PRJNA328153：食蟹猴结核感染早期全血转录特征与肺部炎症严重程度相关

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA328153

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数据说明

该纵向数据集旨在评估食蟹猴低剂量结核分枝杆菌感染后全血基因表达的变化。除mRNA转录本丰度的变化外，还通过全血细胞计数（CBC）和流式细胞术评估了循环免疫细胞群体的变化。感染后6个月内，通过临床诊断（活动性与潜伏性）和18F-氟脱氧葡萄糖（FDG亲和力）确定疾病严重程度。转录活性变化最大出现在感染后20-56天，此时观察到免疫相关转录本的最大活性。根据临床诊断对猕猴进行分层后，患有活动性疾病的猕猴表现出与活动性结核病患者相似的表达特征。然而，活动性结核与潜伏感染猕猴之间仅观察到轻微的转录差异。作为一种替代分层方法，通过肺部FDG亲和力测量的肺部炎症严重程度将猕猴分为高FDG组和低FDG组。

感染后早期时间点，血液转录本活性与肺部炎症高度相关。按肺部FDG高摄取和低摄取分层的动物之间的差异表达特征，比按临床结局定义的组别所观察到的特征更强。此外，对感染前特征进行的基因水平分析表明，干扰素和炎症特征可能区分最终的临床结局以及感染前的肺部FDG亲和力。总之，本研究表明，猕猴模型中的转录变化重现了在人类Mtb感染中观察到的变化，同时为与疾病严重程度和结局相关的早期及感染前事件提供了新的见解。总体设计：本研究共评估了38只食蟹猴对低剂量Mtb感染（Erdman约25CFU）的应答。用于评估的采血

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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