phs000406:人脑时空转录组

该数据集覆盖人脑的时空转录组信息,本站将其归类为神经系统疾病 / 其他。作为对照集,它可用于人脑基因表达的空间与时间模式研究,并可作为神经系统疾病相关转录组分析的对照参考(来源 ncbi.nlm.nih.gov)

dbgap
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基因组Control Set
phs000406: Spatiotemporal Transcriptome of the Human Brain

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

phs000406:人脑时空转录组

phs000406: Spatiotemporal Transcriptome of the Human Brain 是一个聚焦于人脑时空转录组的研究数据集,来源为 ncbi.nlm.nih.gov。该数据集在分类上被归入神经系统疾病 / 其他,并带有“Control Set”这一主题标签。从整体定位看,它提供了人脑基因表达在空间与时间维度上的信息,可作为对照集使用,服务于人脑基因表达模式研究,也可为神经系统疾病相关转录组分析提供对照参考。该数据集的核心价值在于其“对照”属性与“时空转录组”主题的结合,使其既可用于观察人脑不同区域、不同发育或生理阶段的表达特征,也可在疾病相关研究中作为比较基线。以下从背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量与限制以及引用与许可等方面进行介绍。

【数据集背景】

该数据集来源于 dbGaP study,属于 Control Set。dbGaP 是 ncbi.nlm.nih.gov 提供的基因型与表型相关数据资源,该数据集以人脑时空转录组为主题,关注基因表达在空间和时间上的分布特征。由于被标记为对照集,其设计目的偏向于为相关研究提供参照,而非针对某一特定疾病状态进行病例式描述。本站将其分类为神经系统疾病 / 其他,说明其在神经系统疾病相关数据体系中具有参考或辅助定位。

【数据内容】

该数据集覆盖人脑的时空转录组信息。所谓时空转录组,通常涉及基因表达在不同脑区以及不同时间阶段的模式。该数据集作为对照集,可用于人脑基因表达的空间与时间模式研究。源站描述仅指出其为 dbGaP study (Control Set),主题标签为 Control Set。除上述信息外,关于具体样本数量、脑区划分、发育阶段、基因覆盖范围、测序平台或表达矩阵结构等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 dbGaP study。其英文名称为 phs000406: Spatiotemporal Transcriptome of the Human Brain。源站描述为 dbGaP study (Control Set)。关于样本采集地点、伦理审批信息、捐赠者特征、采集时间跨度、实验流程等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适合用于人脑基因表达的空间与时间模式研究。作为对照集,它可用于神经系统疾病相关转录组分析的对照参考。例如,在研究神经系统疾病相关表达变化时,可将该数据集作为正常或对照背景,用以比较疾病样本中表达模式的偏离。此外,它也可用于方法学研究中作为人脑时空转录组数据的参照对象。关于具体疾病类型、研究设计或分析目标,源站未提供。

【使用方法】

该数据集来自 dbGaP study,通常可通过 ncbi.nlm.nih.gov 的相关数据访问机制获取。作为 Control Set,使用时可将其视为对照参考,用于与人脑时空转录组相关的比较分析。关于具体的下载方式、访问权限、数据格式、预处理步骤、分析工具或流程,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集被标记为 Control Set,来源为 dbGaP study。关于样本量、数据完整性、测序深度、批次效应、质量控制指标、覆盖范围偏差或使用限制等,源站未提供。由于其为对照集,在推广到特定疾病结论时需谨慎,具体限制信息源站未提供。

【引用与许可】

该数据集英文名称为 phs000406: Spatiotemporal Transcriptome of the Human Brain,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 dbGaP study。关于引用方式、许可条款、数据使用协议或授权要求,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000406

标准获取流程:

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

dbGaP study (Control Set).

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