慢病毒介导的apoE4转导于原代神经元培养

数据集获取

源站：https://datashare.ed.ac.uk/handle/10283/3755

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为识别由apoE4表达改变所触发的信号通路中的分子变化，我们采用慢病毒转导在18-21 DIV原代海马神经元中过表达人apoE4。随后通过蛋白质组学分析绘制了这些神经元中apoE4表达改变所致的分子后果图谱。计算机模拟研究突显了与线粒体功能障碍、sirtuin信号传导及氧化磷酸化相关蛋白质的变化。有趣的是，将此处生成的数据与来自人类AD患者APOE4“ spared”（BA17）和“affected”（BA41/42）突触分离株的蛋白质组数据相结合，能够识别突触信号通路中的生理相关性，如氧化磷酸化、sirtuin信号传导、谷氨酸受体信号传导和钙信号传导。因此，结合患者来源的死后分析，这种病毒介导的apoE4过表达神经元培养系统有助于将apoE4触发的分子扰动与终末期AD脑区存在的慢性神经退行性过程区分开来。

如上所述（使用我们的标准工作流程），质谱数据输出结果提供于以下文件中——BiolayoutclustersforApoE4.xlsx、ApoE4Comparisonmolecules.xlsx。BiolayoutclustersforApoE4.xlsx文件包含根据细胞培养蛋白质组数据集的表达谱鉴定出的Biolayout聚类。ApoE4Comparisonmolecules.xlsx文件包含若干信号级联反应的选项卡，其中含有在转导细胞与人体组织样本之间呈现对数比值倍数变化的蛋白质，具体包括：样本详情——包含TMT标签信息；按独特肽段数量过滤后的LC-MS数据（仅保留2个及以上）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。