PXD003644：基于MALDI成像质谱的脑缺血蛋白质谱分析与新生物标志物鉴定

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD003644

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

引言 识别参与脑缺血的蛋白质可能有助于发现最重要的神经系统疾病之一的新推测生物标志物或潜在治疗靶点。MALDI成像-质谱（IMS）是一种强大的技术，无需标记即可实现蛋白质沿组织分布的可视化。我们的目标是研究缺血性损伤后小鼠大脑中蛋白质的分布，并识别参与脑缺血的相关蛋白质。材料与方法 我们闭塞了C57BL/6J小鼠（n=4）的大脑中动脉（60分钟），再灌注24小时。通过MALDI-TOF分析脑切片，并使用ClinProTools比较梗死（IC）和对侧（CL）区域的质谱。在PCA分析后选择相关的m/z，并通过FlexImagin3.0分析其离子分布图。通过基于tricine凝胶和RP-HPLC的互补分级的自下而上方法，在小鼠脑匀浆中进行蛋白质鉴定。鉴定结果通过免疫组织化学确认。

结果 我们鉴定出102个在IC和CL之间丰度不同的m/z（p<0.05），其中通过PCA选择了21个更为相关的m/z。发现其中13个在梗死区域增加，4个m/z在IC与CL之间的区分度高于90%。经过自下而上的鉴定，免疫组化分析证实，与CL相比，IC中ATP5i和COX6C表达增加，UMP-CMP激酶减少。结论 我们首次通过MALDI-IMS鉴定出几个在IC和CL之间丰度不同的m/z峰。这些参与脑缺血的蛋白质可能代表潜在的诊断生物标志物或神经恢复的靶分子。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。