睾酮与雌二醇暴露的良性前列腺增生大鼠前列腺综合RNA-seq分析

该数据集来自 NCBI GEO(GSE217800),针对暴露于睾酮和雌二醇的良性前列腺增生(BPH)大鼠模型,对其前列腺组织进行综合 RNA-seq 分析

geo
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基因组分类GPL2594710116
GSE217800: Comprehensive RNA-seq analysis in the prostate of benign prostatic hyperplasia (BPH) rats exposed to testosterone and Estradiol

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-23

资源简介

睾酮与雌二醇暴露的良性前列腺增生大鼠前列腺综合RNA-seq分析

GSE217800 是一个来自 NCBI GEO 的基因表达数据集,围绕暴露于睾酮和雌二醇的良性前列腺增生(BPH)大鼠模型,对其前列腺组织开展综合 RNA-seq 分析。该数据集以高通量测序表达谱为特色,主题标签包含 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL25947 与 10116,整体归属于泌尿生殖系统疾病 / 其他类别。数据集由 Xiaohu,Tang 提交,发布时间为 Nov 11 202,共包含 1 个文件,样例文件为 GSE217800_series_matrix.txt.gz。其核心用途在于呈现过量睾酮与雌二醇对 rat prostate 基因表达的影响,为相关研究提供可下载的表达谱数据资源。

【数据集背景】

良性前列腺增生是泌尿生殖系统中常见的疾病之一,其发生发展涉及激素环境与基因表达改变之间的复杂关系。该数据集聚焦于大鼠模型,通过在体暴露于睾酮和雌二醇,模拟与 BPH 相关的激素条件,并对前列腺组织进行综合 RNA-seq 分析。源站描述指出,该研究的关注点是过量睾酮和雌二醇对大鼠前列腺基因表达的影响。因此,该数据集属于以激素暴露为背景、以前列腺组织为对象的高通量表达谱研究资源,可为理解 BPH 相关分子变化提供数据基础。

【数据内容】

数据集的主题标签表明其数据类型为高通量测序表达谱(Expression profiling by high throughput sequencing),涉及平台 GPL25947 与物种标识 10116。数据集文件数量为 1,文件样例为 GSE217800_series_matrix.txt.gz,说明数据以系列矩阵文件的形式组织,通常用于汇总样本层面的表达信息。源站标题强调“Comprehensive RNA-seq analysis”,即对前列腺组织进行综合转录组测序分析。关于矩阵中具体包含的样本数量、分组方式、基因数量或表达值范围等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI GEO 数据库中的系列记录,编号为 GSE217800。作者为 Xiaohu,Tang,发布时间为 Nov 11 202。数据采集对象为暴露于睾酮和雌二醇的良性前列腺增生大鼠的前列腺组织,研究通过 RNA-seq 获取基因表达信息。关于动物品系、给药剂量、暴露时长、样本采集流程与测序平台的具体实验条件,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与良性前列腺增生相关的转录组研究场景,例如比较激素暴露条件下大鼠前列腺组织的基因表达谱特征、筛选差异表达基因、开展通路层面的探索性分析,以及作为 BPH 动物模型 RNA-seq 研究的参考数据。由于主题标签明确指向高通量测序表达谱,其典型用途还包括表达谱数据的整合与再分析。需要说明的是,具体分析目标与结论应由使用者结合自身研究设计确定,源站未提供针对特定应用的验证结论。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE217800_series_matrix.txt.gz,该文件为 GZIP 压缩包格式,需按相应格式解压与读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入分析流程。由于数据集仅包含 1 个文件,读取时应重点关注系列矩阵中的样本信息与表达数据组织方式。关于是否需要额外注释文件、平台信息如何关联等细节,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 GEO 系列记录,文件数量为 1,数据规模相对集中。其研究范围限定于大鼠前列腺组织在睾酮和雌二醇暴露条件下的 RNA-seq 表达谱,结论外推到其他物种、其他组织或其他激素条件时需谨慎。关于样本量、重复数、测序深度、数据质控指标与批次信息等质量相关细节,源站未提供。使用者应结合源站记录进一步核实实验设计与数据完整性。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Xiaohu,Tang,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,系列编号为 GSE217800。关于引用方式、许可条款与使用限制,源站未提供。使用者在下载与使用数据前,应自行查阅源站记录中的引用说明与相关条款。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE217800

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Effects of excessive testosterone and estradiol on gene expression of rat prostate

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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