PRJNA669876:高氨血症诱导脑转录组与蛋白质组变化鉴定

该数据集来自 NCBI,包含野生型与肝脏特异性谷氨酰胺合成酶敲除小鼠的脑组织活检样本共 24 个,覆盖三个不同脑区,并应用转录组学与蛋白质组学进行分析

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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA669876: Identification of hyperammonemia-induced changes in the cerebral transcriptome and proteome

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-04

资源简介

PRJNA669876:高氨血症诱导脑转录组与蛋白质组变化鉴定

PRJNA669876 数据集聚焦于系统性高氨血症对脑组织转录组与蛋白质组的影响,来源于 NCBI。该研究以肝脏特异性谷氨酰胺合成酶敲除小鼠为模型,结合野生型对照,采集脑组织活检样本共 24 个,覆盖三个不同脑区,并同时应用转录组学和蛋白质组学手段进行分析。数据集旨在识别与氨毒性及肝性脑病相关的新分子参与者,属于神经系统疾病领域的组学研究资源,主题标签为转录组或基因表达。

【数据集背景】

高氨血症是肝性脑病等神经系统并发症的重要病理基础,但其在脑内引发的分子层面变化尚未被系统阐明。该研究通过敲除小鼠肝脏中的谷氨酰胺合成酶,构建系统性高氨血症模型,进而观察脑组织在转录本和蛋白质水平上的响应。研究目标是发现与氨毒性相关的新的分子因素,为理解肝性脑病的发病机制提供线索。数据集即围绕这一研究目标产生,收录了野生型与肝脏特异性谷氨酰胺合成酶敲除小鼠的脑组织样本。

【数据内容】

数据集包含 24 个小鼠脑组织活检样本,样本来自野生型和肝脏特异性谷氨酰胺合成酶敲除两类小鼠。研究分析了三个不同的脑区,因此样本在组别与脑区两个维度上形成组合。数据覆盖转录组学和蛋白质组学两个层面,主题标签指向转录组或基因表达。源站未提供各样本的具体分组数量、脑区名称、测序平台、蛋白质组学技术路线以及数据文件的具体格式与大小。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。源站描述说明,样本为小鼠脑组织活检,取自野生型与肝脏特异性谷氨酰胺合成酶敲除小鼠,涉及三个不同脑区。源站未提供样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息、麻醉与处死方式、组织保存条件以及测序或质谱实验的具体操作细节。

【适用场景】

该数据集适用于研究高氨血症对脑组织基因表达和蛋白质丰度的影响,可用于探索氨毒性及肝性脑病相关的分子机制。由于同时包含转录组与蛋白质组两个层面,并覆盖三个脑区,适合开展跨组学比较和脑区特异性分析。也可作为神经系统疾病相关组学研究的参考数据,用于候选分子筛选或与同类模型的对照分析。源站未提供该数据集在其他具体应用场景中的验证信息。

【使用方法】

源站未提供数据下载的具体入口、文件组织方式、预处理流程、标准化方法以及分析工具建议。使用者需依据 NCBI 平台的一般访问规则获取数据,具体分析方案应结合原始数据特征自行设计。源站未提供配套的分析代码或质量控制参数。

【质量与限制】

源站未提供样本质量评估、测序深度、蛋白质鉴定数量、缺失值比例、批次效应控制以及数据完整性验证等信息。数据集样本量为 24 个,覆盖三个脑区与两类基因型,源站未说明各组样本量是否均衡。由于源站未提供技术重复和验证实验的细节,使用时应关注模型特异性与结果可重复性的潜在限制。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用文献、作者列表、发表期刊以及许可协议信息。使用者在引用或再利用数据前,应访问 NCBI 对应页面核实相关要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA669876

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在本研究中,我们对因肝谷氨酰胺合成酶敲除导致系统性高氨血症的小鼠大脑应用了转录组学和蛋白质组学,以识别与氨毒性和肝性脑病相关的新分子参与者。总体设计:该数据集包含来自野生型和肝脏特异性谷氨酰胺合成酶敲除小鼠的24份小鼠脑组织活检样本。分析了三个不同的大脑区域。

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