PRJNA1416245：人脑类器官昼夜节律 bulk RNA-seq 图谱
该数据集来自 NCBI，为基因编辑 H9 人胚胎干细胞来源的人脑类器官 bulk mRNA 测序数据，用于刻画昼夜节律转录组动态
基本信息
资源简介
PRJNA1416245：人脑类器官昼夜节律 bulk RNA-seq 图谱
该数据集来自 NCBI，为基因编辑 H9 人胚胎干细胞来源的人脑类器官 bulk mRNA 测序数据，用于刻画昼夜节律转录组动态。类器官在恒定条件下于 48 小时内每 3 小时采集一次，覆盖 GCT0 至 GCT48 共 17 个时间点，每时间点设三个生物学重复。文库采用 poly(A)+ 选择与 KAPA mRNA HyperPrep 试剂盒（KK8581）构建，在 Illumina NextSeq 2000 平台以单端 70 bp 测序，每样本约产生 4000 万条 reads。该数据可用于昼夜节律 mRNA 表达分析，并支撑相关手稿中的转录组研究（来源 ncbi.nlm.nih.gov）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：对来源于基因编辑 H9 人胚胎干细胞的人脑类器官进行 bulk mRNA 测序，以刻画昼夜节律转录组动态。在恒定条件下，于 48 小时期间每 3 小时采集一次类器官，覆盖 17 个时间点（GCT0–GCT48），每个时间点设三个生物学重复。使用 poly(A)+ 选择与 KAPA mRNA HyperPrep 试剂盒（KK8581）构建文库，并在 Illumina NextSeq 2000 平台上以单端 70 bp reads 测序，每个样本产生约 4000 万条 reads。所得数据集支持昼夜节律 mRNA 表达分析，并构成手稿《Circadian clocks time targets of disease in human brain organoids》中所报告的转录组分析基础。
【主题与分类】
主题标签：Transcriptome or Gene expression。本站分类：神经系统疾病。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1416245
下载信息
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pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
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- OpenDataLab:
数据说明
对源自基因编辑的H9人胚胎干细胞的人脑类器官进行了批量mRNA测序，以表征昼夜节律转录组动态。在恒定条件下，于48小时内的17个时间点（GCT0–GCT48）每3小时收集一次类器官，每个时间点设三个生物学重复。使用KAPA mRNA HyperPrep试剂盒（KK8581）通过poly(A)+选择制备文库，并在Illumina NextSeq 2000平台上以单端70 bp读长进行测序，每个样本产生约4000万条读段。所得数据集支持昼夜节律mRNA表达分析，并作为手稿《Circadian clocks time targets of disease in human brain organoids》中所报告的转录组分析的基础。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
