开放儿童癌症项目

开放儿童癌症项目公开提供表格数据,围绕儿童实体肿瘤和头颈肿块相关病例、标注或临床/组学信息,适合用于分类、算法训练、外部验证、表型分析和疾病机制探索。

PedcBioPortal/CCDIPedcBioPortal/CCDI
CCDC
2026-01-01 更新
浏览 32
表格分类PediatricCancerGenomics/OmicsClinicalAnalytic ToolcBioPortal
Open Pediatric Cancer Project

基本信息

模态
表格
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-01-01

资源简介

开放儿童癌症项目

【一句话概览】

儿童癌症数据计划(CCDI)推出用户友好的 cBioPortal 实例“CCDI cBioPortal Cancer Data Explorer”,让不同计算背景的用户无需下载或处理大型数据集即可探索和分析数据。cBioPortal 是开源网络平台,用于探索大型研究中的癌症数据,用户可按基因、突变、癌症类型或患者搜索,快速可视化数据中的关系、模式和趋势。该定制实例面向儿科癌症研究人员和临床医生,支持获取标准化基因组与临床数据、无需下载或处理大型数据集即可探索发现,并通过连接基础科学与临床见解促进协作与转化研究(来源 datacatalog.ccdi.cancer.gov)。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《CCDI cBioPortal Cancer Data Explorer》。

【数据内容】

源站原始描述:To make complex genomic data more accessible, the Childhood Cancer Data Initiative (CCDI) is launching a user-friendly instance of cBioPortal that allows users - regardless of computational expertise - to explore and analyze without needing to download or process large datasets. cBioPortal is an open-source, web-based platform designed to explore cancer data from large studies. Users can search by gene, mutation, cancer type, or patient and quickly visualize relationships, patterns, and trends i…

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):为了让复杂的基因组数据更易于获取,儿童癌症数据计划(CCDI)正在推出一个用户友好的cBioPortal实例,使用户——无论其计算专业知识如何——都能在无需下载或处理大型数据集的情况下进行探索和分析。cBioPortal是一个开源、基于网络的平台,旨在探索来自大型研究的癌症数据。用户可按基因、突变、癌症类型或患者进行搜索,并快速可视化数据中的关系、模式和趋势。CCDI的定制实例“CCDI cBioPortal癌症数据探索器”专为支持儿科癌症研究人员和临床医生而量身打造,使他们能够:(1) 访问标准化的基因组和临床数据,(2) 在无需下载或处理大型数据集的情况下探索研究发现,以及 (3) 通过连接基础科学与临床见解,促进协作和转化研究

【主题与分类】

主题标签:Pediatric、Cancer、Genomics/Omics、Clinical、Analytic Tool、cBioPortal。

【适用方向】

结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。

【获取与许可】

源站页面:https://datacatalog.ccdi.cancer.gov/resource/CCDI_cBioPortal

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站:https://datacatalog.ccdi.cancer.gov/resource/CCDI_cBioPortal

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

开放儿童癌症项目是与儿童实体肿瘤和头颈肿块相关的公开数据集,包含表格数据,可用于分类、分型、诊断或预后研究。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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