PRJNA1143381：TNFSF14驱动流感后肺泡巨噬细胞耗竭致继发性肺炎链球菌肺炎
该数据集来自NCBI，聚焦流感A病毒感染后肺泡巨噬细胞耗竭及继发性肺炎链球菌肺炎的分子机制。研究结合单细胞转录组与细胞特异性PCR，在体内感染模型中揭示TNFSF14配体-受体轴驱动流感后组织驻留肺泡巨噬细胞死亡，从而促进继发细菌感染
基本信息
资源简介
PRJNA1143381：TNFSF14驱动流感后肺泡巨噬细胞耗竭致继发性肺炎链球菌肺炎
PRJNA1143381 数据集来自 NCBI，聚焦流感 A 病毒感染后肺泡巨噬细胞耗竭及继发性肺炎链球菌肺炎的分子机制。继发性细菌感染，尤其是由肺炎链球菌引起的感染，是流感 A 病毒诱导肺炎后最常见且严重的并发症之一。该研究通过对流感病毒感染后肺部先天免疫格局的表型分析，发现组织驻留肺泡巨噬细胞群体在感染第 7 天出现显著耗竭，并与肺炎链球菌过度生长的易感性增加相关。为阐明这一耗竭的分子机制并确定潜在治疗靶点，研究以无偏方式结合单细胞转录组学与细胞特异性 PCR 谱分析，利用流感 A 病毒感染及流感 A 病毒/肺炎链球菌共感染的体内模型开展研究，最终揭示 TNF 超家族成员 14 配体-受体轴是流感后早期感染阶段组织驻留肺泡巨噬细胞死亡的驱动力，从而促成向肺炎链球菌肺炎的转变。该数据集属于呼吸系统疾病/肺炎分类，主题标签为转录组或基因表达。
【数据集背景】
流感 A 病毒诱导的肺炎常伴随继发性细菌感染，其中肺炎链球菌感染是最常见且严重的并发症之一。流感感染后肺部先天免疫状态的变化，特别是组织驻留肺泡巨噬细胞群体的动态，与继发细菌感染的易感性密切相关。该数据集所对应的研究旨在解析流感感染后组织驻留肺泡巨噬细胞耗竭的分子机制，并寻找可能的治疗靶点，从而理解流感后向肺炎链球菌肺炎转变的免疫学基础。
【数据内容】
该数据集的主题标签为转录组或基因表达，研究内容涉及单细胞转录组学与细胞特异性 PCR 谱分析。研究以无偏方式结合这两类数据，在流感 A 病毒感染模型以及流感 A 病毒/肺炎链球菌共感染模型中，对感染后肺部先天免疫格局进行表型分析，重点关注感染第 7 天组织驻留肺泡巨噬细胞群体的显著耗竭现象，并揭示 TNF 超家族成员 14 配体-受体轴在早期感染阶段驱动该细胞群体死亡中的作用。源站未提供样本数量、测序平台、数据文件类型与具体基因列表等细节。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，英文名称为“PRJNA1143381: TNF Superfamily Member 14 Drives Post-Influenza Depletion of Alveolar Macrophages Enabling Secondary Pneumococcal Pneumonia”。研究采用体内模型，包括流感 A 病毒感染模型和流感 A 病毒/肺炎链球菌共感染模型，对感染后肺部组织进行单细胞转录组与细胞特异性 PCR 分析。源站未提供具体的样本采集时间点（除第 7 天外）、动物模型细节、组织处理流程与测序平台信息。
【适用场景】
该数据集适用于呼吸系统疾病与肺炎相关研究，尤其是流感后继发性肺炎链球菌肺炎的免疫机制研究。其转录组与基因表达数据可用于探索流感感染后肺泡巨噬细胞耗竭的分子通路、TNF 超家族成员 14 配体-受体轴的表达特征，以及流感与细菌共感染背景下肺部先天免疫格局的变化。也可为潜在治疗靶点的识别与后续验证研究提供数据基础。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明，包括数据下载方式、分析流程、质量控制步骤与软件工具建议。使用者需依据 NCBI 平台的一般数据访问规范获取数据，并结合自身研究目的选择相应的转录组分析策略。
【质量与限制】
源站未提供该数据集的质量评估信息，包括测序深度、重复数、数据完整性或验证实验结果。该数据集基于体内感染模型，其结论向其他物种或临床场景的外推需谨慎。源站未提供其他限制说明。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。使用时应遵循 NCBI 平台的相关数据使用政策，并参考原研究发表信息进行规范引用。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1143381
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
继发性细菌感染，通常由肺炎链球菌（Spn）引起，是甲型流感病毒（IAV）诱导的肺炎最常见且最严重的并发症之一。对IAV感染后肺部固有免疫景观的表型分析显示，在第7天组织驻留肺泡巨噬细胞（TR-AM）群体显著耗竭，这与对Spn增殖的易感性增加相关。为阐明TR-AM耗竭的分子机制并确定潜在治疗靶点，我们采用无偏倚方式，结合单细胞转录组学和细胞特异性PCR谱分析，利用IAV感染及IAV/Spn共感染的体内模型进行研究。TNF超家族14（TNFSF14）配体-受体轴被揭示为感染早期阶段流感后TR-AM死亡的驱动力，促使向肺炎链球菌性肺炎的转变，而经遗传修饰的TR-AM的肺内转移及抗体介导的特定通路组分中和减轻了疾病严重程度。
TNFSF14主要以中性粒细胞表达为主，且在重症病毒诱导的ARDS患者的支气管肺泡灌洗液（BALF）中丰度较高，因此成为病毒驱动肺损伤的新型决定因素。因此，靶向病毒感染肺中TNFSF14介导的细胞间通讯网络，可改善宿主防御、降低继发性细菌性肺炎风险并改善疾病结局。总体设计：为鉴定IAV肺炎后TNFSF14配体的主要白细胞来源，将IAV感染小鼠感染后第3天（ext303）和第7天（ext294）匀浆的单细胞肺悬液中500，000个活白细胞（门控为Sytox- CD45+）通过流式分选分入含0.35μL 0.04% BSA/PBS-/-的FACS管中。经活力对照后，将10，000个细胞加载至Chromium Chip B（10X Genomics）上。进行乳液中的凝胶珠（GEM）生成、cDNA合成与扩增以及文库
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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