基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

高毒力阿莫西林敏感肺炎克雷伯菌CC66，法国，2016-2023

该数据集英文名为 Hypervirulent Amoxicillin-Susceptible Klebsiella Pneumoniae CC66, France, 2016-2023，聚焦于2016年至2023年间在法国一家大学医院收集的阿莫西林敏感肺炎克雷伯菌分离株。肺炎克雷伯菌通常因携带染色体 blaSHV β-内酰胺酶而被认为对氨苄西林具有内在耐药性，但阿莫西林敏感分离株偶有报道。该数据集对应的研究为一项回顾性观察性研究，通过全基因组测序、系统发育分析以及毒力与耐药性谱分析，并结合临床资料回顾，旨在刻画阿莫西林敏感性的基因组机制，评估其与特定谱系（尤其是高毒力克隆复合体66，CC66）的关联及临床特征。数据集在站内归类于呼吸系统疾病/肺炎，主题标签涉及脓毒症与感染，来源站为 clinicaltrials.gov。

【数据集背景】

肺炎克雷伯菌是临床重要的条件致病菌，其耐药性问题长期受到关注。由于染色体 blaSHV β-内酰胺酶的存在，该菌通常被视为对氨苄西林具有内在耐药性，因此阿莫西林敏感的分离株在临床上属于偶发报道的例外情形。理解这类例外背后的基因组基础，对于认识耐药机制的形成与演化具有重要意义。该数据集所对应的研究正是在这一背景下展开，针对2016年至2023年间法国一家大学医院收集的阿莫西林敏感肺炎克雷伯菌分离株进行系统分析，特别关注其与高毒力克隆复合体66（CC66）之间可能存在的关联，以及相应的临床特征。

【数据内容】

该数据集围绕阿莫西林敏感肺炎克雷伯菌分离株展开，所涉及的数据类型包括全基因组测序数据、系统发育分析结果、毒力与耐药性谱分析结果，以及经回顾的临床资料。研究通过上述多层面的数据刻画分离株的基因组特征，以揭示阿莫西林敏感性背后的基因组机制，并考察这些特征与特定谱系（尤其是 CC66）及临床表型之间的关系。关于数据的具体样本量、基因组数据规模、临床变量条目等细节，源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 clinicaltrials.gov 所登记的一项回顾性观察性研究。分离株收集时间为2016年至2023年，收集地点为法国的一家大学医院。研究采用回顾性观察设计，对收集到的阿莫西林敏感肺炎克雷伯菌分离株开展全基因组测序、系统发育分析、毒力与耐药性谱分析，并对临床数据进行回顾。关于具体的入组标准、样本筛选流程与伦理审批信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与肺炎克雷伯菌耐药机制和毒力演化相关的研究场景，例如探究阿莫西林敏感性的基因组决定因素、分析特定克隆复合体（如 CC66）的谱系特征与高毒力表型的关系、结合临床资料考察感染特征与预后关联等。由于主题标签涉及脓毒症与感染，也可用于感染性疾病相关背景下的病原体特征分析。站内分类为呼吸系统疾病/肺炎，提示其可用于肺炎相关研究语境。关于该数据集在其他具体应用场景中的验证情况，源站未提供。

【使用方法】

源站描述显示，该研究整合了全基因组测序、系统发育分析、毒力与耐药性谱分析以及临床数据回顾等多类分析手段。使用者在利用该数据集时，可参照这一多层面分析框架组织研究设计。关于数据的具体获取方式、文件格式、访问权限与使用协议，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为单家大学医院的回顾性观察性研究，收集时间跨度为2016年至2023年。关于样本量、数据完整性、测序深度、质量控制指标以及潜在偏倚等具体质量信息，源站未提供。使用者应注意回顾性设计与单中心来源可能带来的适用范围限制，但相关具体评估内容源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款，源站未提供。

原始链接

https://clinicaltrials.gov/study/NCT07598006

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT07598006

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

条件：脓毒症、感染。“肺炎克雷伯菌因携带染色体blaSHV β-内酰胺酶而被认为对氨苄西林固有耐药。然而，偶有对阿莫西林敏感的分离株报道。本回顾性观察研究分析了2016年至2023年间在法国一所大学医院收集的对阿莫西林敏感的肺炎克雷伯菌分离株。进行了全基因组测序、系统发育分析以及毒力和耐药谱分析，并回顾了临床数据。本研究旨在表征阿莫西林敏感性的基因组机制，并评估其与特定谱系（尤其是高毒力克隆复合群66（CC66））及临床特征的关联。”

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别