美国真菌基因组资源
FungiDB汇集真菌基因组、转录组和功能注释，可检索Coccidioides物种数据用于球孢子菌病病原学研究。 数据包含真实病例或专家标注信息，适用于围绕相关疾病开展模型训练、表型抽取、影像识别、分割、预后评估或临床自然语言处理等研究。
基本信息
资源简介
美国真菌基因组资源
【一句话概览】
FungiDB 现已推出 Release 71 beta 版，这是一次重大更新，包含基础设施变更，可提升性能、可持续性与成本效率（详见发布说明）。如遇难以查找或运行异常的情况，可联系团队反馈。上一版本仍可在旧版站点访问。该资源涉及真菌、基因组学、基因组浏览器、转录组学、蛋白质组学、表型数据、代谢通路、遗传变异、单细胞 RNA 测序及 VEuPathDB 等标签（来源 fungidb.org）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《FungiDB》。
【数据内容】
源站原始描述：FungiDB is now on Release 71 beta, a major update with infrastructure changes that improve performance, sustainability, and cost-efficiency (see release notes). Please contact us if anything is hard to find or is not working as expected. The previous release remains available on a legacy site
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：FungiDB现已发布Release 71 beta版，这是一个重大更新，包含基础设施的改动，旨在提升性能、可持续性和成本效益（详见发布说明）。如遇查找困难或功能未达预期，请与我们联系。上一版本仍可在旧版网站上获取。
【主题与分类】
主题标签：Fungi、Genomics、Genome Browser、Transcriptomics、Proteomics、Phenotypic Data、Metabolic Pathways、Genetic Variation、Single Cell RNA Seq、VEuPathDB。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://fungidb.org/fungidb/app
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
暂未开放有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://fungidb.org/fungidb/app
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
FungiDB汇集真菌基因组、转录组和功能注释，可检索Coccidioides物种数据用于球孢子菌病病原学研究。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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