ABC转运蛋白与蛋白酶体复合物参与多种药物致史蒂文斯-约翰逊综合征和中毒性表皮坏死松解症的易感性

该数据集来自figshare,配套2015年发表于PLOS ONE的研究,聚焦史蒂文斯-约翰逊综合征(SJS)与中毒性表皮坏死松解症(TEN)这类罕见严重药物不良反应

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2023-06-01 更新
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基因组预测Toxic Epidermal Necrolysisrisk variantsgene expression datasetsnpProteasome pathwayshlatenadrpharmacogenetic GWAS dataldsjsabc
ABC Transporters and the Proteasome Complex Are Implicated in Susceptibility to Stevens–Johnson Syndrome and Toxic Epidermal Necrolysis across Multiple Drugs

基本信息

模态
基因组
大小
0.009900957 GB
任务类型
预测
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2023-06-01
版本
v1

资源简介

ABC转运蛋白与蛋白酶体复合物参与多种药物致史蒂文斯-约翰逊综合征和中毒性表皮坏死松解症的易感性

ABC Transporters and the Proteasome Complex Are Implicated in Susceptibility to Stevens–Johnson Syndrome and Toxic Epidermal Necrolysis across Multiple Drugs

该数据集来自figshare,配套2015年发表于PLOS ONE的研究,聚焦史蒂文斯-约翰逊综合征(SJS)与中毒性表皮坏死松解症(TEN)这类罕见严重药物不良反应。数据包含8个文件,涉及基因表达数据集、SNP、风险变异及药物遗传学GWAS数据,主题覆盖HLA、ABC转运蛋白、蛋白酶体通路等。研究提出Pointer算法,以基因集富集方法评估多个低风险变异在通路上的聚合效应,可用于探索多种药物共有的遗传易感性(来源 figshare,CC BY 4.0 许可)。

【数据集背景】

配套论文《ABC Transporters and the Proteasome Complex Are Implicated in Susceptibility to Stevens–Johnson Syndrome and Toxic Epidermal Necrolysis across Multiple Drugs》发表于 PLOS ONE(2015),DOI:10.1371/journal.pone.0131038。源站首次发布:2015-06-25。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):史蒂文斯-约翰逊综合征(SJS)和中毒性表皮坏死松解症(TEN)是罕见但严重的药物不良反应(ADR)。两者均以特征性水疱性皮损和显著死亡率为特征。虽然有证据表明与HLA等位基因相关的强药物特异性遗传易感性,但近期针对欧洲和亚洲人群的全基因组关联研究(GWAS)未能识别出跨多种药物共有的遗传易感等位基因。我们假设这是个体遗传风险因素效应量低至中等的结果。为检验这一假设,我们开发了Pointer,一种新算法,利用基因集富集方法评估多个低风险变异在通路上的聚合效应。我们方法的一个关键优势是能够通过物理邻近性以及通过

【数据结构与技术规格】

文件数 8 个,合计 9.90 MB。数据集 DOI:10.1371/journal.pone.0131038。

【主题与分类】

源站学科分类:Uncategorised。主题标签:Toxic Epidermal Necrolysis、risk variants、gene expression dataset、snp、Proteasome pathways、hla、ten、adr、pharmacogenetic GWAS data、ld。本站分类:皮肤与结缔组织疾病/史蒂文斯-约翰逊综合征。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Uncategorised。

【获取与许可】

源站页面:https://plos.figshare.com/articles/dataset/_ABC_Transporters_and_the_Proteasome_Complex_Are_Implicated_in_Susceptibility_to_Stevens_8211_Johnson_Syndrome_and_Toxic_Epidermal_Necrolysis_across_Multiple_Drugs_/1464727

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:Nicoletti, Paola; Bansal, Mukesh; Lefebvre, Celine; Guarnieri, Paolo; Shen, Yufeng; Pe’er, Itsik; et al. (2016). ABC Transporters and the Proteasome Complex Are Implicated in Susceptibility to Stevens–Johnson Syndrome and Toxic Epidermal Necrolysis across Multiple Drugs. PLOS ONE. Dataset

【使用注意】

· 源站最后修改于 2023-06-01,引用时请注意版本时效。

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文件清单

  • S1_Fig.tif(6.64 MB)
  • S2_Fig.tif(3.15 MB)
  • S1_File.docx(22.68 KB)
  • S2_File.docx(16.70 KB)
  • S3_File.docx(13.54 KB)
  • S1_Table.docx(18.68 KB)
  • S2_Table.docx(15.27 KB)
  • S3_Table.xlsx(22.01 KB)

文件总体积 9.90 MB(源站 API 实测)。

数据说明

Stevens–Johnson综合征(SJS)和中毒性表皮坏死松解症(TEN)是罕见但严重的药物不良反应(ADRs)。两者均以特征性水疱性皮损和显著死亡率为特征。尽管有证据表明与HLA等位基因相关的强药物特异性遗传易感性,但近期针对欧洲和亚洲人群的全基因组关联研究(GWAS)未能识别出跨多种药物共有的遗传易感等位基因。我们假设这是个体遗传风险因素效应量低至中等的结果。为验证这一假设,我们开发了Pointer——一种新算法,它采用基因集富集方法评估多个低风险变异对某一通路的聚合效应。我们方法的一个关键优势在于,能够通过利用物理邻近性以及使用表达数量性状位点(eQTLs)来将SNP与基因关联,后者捕获了顺式和反式调控效应的信息。

我们控制了基于富集分析的已知偏倚诱导因素,例如:1)基因长度,2)基因集大小,3)同一连锁不平衡(LD)区域内存在生物学相关基因,以及4)多个基因集共享的基因。我们将该方法应用于公开可用的SJS/TEN全基因组基因型数据,并识别出ABC转运蛋白和蛋白酶体通路可能与非药物特异性SJS/TEN的遗传易感性相关。我们证明,该方法中创新的SNP到基因映射阶段对于检测这些通路的显著富集至关重要。对独立基因表达数据集的分析为蛋白酶体通路参与SJS/TEN皮肤病变提供了支持性功能证据。这些结果表明,Pointer通过提高检测多个低风险变异聚合效应的效力,为药物遗传学GWAS数据的整合分析提供了一个有用的框架。该软件可在https://sourceforge.net/projects/pointergsa/下载。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0131038(source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/_ABC_Transporters_and_the_Proteasome_Complex_Are_Implicated_in_Susceptibility_to_Stevens_8211_Johnson_Syndrome_and_Toxic_Epidermal_Necrolysis_across_Multiple_Drugs_/1464727)。

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