ABC转运蛋白与蛋白酶体复合物参与多种药物致史蒂文斯-约翰逊综合征和中毒性表皮坏死松解症的易感性
该数据集来自figshare,配套2015年发表于PLOS ONE的研究,聚焦史蒂文斯-约翰逊综合征(SJS)与中毒性表皮坏死松解症(TEN)这类罕见严重药物不良反应

基本信息
资源简介
ABC转运蛋白与蛋白酶体复合物参与多种药物致史蒂文斯-约翰逊综合征和中毒性表皮坏死松解症的易感性
ABC Transporters and the Proteasome Complex Are Implicated in Susceptibility to Stevens–Johnson Syndrome and Toxic Epidermal Necrolysis across Multiple Drugs
该数据集来自figshare,配套2015年发表于PLOS ONE的研究,聚焦史蒂文斯-约翰逊综合征(SJS)与中毒性表皮坏死松解症(TEN)这类罕见严重药物不良反应。数据包含8个文件,涉及基因表达数据集、SNP、风险变异及药物遗传学GWAS数据,主题覆盖HLA、ABC转运蛋白、蛋白酶体通路等。研究提出Pointer算法,以基因集富集方法评估多个低风险变异在通路上的聚合效应,可用于探索多种药物共有的遗传易感性(来源 figshare,CC BY 4.0 许可)。
【数据集背景】
配套论文《ABC Transporters and the Proteasome Complex Are Implicated in Susceptibility to Stevens–Johnson Syndrome and Toxic Epidermal Necrolysis across Multiple Drugs》发表于 PLOS ONE(2015),DOI:10.1371/journal.pone.0131038。源站首次发布:2015-06-25。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):史蒂文斯-约翰逊综合征(SJS)和中毒性表皮坏死松解症(TEN)是罕见但严重的药物不良反应(ADR)。两者均以特征性水疱性皮损和显著死亡率为特征。虽然有证据表明与HLA等位基因相关的强药物特异性遗传易感性,但近期针对欧洲和亚洲人群的全基因组关联研究(GWAS)未能识别出跨多种药物共有的遗传易感等位基因。我们假设这是个体遗传风险因素效应量低至中等的结果。为检验这一假设,我们开发了Pointer,一种新算法,利用基因集富集方法评估多个低风险变异在通路上的聚合效应。我们方法的一个关键优势是能够通过物理邻近性以及通过
【数据结构与技术规格】
文件数 8 个,合计 9.90 MB。数据集 DOI:10.1371/journal.pone.0131038。
【主题与分类】
源站学科分类:Uncategorised。主题标签:Toxic Epidermal Necrolysis、risk variants、gene expression dataset、snp、Proteasome pathways、hla、ten、adr、pharmacogenetic GWAS data、ld。本站分类:皮肤与结缔组织疾病/史蒂文斯-约翰逊综合征。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Uncategorised。
【获取与许可】
源站页面:https://plos.figshare.com/articles/dataset/_ABC_Transporters_and_the_Proteasome_Complex_Are_Implicated_in_Susceptibility_to_Stevens_8211_Johnson_Syndrome_and_Toxic_Epidermal_Necrolysis_across_Multiple_Drugs_/1464727
使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。
规范引用:Nicoletti, Paola; Bansal, Mukesh; Lefebvre, Celine; Guarnieri, Paolo; Shen, Yufeng; Pe’er, Itsik; et al. (2016). ABC Transporters and the Proteasome Complex Are Implicated in Susceptibility to Stevens–Johnson Syndrome and Toxic Epidermal Necrolysis across Multiple Drugs. PLOS ONE. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-06-01,引用时请注意版本时效。
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数据集获取(Figshare)
- 源站标题:ABC Transporters and the Proteasome Complex Are Implicated in Susceptibility to Stevens–Johnson Syndrome and Toxic Epidermal Necrolysis across Multiple Drugs
- DOI:10.1371/journal.pone.0131038
- 发布日期:2015-06-25
- 文件数:8 个
- 文件总体积:9.90 MB
- 源站页面:https://plos.figshare.com/articles/dataset/_ABC_Transporters_and_the_Proteasome_Complex_Are_Implicated_in_Susceptibility_to_Stevens_8211_Johnson_Syndrome_and_Toxic_Epidermal_Necrolysis_across_Multiple_Drugs_/1464727
命令行下载
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文件清单
S1_Fig.tif(6.64 MB)S2_Fig.tif(3.15 MB)S1_File.docx(22.68 KB)S2_File.docx(16.70 KB)S3_File.docx(13.54 KB)S1_Table.docx(18.68 KB)S2_Table.docx(15.27 KB)S3_Table.xlsx(22.01 KB)
文件总体积 9.90 MB(源站 API 实测)。
数据说明
Stevens–Johnson综合征(SJS)和中毒性表皮坏死松解症(TEN)是罕见但严重的药物不良反应(ADRs)。两者均以特征性水疱性皮损和显著死亡率为特征。尽管有证据表明与HLA等位基因相关的强药物特异性遗传易感性,但近期针对欧洲和亚洲人群的全基因组关联研究(GWAS)未能识别出跨多种药物共有的遗传易感等位基因。我们假设这是个体遗传风险因素效应量低至中等的结果。为验证这一假设,我们开发了Pointer——一种新算法,它采用基因集富集方法评估多个低风险变异对某一通路的聚合效应。我们方法的一个关键优势在于,能够通过利用物理邻近性以及使用表达数量性状位点(eQTLs)来将SNP与基因关联,后者捕获了顺式和反式调控效应的信息。
我们控制了基于富集分析的已知偏倚诱导因素,例如:1)基因长度,2)基因集大小,3)同一连锁不平衡(LD)区域内存在生物学相关基因,以及4)多个基因集共享的基因。我们将该方法应用于公开可用的SJS/TEN全基因组基因型数据,并识别出ABC转运蛋白和蛋白酶体通路可能与非药物特异性SJS/TEN的遗传易感性相关。我们证明,该方法中创新的SNP到基因映射阶段对于检测这些通路的显著富集至关重要。对独立基因表达数据集的分析为蛋白酶体通路参与SJS/TEN皮肤病变提供了支持性功能证据。这些结果表明,Pointer通过提高检测多个低风险变异聚合效应的效力,为药物遗传学GWAS数据的整合分析提供了一个有用的框架。该软件可在https://sourceforge.net/projects/pointergsa/下载。
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0131038(source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/_ABC_Transporters_and_the_Proteasome_Complex_Are_Implicated_in_Susceptibility_to_Stevens_8211_Johnson_Syndrome_and_Toxic_Epidermal_Necrolysis_across_Multiple_Drugs_/1464727)。
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