尼加拉瓜慢性肾病遗传易感性 BioProject 数据集

BioProject 是与单一研究计划相关、源自单一组织或联盟的生物数据集合。BioProject 记录为用户提供一个统一位置,以查找为该计划生成的各种数据类型对应的链接

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基因组慢性肾病遗传易感性泌尿生殖系统疾病BioProjectNCBI尼加拉瓜
PRJNA1174283: Genetic Susceptibility to Chronic Kidney Disease in Nicaragua

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

尼加拉瓜慢性肾病遗传易感性 BioProject 数据集

PRJNA1174283 是一个围绕尼加拉瓜慢性肾脏病遗传易感性研究的生物项目记录,其完整英文名称为 Genetic Susceptibility to Chronic Kidney Disease in Nicaragua。该记录归属于泌尿生殖系统疾病 / 其他分类,来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov。作为 BioProject 体系中的一项记录,它旨在将与该研究计划相关的多种生物数据集中呈现,为使用者提供一个统一的检索入口,以便定位由该计划所产生的不同类型数据及其链接。整体而言,该数据集本身并非单一实验或单一测序结果,而是一个项目级别的元数据集合,用于组织和关联围绕“尼加拉瓜慢性肾脏病遗传易感性”这一研究主题所生成的生物数据资源。

【数据集背景】

BioProject 是生物数据组织中的一种项目级记录形式。根据来源站点的说明,一个 BioProject 是一组与单一研究计划相关的生物数据集合,该计划源自单一组织或来自一个联盟。BioProject 记录的核心作用,是为用户提供一个统一的位置,用以查找为该计划生成的各种数据类型所对应的链接。PRJNA1174283 正是这样一个记录,其主题聚焦于尼加拉瓜人群中慢性肾脏病的遗传易感性。该主题属于泌尿生殖系统疾病范畴,在本站分类中归入“泌尿生殖系统疾病 / 其他”。该记录的名称直接体现了研究的地理范围(Nicaragua)与疾病方向(Chronic Kidney Disease)以及研究角度(Genetic Susceptibility)。源站标题以“Genetic Susceptibility to Chronic Kidney Disease i...”的形式呈现,并标注 ID 1174283,表明其属于 NCBI BioProject 数据库中的一条项目记录。

【数据内容】

该数据集为 BioProject 记录,其内容性质是项目级元数据与数据链接的集合,而非直接可下载的原始测序数据或临床数据表。根据 BioProject 的通用定义,此类记录会汇集与单一研究计划相关的多种数据类型,并提供指向这些数据的链接。因此,PRJNA1174283 所承载的内容应理解为围绕“尼加拉瓜慢性肾脏病遗传易感性”这一计划所生成的各类生物数据的索引与关联信息。关于该项目具体包含哪些数据类型、样本数量、测序平台、基因组范围或统计指标,源站未提供。该记录的分类信息为泌尿生殖系统疾病 / 其他,这有助于在疾病分类维度上对该项目进行归类和检索。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,记录标识为 BioProject ID 1174283,英文名称为 PRJNA1174283: Genetic Susceptibility to Chronic Kidney Disease in Nicaragua。根据 BioProject 的一般定义,项目记录源自单一组织或联盟,用于汇集与单一研究计划相关的生物数据。关于该项目的具体提交机构、研究团队、样本采集地点、采集时间、伦理审批信息以及尼加拉瓜当地的具体合作单位,源站未提供。该记录在源站以 BioProject 形式存在,用户可通过 NCBI 的 BioProject 体系访问其记录页面,并由此跳转至该项目所关联的各类数据资源。

【适用场景】

该数据集适用于需要在项目层面了解或检索“尼加拉瓜慢性肾脏病遗传易感性”相关生物数据资源的场景。研究人员、数据管理人员或临床相关工作者可以利用该 BioProject 记录作为入口,查找由该研究计划生成的不同类型数据及其链接。由于 BioProject 记录提供统一位置以定位多种数据类型,该数据集可用于跨数据类型的数据发现、项目级别的数据溯源以及研究计划层面的资源导航。在疾病分类上,其归属于泌尿生殖系统疾病 / 其他,因此也可用于该分类下的项目检索与汇总。关于该数据集是否适用于特定分析流程、是否可直接用于统计建模或临床决策,源站未提供。

【使用方法】

使用该数据集时,应将其视为一个项目级入口记录,而非直接的分析数据集。用户可通过来源站 ncbi.nlm.nih.gov 访问 BioProject ID 1174283 的记录页面,在该页面中查找为该计划生成的各种数据类型所对应的链接。根据 BioProject 的定义,此类记录的作用正是为用户提供一个统一位置,以发现与单一研究计划相关的多样数据。因此,典型的使用方式包括:通过记录页面跳转至关联的数据资源,或利用项目标识 PRJNA1174283 在相关数据库中进行交叉检索。关于具体的数据下载方式、文件格式、访问权限或分析工具,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集作为 BioProject 记录,其质量与限制取决于源站 NCBI BioProject 体系的管理与维护。BioProject 记录本身是项目级元数据集合,不直接代表底层数据的完整性、准确性或可分析性。该记录所关联的具体数据质量、样本质量、测序质量或临床信息质量,源站未提供。此外,该记录的分类为泌尿生殖系统疾病 / 其他,这一分类较为宽泛,可能不反映该研究在疾病亚型或具体表型上的精细划分。用户在使用时应注意,BioProject 记录的主要功能是提供数据链接与项目概览,而非替代对底层数据的独立质量评估。关于该项目的样本量、统计功效、混杂控制或重复性信息,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,记录标识为 BioProject ID 1174283,英文名称为 PRJNA1174283: Genetic Susceptibility to Chronic Kidney Disease in Nicaragua。在引用时,应至少标明该 BioProject 标识及其来源站点。关于该数据集的具体许可条款、使用限制、数据共享协议或商业使用规定,源站未提供。用户在实际使用该记录及其关联数据时,应查阅源站页面以获取最新的许可与引用要求。关于该项目的伦理审批、知情同意或数据去标识化信息,源站未提供。

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1174283

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

中美洲肾病(MeN)是一种在中美洲太平洋沿岸发现的进行性肾脏疾病,主要影响缺乏典型肾病风险因素的年轻男性体力劳动者。本数据集源自一项极端表型病例对照全基因组关联研究(GWAS),旨在识别导致MeN的遗传因素,同时限制环境暴露的影响。我们比较了易感个体中患有MeN的患者与具有高环境暴露负担但肾功能正常的个体。对于对照组,我们优先考虑低血清肌酐、较高年龄和长期从事涉及热暴露的体力劳动;对于病例组,我们优先考虑高血清肌酐、较低年龄和短期从事涉及热暴露的体力劳动。研究…(更多内容请参见dbGaP研究页面。)

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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