WT与Polg D257A/D257A小鼠气管滴注铜绿假单胞菌6小时后肺部转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1250471

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

线粒体疾病（MtD）因临床表现异质性强、症状常严重且呈进行性发展以及缺乏有效疗法，构成了重大的公共卫生挑战。环境暴露，如细菌和病毒感染，可进一步损害线粒体功能并加剧MtD的进展。MtD患者的感染更易进展为脓毒症、肺炎及其他有害的炎症终点。然而，导致MtD中免疫病理增强的潜在免疫改变仍不清楚，这构成了一个关键的知识空白，使该脆弱人群的治疗复杂化并增加了死亡率。本数据集报告了在气管内滴注铜绿假单胞菌PAO1菌株六小时后，野生型小鼠和聚合酶γ（Polg）相关MtD小鼠模型（Polg D257A/D257A）肺部的转录组学变化。这些数据揭示了Polg D257A肺部存在过度炎症的先天免疫状态，其特征是干扰素和炎症性细胞死亡通路相关基因表达升高。

本研究为线粒体功能障碍模型中的先天免疫失调提供了新的见解，并揭示了在Polg相关MtD中限制感染和炎症相关并发症的潜在靶点。总体设计：在C57BL/6J背景上的WT和Polg D257A/D257A小鼠（每种基因型4只雌性，12月龄）在麻醉下经气管内滴注1x10^5个GFP标记的铜绿假单胞菌菌株PAO1进行攻击。滴注后6小时，处死小鼠，分离肺组织并在液氮中速冻。将冷冻的肺组织在液氮中粉碎成粉末，然后使用Direct-Zol RNA miniprep试剂盒（Zymo Research）提取总RNA。链特异性文库由The Jackson Laboratory的Genome Technologies Scientific Service使用KAPA mRNA HyperPrep试剂盒（Roche Sequencing and Life Science）按照制造商的操作规程构建。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。