phs001997:Kids First 非洲与亚洲口面裂三人组基因组学

该数据集为 dbGaP 研究,收录非洲与亚洲人群的口面裂家系三人组(父母与子代)基因组数据,属于 Kids First 项目

dbgap
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基因组分类Cohort, Parent-Offspring Trios
phs001997: Kids First: Genomics of African and Asian Orofacial Clefts Triads

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

phs001997:Kids First 非洲与亚洲口面裂三人组基因组学

phs001997: Kids First: Genomics of African and Asian Orofacial Clefts Triads 是一个聚焦口颌系统疾病中唇裂和腭裂方向的基因组学研究数据集,来源于 NCBI 的 dbGaP 数据库。该数据集以队列研究的形式,专门收录非洲与亚洲人群的口面裂家系三人组,即父母与子代共同组成的亲子三人组样本,属于 Kids First 项目的一部分。其核心价值在于通过家系三人组的基因组数据,为研究口面裂在特定人群中的遗传基础提供数据支撑。数据集在分类上归属于口颌系统疾病下的唇裂和腭裂类别,主题标签涵盖队列研究与亲子三人组设计,整体定位清晰,面向遗传学、口腔医学及相关领域的科研使用。

【数据集背景】

唇裂和腭裂是常见的先天性口颌系统畸形,其发生涉及复杂的遗传与环境因素。针对不同人群开展家系研究,有助于揭示疾病在特定遗传背景下的传递规律。该数据集依托 Kids First 项目,聚焦非洲与亚洲人群的口面裂问题,采用亲子三人组的队列设计,旨在为探索这些人群中口面裂的遗传机制提供基础数据资源。数据集以 dbGaP 研究的形式发布,属于 NCBI 所维护的基因型与表型数据库体系。

【数据内容】

该数据集收录的是非洲与亚洲人群口面裂家系三人组的基因组数据。所谓三人组,即由父母与子代共同构成的家庭单位,这种结构使得研究者能够同时获得子代与双亲的遗传信息,便于开展传递不平衡分析、连锁分析及家系关联研究等。数据集的主题标签明确指向队列研究与亲子三人组,说明其组织方式以家庭为单位、以队列为框架。关于具体的样本数量、基因组覆盖范围、测序平台或变异类型等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,具体以 dbGaP 研究的形式存在。dbGaP 是美国国家生物技术信息中心维护的基因型与表型数据库,专门收录与人类遗传变异和表型相关的数据。数据集归属于 Kids First 项目,该项目关注儿童疾病与发育相关问题的基因组学研究。关于样本采集地点、采集时间、招募方式及伦理审批等具体信息,源站未提供。

【适用场景】

基于其家系三人组的设计和特定人群的定位,该数据集适用于口面裂遗传学研究,包括但不限于:在非洲与亚洲人群中寻找与唇裂和腭裂相关的遗传变异;利用亲子三人组结构进行家系关联分析与遗传传递模式研究;作为 Kids First 项目相关研究的组成部分,支持儿童口颌系统疾病的基因组学探索。此外,也可用于方法学研究中作为家系数据的示例资源。关于具体的分析流程或推荐工具,源站未提供。

【使用方法】

该数据集通过 dbGaP 平台发布,通常需要遵循 dbGaP 的数据访问流程进行申请与获取。研究者可根据研究目的,利用三人组结构开展以家庭为基础的遗传分析。关于数据的具体下载格式、文件组织方式、配套分析工具或处理步骤,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 dbGaP 研究,属于队列与亲子三人组设计,其数据质量与适用范围受源站管理规范约束。由于聚焦非洲与亚洲人群,其结果向其他人群的外推需谨慎。关于样本量、数据完整性、缺失率、批次效应或验证情况等质量指标,源站未提供。使用时应结合具体研究问题评估其适用性。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI 的 dbGaP 平台,使用时应遵循 dbGaP 的数据使用与引用规范。关于具体的引用格式、许可条款、数据使用协议或致谢要求,源站未提供。建议使用者直接查阅 dbGaP 上该研究的相关页面以获取准确的引用与许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs001997

标准获取流程:

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

dbGaP study (Cohort, Parent-Offspring Trios).

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