基本信息

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基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

银屑病样炎症小鼠模型脾组织转录组分析

PRJNA1462200 是 NCBI BioProject 数据库收录的一项转录组学研究项目，全称为“Transcriptomic profiling of spleen tissue in a mouse model of psoriasiform inflammation”，即银屑病样炎症小鼠模型的脾组织转录组分析。该项目围绕银屑病样炎症这一病理状态，对小鼠脾组织进行基因表达层面的检测，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”。BioProject 作为生物数据的集合性记录，将同一研究计划下产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中查找与访问。该数据集在分类上归属于皮肤疾病 / 其他，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，可为研究银屑病相关免疫机制的人员提供转录组层面的数据资源。

【数据集背景】

银屑病是一种常见的慢性炎症性皮肤疾病，其发病机制涉及免疫系统异常激活以及多种免疫细胞与细胞因子之间的相互作用。为了在可控的实验条件下研究这一疾病，研究人员常采用银屑病样炎症小鼠模型来模拟人类银屑病的关键病理特征。脾脏作为重要的外周免疫器官，在免疫应答和炎症调控中发挥关键作用，因此对模型小鼠脾组织进行转录组分析，有助于从基因表达层面观察炎症状态下免疫相关基因的变化。该 BioProject 正是围绕这一研究思路建立的，旨在汇集银屑病样炎症小鼠模型脾组织的转录组数据。关于该项目的具体研究机构、资助来源及实验设计细节，源站未提供。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其核心内容属于转录组或基因表达类数据。项目名称为“Transcriptomic profiling of spleen tissue in a mouse model of psoriasiform inflammation”，说明数据来源于银屑病样炎症小鼠模型的脾组织，检测对象为脾组织中的转录本表达情况。BioProject 记录本身并不直接展示全部原始数据，而是作为入口，提供指向该项目所产生的多种数据类型和相关资源的链接。关于样本数量、测序平台、测序策略、数据文件格式及数据总量等具体信息，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，收录于 NCBI 的 BioProject 数据库，项目编号为 PRJNA1462200。根据源站描述，BioProject 是由单一机构或联盟发起的、与某一研究计划相关的生物数据的集合，其记录为用户提供查找该项目所产生各类数据的统一入口。该项目的生物样本为银屑病样炎症小鼠模型的脾组织，属于转录组或基因表达研究范畴。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息以及建库和测序的具体流程，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与银屑病及皮肤炎症相关的转录组研究场景。研究人员可利用该项目的基因表达数据，探索银屑病样炎症小鼠模型中脾组织的基因表达特征，分析免疫相关通路的改变，或将其作为自身研究的对照与参考。此外，该数据集也可用于转录组数据分析方法的教学与练习，以及跨数据集整合分析中的免疫相关表达谱比较。由于该项目聚焦于脾组织这一免疫器官，对于研究炎症状态下外周免疫器官的基因调控机制具有一定参考价值。关于该数据集是否适用于其他特定疾病或组织类型的研究，源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库，以项目编号 PRJNA1462200 或项目名称进行检索，访问该项目的记录页面。BioProject 记录提供指向该项目所产生各类数据的链接，用户可据此进一步获取转录组或基因表达相关的数据资源。具体的数据下载方式、分析流程及所需工具，取决于该项目关联的数据类型和存储位置。关于数据的具体访问权限、下载格式及分析建议，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集由 NCBI BioProject 收录，遵循 BioProject 数据库的记录规范，提供项目层面的统一入口。其主题标签明确为“Transcriptome or Gene expression”，数据内容与银屑病样炎症小鼠模型脾组织的转录组分析相关。然而，BioProject 记录本身主要起索引和链接作用，不直接呈现完整的实验细节与数据质量评估信息。关于样本质量、测序深度、数据完整性及潜在偏差等具体质量指标，源站未提供。用户在使用时应结合原始数据及相关文献自行评估。

【引用与许可】

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE329912

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数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1462200

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究旨在表征由不同实验方法诱导的银屑病样小鼠模型脾脏中的转录组变化。银屑病是一种慢性炎症性疾病，与皮肤以外的全身免疫失调相关。在本研究中，使用雌性BALB/c小鼠，通过背部皮肤（PSO-D）或耳部（PSO-E）局部涂抹咪喹莫特（IMQ），以及IL-23诱导的耳部炎症，建立银屑病样炎症模型。对照小鼠（Con）接受溶媒处理。收集脾脏组织进行RNA测序（RNA-seq），以研究全身免疫反应。从脾脏组织中提取总RNA并进行高通量测序。将干净读段比对到小鼠参考基因组（GRCm39），并定量基因表达水平。进行了差异表达分析和功能富集分析（包括基因本体论和KEGG通路）。该数据集为理解不同银屑病样模型中的全身免疫改变提供了全面资源，并可能有助于阐明免疫失调的潜在机制。

总体设计：对雌性BALB/c小鼠脾脏组织进行RNA-seq分析：未处理对照组、IMQ诱导的背部银屑病、IMQ诱导的耳部银屑病以及IL-23诱导的耳部炎症模型，每种条件下3–4个生物学重复。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别