结核分枝杆菌感染肺巨噬细胞的双重RNA-seq分析揭示细胞谱系特异性宿主-病原体动态

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE132354

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

背景：解析体内宿主-病原体相互作用对于理解控制感染或感染进展的分子机制至关重要。尽管双RNA测序（Dual RNA-seq）在分析胞内感染方面较传统方法具有显著优势，但迄今为止，技术挑战主要限制了该技术应用于组织培养感染模型。我们通过开发新方案解决了这一问题，首次实现了对直接从鼠肺中分离的结核分枝杆菌感染且个体发生上不同的巨噬细胞进行双RNA测序。结果：通过分析在肺泡巨噬细胞和间质巨噬细胞感染期间特异性诱导的结核分枝杆菌转录本，我们首先鉴定了一个体内特征标签，即结核分枝杆菌在小鼠肺巨噬细胞中独特上调的180个基因集合。

此外，对Mtb和两种巨噬细胞谱系转录本的比较分析揭示，肺泡巨噬细胞表现出M2样极化特征，并通过增加铁和脂肪酸的可及性促进细菌生长，而间质巨噬细胞则表现出促炎特征，并通过铁螯合和更高水平的一氧化氮限制细菌生长。结论：我们的研究报告了一种新的细菌转录本富集方案，使我们能够在受感染细胞水平上进行双RNA测序，全面揭示了Mtb在两种主要髓系细胞中存活所表现出的不同转录特征。该数据通过对宿主和病原体转录组的无偏 interrogations，再次强调了营养免疫对体内感染控制的重要性。我们的方法提供了一种在体内环境中于宿主细胞水平探测细菌生理学的新工具，因此对理解胞内病原体感染具有广泛影响。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。