基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA84783：培养角质形成细胞与人表皮SAGE表达谱

PRJNA84783 是一个来自 NCBI 的转录组或基因表达数据集，全称为 SAGE profiles from cultured keratinocytes and human epidermis。该数据集收录了培养的分化角质形成细胞以及人表皮组织的 SAGE 文库，样本涵盖正常表皮与受日光性角化病影响的表皮。日光性角化病是一种与长期日光暴露相关的皮肤病变，本站将其归入皮肤与结缔组织疾病分类。数据集以基因表达谱为核心内容，通过 SAGE 技术对上述样本的转录本进行 profiling，可用于比较培养细胞与组织之间、正常与病变状态之间的基因表达差异。源站描述中给出的关键词包括 Keratinocyte、Epidermis、Homo sapiens、Actinic Keratosis 和 TNF alpha，提示该数据集关注角质形成细胞生物学、表皮组织以及日光性角化病相关表达特征。

【数据集背景】

日光性角化病是皮肤与结缔组织疾病领域关注的一种病变，其发生与表皮角质形成细胞的异常分化与增殖相关。为在转录水平上理解角质形成细胞的分化过程以及日光性角化病状态下的基因表达变化，研究者构建了来源于培养的分化角质形成细胞和人表皮组织的 SAGE 文库。该数据集正是围绕这一研究背景产生的表达谱资源，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，属于基因表达类数据。

【数据内容】

数据集的核心内容是 SAGE 文库及其对应的基因表达谱。样本来源包括两类：一是体外培养并诱导分化的角质形成细胞，二是人表皮组织；后者又分为正常表皮和受日光性角化病影响的表皮。SAGE 技术通过对转录本 3' 端短序列标签进行测序计数来反映基因表达丰度，因此该数据集提供的是标签层面的表达信息，可用于基因表达水平的比较分析。源站描述中的关键词还提及 TNF alpha，表明该数据集与这一因子存在关联。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，英文名称为 PRJNA84783: SAGE profiles from cultured keratinocytes and human epidermis。样本涉及人（Homo sapiens）来源的培养角质形成细胞与表皮组织。除上述来源与样本类型信息外，源站未提供具体的采集时间、地点、供者数量及临床信息。

【适用场景】

该数据集适用于角质形成细胞分化与表皮生物学相关的基因表达研究，也适用于正常表皮与日光性角化病表皮之间的表达谱比较。由于同时包含培养细胞与组织样本，还可用于考察体外培养体系与体内组织在表达特征上的异同。主题标签表明其用途属于转录组或基因表达分析范畴。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法说明。通常此类 SAGE 表达谱数据可用于标签计数汇总、表达丰度比较以及差异表达分析，但针对该数据集的具体处理流程与推荐工具，源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量、测序深度、重复样本数量或批次信息的说明。SAGE 技术本身基于短标签计数，其表达定量特性属于领域常识，但该数据集的具体质量指标源站未提供。使用时应结合源站原始记录核实样本构成与数据完整性。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可条款信息。使用该数据集时应遵循 NCBI 来源站的相关政策，具体引用要求与许可条件源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE31

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA84783

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

SAGE libraries from cultured, differentiated keratinocytes and human epidermis, both normal and affected by actinic keratosis Keywords = Keratinocyte, Epidermis, Homo sapiens, Actinic Keratosis, TNF alpha

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别