脑脊液中延伸因子Tu与人类肺炎链球菌脑膜炎死亡率升高相关

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD021268

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数据说明

背景 在撒哈拉以南非洲HIV高流行的中低收入国家，主要由肺炎链球菌引起的细菌性脑膜炎死亡率超过50%。高死亡率的内在原因尚不清楚。我们研究了确诊为肺炎链球菌脑膜炎（PM）成人的宿主和病原体蛋白质组，检验脑脊液中差异表达的蛋白质是否与结局相关。材料/方法 采用定量质谱法分析脑脊液蛋白质组。使用Swissprot人类和TIGR4肺炎链球菌蛋白质文库鉴定谱图。对蛋白质进行定量并分析其与临床结局的关系。通过与已发表的正常脑脊液蛋白质组比较，鉴定PM中的独特蛋白质。使用随机森林模型检验可区分结局的蛋白质特征。对感兴趣的蛋白质测试其对肺炎链球菌生长和调理吞噬杀伤的影响。结果 可获得57例PM成人（中位年龄32岁，60%男性，70%合并HIV-1感染，死亡率63%）的脑脊液蛋白质组。共鉴定出360种人类蛋白质和23种肺炎链球菌蛋白质。

在检出的人类蛋白质中，30%未在正常脑脊液中表达，且这些蛋白质与炎症强烈相关，主要与中性粒细胞活性有关。没有任何人类蛋白质特征能预测结局。然而，在非存活者脑脊液中，肺炎链球菌必需蛋白延伸因子Tu（EF-Tu）的表达显著升高（错误发现率（q）<0.001）。EF-Tu的表达与中性粒细胞防御素的表达呈负相关（r 0.4 p p<0.002），但与补体蛋白C3或因子H无负相关。在体外，当用脑脊液进行调理时，加入EF-Tu蛋白会损害中性粒细胞对肺炎链球菌的杀灭作用。结论：脑脊液中肺炎链球菌EF-Tu蛋白水平过高与人类脑膜炎生存率降低相关。初步研究表明，EF-Tu可抑制脑脊液中中性粒细胞介导的肺炎链球菌杀灭作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。