肝硬化伴认知障碍患者CD4 T淋巴细胞RNA-seq
数据可用于转录组与基因表达分析，帮助研究者比较或分类肝硬化伴认知障碍相关的 CD4 T 淋巴细胞表达特征（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
肝硬化伴认知障碍患者CD4 T淋巴细胞RNA-seq
PRJNA763564 是一个聚焦于肝硬化伴认知障碍患者 CD4 T 淋巴细胞转录组的 RNA-seq 数据集，收录于 NCBI 的 BioProject 数据库，源站标题为“RNA-seq from CD4 T lymphocytes of cirrhotic patients with cognitive impairment”。该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，本站将其归类于神经系统疾病 / 其他。整体而言，该数据集提供了来自肝硬化伴认知障碍患者 CD4 T 淋巴细胞的 RNA 测序数据，可用于转录组与基因表达分析，帮助研究者比较或分类与肝硬化伴认知障碍相关的 CD4 T 淋巴细胞表达特征。其来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于生物医学领域公开可获取的数据资源。
【数据集背景】
该数据集所依托的 BioProject 是 NCBI 提供的一种项目记录形式，用于汇集与某一项单一研究计划相关的多种生物数据。根据源站描述，一个 BioProject 可以来自单一组织或联盟，其记录为用户提供一个统一入口，以便查找该项目所产生的不同类型数据。PRJNA763564 正是在这一框架下建立的，其研究主题围绕肝硬化患者的认知障碍展开，并选择 CD4 T 淋巴细胞作为研究对象，通过 RNA-seq 技术获取转录组层面的信息。肝硬化伴认知障碍涉及神经系统的功能改变，而免疫细胞尤其是 CD4 T 淋巴细胞在其中的作用受到关注，因此该数据集从转录组角度切入，为理解这一疾病状态下的免疫细胞表达特征提供了数据基础。
【数据内容】
该数据集的核心内容是 RNA-seq 数据，来源于肝硬化伴认知障碍患者的 CD4 T 淋巴细胞。主题标签明确指向“Transcriptome or Gene expression”，说明数据的主要类型为转录组或基因表达信息。通过 RNA 测序，可以获得 CD4 T 淋巴细胞中基因表达水平的整体图谱，包括不同转录本的表达情况。这些数据可用于比较或分类肝硬化伴认知障碍相关的 CD4 T 淋巴细胞表达特征，从而揭示在该疾病背景下免疫细胞转录活动的变化模式。数据的具体样本数量、测序深度、读长、基因覆盖度等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 记录本身并不直接包含所有原始数据，而是提供指向该项目所生成的各种数据类型链接的集中位置。因此，PRJNA763564 作为一项 BioProject 记录，其采集与来源信息遵循 NCBI 对 BioProject 的一般定义：数据与某一单一研究计划相关，可能来自单一组织或联盟。关于样本采集的具体地点、时间、患者纳入标准、伦理审批信息以及 CD4 T 淋巴细胞的具体分离方法等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于转录组与基因表达分析。研究者可以利用这些数据比较或分类肝硬化伴认知障碍相关的 CD4 T 淋巴细胞表达特征，例如分析不同样本之间基因表达谱的差异，探索与认知障碍相关的免疫细胞转录变化。此外，该数据集也可用于更广泛的转录组研究，如基因表达定量、差异表达分析、表达模式聚类等。由于数据聚焦于 CD4 T 淋巴细胞，它对于免疫学与神经病学交叉领域的研究具有潜在价值，尤其是在探讨肝硬化背景下免疫细胞与认知功能关联的研究中。具体的研究设计、分组方式以及可支持的统计比较类型，源站未提供。
【使用方法】
使用者可以通过 NCBI BioProject 数据库访问 PRJNA763564 记录，并借助该记录提供的链接查找与该项目相关的不同类型数据。BioProject 的设计目的正是为用户提供一个单一入口，以便发现和获取项目所产生的多种数据。因此，典型的使用流程包括：在 NCBI BioProject 中检索该编号，查看项目描述与相关数据链接，然后根据链接跳转至相应的数据存储或下载页面。关于数据的具体下载格式、处理流程、分析工具建议以及是否需要额外授权等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集作为 BioProject 记录，其质量与限制信息在源站描述中并未具体说明。BioProject 本身是一个项目汇集记录，不直接对数据质量进行评价。因此，关于测序质量、数据完整性、样本量是否充分、是否存在批次效应、以及数据是否经过标准化处理等，源站未提供。使用者在使用时应自行评估数据的适用性，并参考原始数据来源的相关说明。此外，该数据集仅针对肝硬化伴认知障碍患者的 CD4 T 淋巴细胞，其结论是否可推广至其他人群或其他免疫细胞类型，源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式与许可条款，源站未提供。使用者在使用 PRJNA763564 相关数据时，应遵循 NCBI 及 BioProject 数据库的一般使用政策，并建议查阅源站记录以获取最新的引用要求与许可信息。由于源站描述中未明确说明具体的引用格式或授权条件，因此无法在此提供确切的引用与许可细节。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA763564
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
肝硬化患者可能存在轻微肝性脑病（MHE），伴随认知和运动障碍，从而降低生活质量和寿命。MHE的发病与外周炎症变化有关，其中CD4+淋巴细胞发挥关键作用，但其潜在机制尚不清楚。我们的目标是在伴有和不伴有MHE的患者的CD4+淋巴细胞中识别：(1) 使用RNA-seq检测基因表达变化及相关生物学通路；(2) 使用miRNA-seq检测miRNA水平的改变；(3) 调控关键mRNA的miRNAs和转录因子；以及(4) 参与与MHE发病相关的外周炎症变化的信号通路。此外，我们从RNA-seq数据集中恢复了T细胞受体（TCR） repertoire，以了解对照组患者和伴有或不伴有MHE的肝硬化患者的免疫状态。总体设计：使用RNA-seq在对照组和伴有或不伴有轻微肝性脑病的肝硬化患者的CD4 T细胞中测量基因表达。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
