MGYS00006790：接受抗逆转录病毒治疗的HIV感染者气道微生物组中潜在致病菌的富集
背景：长期抗逆转录病毒治疗（ART）使HIV感染者（PLW-HIV）更健康、寿命更长；但与一般人群相比，他们仍面临更高的肺炎和慢性肺病风险
基本信息
资源简介
MGYS00006790：接受抗逆转录病毒治疗的HIV感染者气道微生物组中潜在致病菌的富集
MGYS00006790 数据集聚焦于接受抗逆转录病毒治疗的 HIV 感染者呼吸道微生物组特征，尤其是潜在致病菌的富集情况。该数据集来源于 ebi.ac.uk，在本站被归类于呼吸系统疾病 / 肺炎方向。其核心研究通过 16S-rRNA 基因测序和 qPCR 技术，比较了 HIV 感染者与 HIV 阴性参与者痰液样本中的微生物组成。尽管长期抗逆转录病毒治疗使 HIV 感染者更健康、寿命更长，但他们仍面临比一般人群更高的肺炎和慢性肺病风险。该数据集为探索 HIV 感染者肺部微生物失调与呼吸道疾病之间的关系提供了有价值的资源，有助于理解在有效抗病毒治疗背景下，呼吸道微生物组如何变化以及潜在致病菌的定植情况。
【数据集背景】
长期抗逆转录病毒治疗（ART）能够使 HIV 感染者（PLW-HIV）更健康、寿命更长，但与一般人群相比，他们仍然面临更高的肺炎和慢性肺病风险。已有研究表明，肺部微生物失调与呼吸系统疾病的发生有关。因此，了解 HIV 感染者在接受 ART 后呼吸道微生物组的组成和多样性，对于揭示其肺炎及慢性肺病易感性的微生物学机制具有重要意义。该数据集正是基于这一背景，针对 HIV 感染者呼吸道微生物组中潜在致病菌的富集现象展开研究。
【数据内容】
该数据集包含对痰液样本进行 16S-rRNA 基因测序和 qPCR 检测所获得的数据。研究对象包括 64 名 HIV 感染者（中位血 CD4 计数为 676 cells/μL）和 38 名 HIV 阴性参与者。研究分析了微生物的丰富度、α 多样性以及主要分类单元（相对丰度大于 1%）的相对丰度（RA）。结果显示，两组之间在丰富度、α 多样性以及主要分类单元的相对丰度上相似。在非加权 UniFrac β 多样性分析中，HIV 感染者的样本显示出更大的多样性，而 HIV 阴性样本则聚集在一起。此外，还观察到诸如 Bilophila 和肠杆菌科（Enterobacteriaceae）成员等肠道细菌分类单元的存在。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk。样本采集自 HIV 感染者和 HIV 阴性参与者的痰液。检测方法包括在 Miseq 平台上进行 16S-rRNA 基因测序，以及针对典型呼吸道病原体的 qPCR。研究共纳入 64 名 HIV 感染者和 38 名 HIV 阴性参与者。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息以及更详细的临床元数据，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于呼吸系统疾病特别是肺炎相关的研究，尤其是关注 HIV 感染者呼吸道微生物组特征、微生物失调与呼吸道疾病风险之间关系的场景。它可以用于比较 HIV 感染者和 HIV 阴性人群的呼吸道微生物多样性、群落结构以及潜在致病菌的定植差异。此外，也可用于微生物组分析方法（如 16S-rRNA 测序数据分析、β 多样性计算）的验证或作为类似研究的参考数据集。
【使用方法】
该数据集可通过来源站 ebi.ac.uk 获取。使用者可以根据研究目的，对 16S-rRNA 基因测序数据进行分析，例如计算丰富度、α 多样性和 β 多样性，比较不同组别之间的微生物组成差异，或针对特定分类单元（如 Bilophila 和肠杆菌科成员）进行相对丰度分析。qPCR 数据可用于典型呼吸道病原体的定量检测。关于具体的数据格式、下载方式、分析流程或配套工具，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集的研究结果显示，HIV 感染者和 HIV 阴性参与者在微生物丰富度、α 多样性和主要分类单元相对丰度上相似，但在非加权 UniFrac β 多样性上，HIV 感染者样本表现出更大的多样性。这一发现提示，尽管 ART 治疗使 HIV 感染者健康状况改善，但其呼吸道微生物组仍存在差异。然而，关于样本量是否足以代表更广泛人群、是否存在其他混杂因素、测序深度和 qPCR 检测的灵敏度等质量相关信息，源站未提供。此外，该数据集仅包含痰液样本，可能无法完全反映下呼吸道或肺部的微生物组成。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制或相关发表文献信息，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/metagenomics/studies/MGYS00006790
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
背景：长期抗逆转录病毒治疗（ART）使HIV感染者（PLW-HIV）更健康、寿命更长，但他们仍比一般人群面临更高的肺炎和慢性肺病风险。肺微生物失调已被证明与呼吸系统疾病有关。方法：对64名PLW-HIV（中位血CD4计数676个细胞/μL）和38名HIV阴性参与者的痰样本，在Miseq平台上进行16S-rRNA基因测序，并采用qPCR检测典型呼吸道病原体。发现：两组之间的丰富度和α多样性以及主要分类群（相对丰度>1%）的相对丰度（RA）相似。在未加权Unifrac β多样性中，PLW-HIV的样本显示出更大的多样性，而HIV阴性样本则聚集在一起。肠道细菌分类群如Bilophila和肠杆菌科成员以及致病性呼吸道分类群（葡萄球菌、假单胞菌和克雷伯菌）在PLW-HIV中显著更常见，而在HIV阴性组中几乎不存在。这些分类群的携带与HIV诊断到开始ART之间的时间长度相关（Spearman-rho=0·279，p=0·028）。
解读：尽管在接受有效抗逆转录病毒治疗的HIV感染者与HIV阴性参与者之间，核心气道微生物组无法区分，但HIV感染者的呼吸道微生物组中富集了潜在的呼吸道病原体和肠道细菌。观察到的HIV感染者中的差异可能是由于HIV感染改变了局部肺部微环境，使其更易于藏匿可能导致呼吸系统合并症的病原菌。对于HIV感染者尽早开始抗逆转录病毒治疗可能降低这一风险。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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