病这一泌尿生殖系统疾病，试图通过单核转录组层面的信息刻画疾病从起病到进展为慢性肾脏病的动态过程。

【数据集背景】

IgA 肾病是一种常见的原发性肾小球疾病，其病程可从早期发病逐渐进展至慢性肾脏病，给患者带来长期健康负担。理解这一进展过程背后的细胞与分子机制，对于疾病监测和干预具有重要意义。该 BioProject 正是围绕这一主题设立，标题明确指出其研究目标为揭示 IgA 肾病从发病到慢性肾脏病的过程。项目采用单核 RNA 测序作为核心技术手段，从转录组或基因表达层面获取信息。该记录来源于 NCBI BioProject，属于泌尿生殖系统疾病 / 其他分类，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，说明其数据性质与基因表达谱密切相关。

【数据内容】

该数据集的核心内容为单核 RNA 测序所产生的转录组或基因表达数据，用于研究 IgA 肾病从发病到慢性肾脏病的演变过程。BioProject 作为一项生物数据集合，其记录本身并不等同于单一的数据文件，而是为用户提供查找该项目所生成的不同数据类型和资源的统一入口。因此，该数据集可能关联多种类型的数据产物，但具体的数据文件格式、样本数量、测序深度、细胞类型组成、基因表达矩阵等细节，源站未提供。主题标签明确指向 Transcriptome or Gene expression，表明基因表达信息是该项目的关键数据维度。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，具体以 BioProject 记录形式呈现，项目 ID 为 1210535。BioProject 是由单一机构或联盟发起、围绕某一研究计划汇集生物数据的集合，其记录为用户提供指向该项目所生成的不同数据类型和资源的链接入口。该项目的标题和主题标签表明其数据采集围绕 IgA 肾病的单核 RNA 测序展开。关于样本采集地点、采集时间、受试者来源、伦理审批信息、测序平台及具体实验流程等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与 IgA 肾病及慢性肾脏病相关的转录组或基因表达研究场景。研究人员可利用其探索 IgA 肾病从发病到慢性肾脏病过程中基因表达的变化，或将其作为单核 RNA 测序数据分析的参考资源。由于主题标签为 Transcriptome or Gene expression，该数据也可用于涉及基因表达谱分析的方法学研究或比较分析。此外，作为 BioProject 记录，它可作为查找该项目相关数据类型的入口，便于用户定位和获取所需数据。具体适用的分析类型、疾病分期对应关系及可支持的结论范围，源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库，以项目 ID 1210535 或标题关键词进行检索，访问该项目的记录页面。BioProject 记录提供指向该项目所生成的不同数据类型和资源的链接，用户可据此进一步获取相关数据。关于数据下载方式、文件格式说明、分析工具推荐、预处理步骤及使用限制等具体操作信息，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公开的生物项目记录，其标题和主题标签提供了项目的基本定位。然而，关于数据质量评估指标、测序质量参数、样本完整性、批次效应、数据覆盖度及潜在偏差等具体信息，源站未提供。此外，该记录作为 BioProject 集合，其本身不直接等同于经过质控的最终数据产品，用户在使用时需结合项目关联的具体数据资源进行判断。任何关于数据准确性、可重复性或适用性的结论，均需依据源站未提供的详细信息加以评估。

【引用与许可】

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE286911

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1210535

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

IgA肾病（IgAN）是肾小球肾炎的一种常见类型。根据已确立的IgAN发病机制“多重打击”学说，最后一击是含IgA1的免疫复合物在系膜区沉积，导致系膜细胞增生和细胞外基质扩张等特征性病理改变。我们分析了多个公开的转录组数据集，包括微阵列和bulk RNA测序，以识别IgAN患者及疾病进展者中的通路改变。我们还从估算肾小球滤过率正常或降低的IgAN肾脏活检样本中生成了自己的单核RNA测序数据集，并将其与公开可用的健康对照数据集整合，以全面检查IgAN进展过程中细胞类型特异性的变化。与健康对照相比，IgAN中补体激活、黏着斑和胶原形成相关通路显著增强。我们的snRNA-seq数据鉴定出两个间充质基质细胞（MSC）簇，这些通路在其内的评分高于其他细胞类型，且随着eGFR下降而逐渐受到扰动。

我们在MSCs中观察到一种从系膜细胞向肌成纤维细胞的潜在转变，伴随补体激活、体液免疫、胶原组织及细胞外基质组装相关基因表达增加。通过计算机模拟敲低某些转录因子（如PRRX1），这种转变可被部分逆转。总体设计：我们收集了郑州大学第一附属医院20例IgAN患者的肾脏活检样本，并储存在液氮中直至病理分析。根据eGFR，我们将样本分为9例eGFR正常（>90 mL/min/1.73m²）和11例eGFR偏低（<90 mL/min/1.73m²）。随后，我们将样本合并为3个eGFR正常和3个eGFR偏低的IgAN组，并送检进行标准的10X Genomics snRNA-seq。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别