PRJNA1445207：重症ARDS气腔与外周血单个核细胞配对转录组分析
该数据集来自NCBI，聚焦重症急性呼吸窘迫综合征（ARDS）急性期，采集机械通气患者配对的非支气管镜肺泡灌洗液（NBBAL）与外周血样本，经密度离心富集单个核细胞并冷冻保存后行bulk RNA测序，比较气腔与血流两个隔室的基因表达谱与基因表达网络，用于判断远端气腔单个核细胞的中心生物学过程是否能在循
基本信息
资源简介
PRJNA1445207：重症ARDS气腔与外周血单个核细胞配对转录组分析
PRJNA1445207 是一项聚焦重症急性呼吸窘迫综合征（ARDS）急性期的配对转录组研究数据集，来自 NCBI。该研究旨在判断从远端气腔单个核细胞的转录组谱推断出的中心生物学过程，是否同样反映在急性期循环外周血单个核细胞（PBMC）中。为此，研究采集机械通气重症 ARDS 患者配对的非支气管镜肺泡灌洗液（NBBAL）与外周血样本，经密度离心富集单个核细胞并冷冻保存后开展 bulk RNA 测序，比较气腔与血流两个隔室的基因表达谱与基因表达网络。数据集归类于呼吸道疾病／急性呼吸窘迫综合征，主题标签为转录组或基因表达。
【数据集背景】
急性呼吸窘迫综合征是一种以肺泡-毛细血管屏障损伤和炎症为特征的危重呼吸系统疾病，其急性期的分子机制受到广泛关注。该研究关注的核心问题是：远端气腔（肺泡腔）内单个核细胞所体现的生物学过程，能否通过相对易得的外周血单个核细胞反映出来。若两者之间存在可对应关系，则有望借助血液样本推断肺局部免疫细胞的转录状态。研究通过配对的 NBBAL 与外周血样本，在转录组层面系统比较气腔与血流两个隔室的基因表达谱与基因表达网络，以回答上述问题。
【数据内容】
数据集的主题标签为转录组或基因表达，核心数据为 bulk RNA 测序产生的基因表达信息。研究对配对的远端气腔单个核细胞与外周血单个核细胞分别进行转录组分析，并在此基础上评估两个隔室之间的基因表达谱与基因表达网络。数据覆盖重症 ARDS 急性期机械通气患者的配对样本，可用于比较气腔与循环血中单个核细胞的表达特征及其网络结构。样本数量、测序深度、基因数量等具体指标源站未提供。
【采集与来源】
样本来自机械通气重症 ARDS 患者，采集配对的非支气管镜肺泡灌洗液（NBBAL）与外周血。为获得单个核细胞，样本经密度离心富集，并进行冷冻保存，随后用于 bulk RNA 测序。数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。研究采用非支气管镜方式获取肺泡灌洗液，属于相对微创的采样途径；配对设计使同一患者的两个隔室样本可直接比较。采样时间点、患者纳入排除标准、离心与冻存的具体参数等源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究重症 ARDS 急性期气腔与外周血单个核细胞转录组之间的关系，包括比较两个隔室的基因表达谱、构建与比较基因表达网络，以及评估血液单个核细胞能否作为肺局部生物学过程的替代观察窗口。也可用于 ARDS 急性期免疫细胞转录特征的探索性分析，以及呼吸道疾病转录组数据的二次利用与方法学比较。由于数据为 bulk RNA 测序，适合在细胞群体混合水平上分析表达模式，而非单细胞分辨率研究。
【使用方法】
使用时可依据配对设计，将同一患者的 NBBAL 来源与血液来源单个核细胞样本进行配对比较，分析差异表达与共表达网络，并评估两个隔室间表达模式的一致性。分析前需考虑 bulk 测序数据的常规预处理与标准化流程；具体流程、参考基因组版本、标准化方法与分析参数源站未提供。使用时应遵循 NCBI 相关数据访问与使用要求。
【质量与限制】
该数据集为配对设计，便于控制个体间差异，样本经密度离心富集与冷冻保存，流程描述较为明确。但样本量、测序质量指标、批次信息、临床变量与随访信息等源站未提供。由于采用 bulk RNA 测序，结果反映的是富集后单个核细胞群体的整体表达，无法直接解析单细胞水平的异质性；非支气管镜肺泡灌洗液的取材范围与细胞组成也可能影响隔室间比较。相关局限性的具体评估信息源站未提供。
【引用与许可】
数据来自 NCBI，编号为 PRJNA1445207。具体引用文献、作者列表、发表期刊与年份，以及数据许可条款与使用限制，源站未提供。使用与再分发前应向源站核实相关要求。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1445207
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们研究的主要目的是确定，在ARDS急性期，从远端气腔单核细胞转录组分析推断出的中枢生物学过程是否反映在循环外周血单核细胞（PBMCs）中。为比较气腔和血流中的单核细胞，我们从接受机械通气的重症ARDS患者中采集了配对外周血和非支气管镜BAL（NBBAL）样本，并使用密度离心和冷冻保存富集单核细胞。随后，我们进行了批量RNA测序，并评估了各腔室间的基因表达谱和基因表达网络。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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