感染卡氏肺孢子虫大鼠的细胞外囊泡损害真菌活力但对巨噬细胞功能非必需

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Aeb1ce4bbf75aba74cc7838743786a96df4f311a284bf3d360e4c6c3c021c199a

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肺孢子菌属（Pneumocystis spp.）是宿主专性真菌病原体，可在哺乳动物中引起严重肺炎，并高度依赖宿主获取必需营养物质。由于缺乏可持续的体外培养体系，理解其代谢过程面临挑战，且其从宿主肺部获取必需营养物质的机制仍未被探索。透射电子显微镜图像显示，在肺内肺孢子菌属附近存在细胞外囊泡（EVs）。我们假设EVs在感染过程中向真菌运输必需营养物质。为研究这一点，我们对来自P. carinii和P. murina感染啮齿动物的EVs进行了生化和功能表征。这些EVs含有参与细胞、代谢和免疫过程的宿主蛋白，以及在其他真菌EV蛋白质组中发现同源物的蛋白质，表明肺孢子菌可能释放EVs。值得注意的是，P. carinii对EVs的摄取表明它们可能参与营养获取，并表明利用工程化…的可能性，EV纯化 大鼠（n = 12）和小鼠（n = 6）分别在感染9周和6周后被处死。

年龄匹配的未感染和免疫抑制啮齿动物被用作对照组（n = 12只大鼠，6只小鼠）。通过向细支气管和肺泡腔注入冷的0.22 μm过滤磷酸盐缓冲盐水（PBS；大鼠10 mL，小鼠1 mL×3）并轻柔收集来采集BALF。EV收集和纯化在3次独立实验中进行，每次分离均用作下述实验的技术重复。通过3400 × g离心15分钟去除细胞碎片。使用先前描述的方法纯化EV（Lobb等，2015）。简言之，使用100 kDa Amicon Ultra（Millipore，Darmstadt，Germany）过滤BALF。流通液作为EV耗竭样本收集。使用qEV10柱和自动馏分收集器对过滤后的BALF样本进行尺寸排阻色谱（SEC）

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。