共聚焦样本数据集 MCB-CLEM IV Weiner

主题标签为 Homo sapiens (human),本站分类归入耳鼻咽喉疾病 / 腺样体扁桃体疾病。数据可用于共聚焦与 FIB/SEM 体积图像采集后的关联操作演示,支撑使用 Amira 软件进行图像配准与关联分

biostudies
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医学影像图像分割Homo sapiens (human)
Confocal sample dataset MCB-CLEM IV Weiner

基本信息

模态
医学影像
任务类型
图像分割
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

共聚焦样本数据集 MCB-CLEM IV Weiner

Confocal sample dataset MCB-CLEM IV Weiner 是一个面向共聚焦与 FIB/SEM 体积图像采集后关联操作的样本数据集,主题标签为 Homo sapiens (human),在分类体系中归入耳鼻咽喉疾病 / 腺样体扁桃体疾病。该数据集来源于 ebi.ac.uk,与《MCB: Correlative Light and Electron Microscopy IV》第 162 卷中由 Allon Weiner 撰写的章节“Step by step guide to post-acquisition correlation of confocal and FIB/SEM volumes using Amira software”配套,主要用于演示采集后共聚焦图像与 FIB/SEM 体积图像之间的关联流程,支撑使用 Amira 软件进行图像配准与关联分析。整体而言,该数据集以人类样本为对象,服务于关联光镜与电镜成像方法的教学与操作演示场景。

【数据集背景】

该数据集对应的是《MCB: Correlative Light and Electron Microscopy IV》第 162 卷中的一章内容,章节标题为“Step by step guide to post-acquisition correlation of confocal and FIB/SEM volumes using Amira software”,作者为 Allon Weiner。该章节聚焦于采集后阶段,即如何将共聚焦显微镜图像与 FIB/SEM 体积图像进行关联。数据集本身即为该章节配套的共聚焦样本数据,用于支撑这一操作指南的演示。其主题标签为 Homo sapiens (human),说明数据来源于人类样本。在分类上,该数据集被归入耳鼻咽喉疾病 / 腺样体扁桃体疾病方向,表明其应用背景与这一疾病领域相关。

【数据内容】

该数据集为共聚焦样本数据集,包含用于关联操作的共聚焦图像数据。其核心用途是配合 FIB/SEM 体积图像,完成采集后的图像配准与关联。数据集的主题标签为 Homo sapiens (human),即人类来源。除共聚焦样本数据这一基本定位外,源站未提供关于图像数量、分辨率、通道数、文件格式、体积尺寸等更细粒度的数据内容说明。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk。其配套章节涉及共聚焦显微镜与 FIB/SEM 两种成像方式所获体积图像的采集后关联,因此数据集的采集背景与这两种成像技术相关。数据集名称中包含“Confocal sample dataset”,表明其提供的是共聚焦样本数据。关于具体的采集参数、仪器型号、成像条件、样本制备方法等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于共聚焦与 FIB/SEM 体积图像采集后的关联操作演示,支撑使用 Amira 软件进行图像配准与关联分析。其典型使用场景是作为《MCB: Correlative Light and Electron Microscopy IV》第 162 卷相关章节的配套样本数据,帮助用户按照章节所述步骤完成采集后关联流程。由于分类归入耳鼻咽喉疾病 / 腺样体扁桃体疾病,该数据集也可能用于该疾病领域相关的关联成像研究或教学演示。关于其他具体应用场景,源站未提供。

【使用方法】

该数据集的使用与 Amira 软件密切相关,主要用于采集后共聚焦与 FIB/SEM 体积图像的关联操作。用户可参照配套章节“Step by step guide to post-acquisition correlation of confocal and FIB/SEM volumes using Amira software”中的步骤,利用该共聚焦样本数据集进行图像配准与关联分析。关于具体的操作步骤、参数设置、软件版本要求等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为样本数据集,其定位是配合章节进行方法演示。关于数据质量指标、完整性、分辨率限制、样本量、偏差等具体信息,源站未提供。使用时应注意其作为演示样本的定位,不宜直接外推为大规模研究结论。其他质量与限制信息,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,配套章节为《MCB: Correlative Light and Electron Microscopy IV》第 162 卷中由 Allon Weiner 撰写的“Step by step guide to post-acquisition correlation of confocal and FIB/SEM volumes using Amira software”。关于具体的引用格式、许可条款、使用限制等信息,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/S-BSST456

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

S-BSST456 共聚焦样本数据集 MCB-CLEM IV Weiner 共聚焦样本数据集,用于《MCB:相关光与电子显微镜 IV》第162卷中“使用Amira软件逐步指南进行共聚焦与FIB/SEM体积采集后关联”章节,作者Allon Weiner Homo

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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