噬菌体与美罗培南治疗CRKP肠道定植小鼠粪便菌群16S rRNA基因测序数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.57760/sciencedb.015o0

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数据说明

该数据集包含来自耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(CRKP)肠道定植小鼠模型粪便样本的16S rRNA基因扩增子测序数据及相关样本元数据。本研究旨在评估噬菌体疗法、美罗培南治疗及噬菌体-美罗培南联合疗法对肠道微生物群组成、多样性和生态稳定性的影响。从不同治疗组小鼠采集新鲜粪便样本，于-80 °C保存至进一步处理。使用FastPure粪便DNA提取试剂盒从粪便样本中提取总基因组DNA。使用条形码引物338F（5′-ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-3′）和806R（5′-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3′）扩增细菌16S rRNA基因的V3–V4高变区。PCR产物经纯化后，使用NEXTFLEX Rapid DNA-Seq试剂盒进行文库构建。在Illumina NextSeq 2000平台上进行双端测序。该数据集包括FASTQ格式的原始测序读长、质控后的序列数据、样本元数据及微生物群落分析结果。

测序reads经过质量过滤、reads合并、嵌合体去除和分类注释处理，以生成扩增子序列变体或操作分类单元。所得数据用于评估处理组间的α多样性、β多样性、微生物群落组成和差异细菌分类群。从五个实验组收集粪便样本。样本A3_9–A3_12被分配至对照组。样本S1–S4被分配至磷酸盐缓冲盐水（PBS）组。样本M1–M4被分配至噬菌体KM1治疗组。样本E1–E4被分配至美罗培南（MEM）治疗组。样本C1–C4被分配至噬菌体KM1与美罗培南联合（KM1+MEM）治疗组。这些数据提供了

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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